13:12 2022-01-19
science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu
_ Primul ansamblu de genom la scară cromozomală pentru Holly a fost raportat
_ Primul ansamblu de genom la scară cromozomală pentru Holly a raportat
Ilex (Aquifoliaceae), Hollys, este unul dintre cele mai mari și mai caracteristice genuri dioice lemnoase din sud-vestul Chinei tropicale și subtropicale. Multe specii din întreaga gamă a genului au fost folosite ca surse de băuturi și medicamente, plante ornamentale, plante melifere, coloranți, lemn și alte utilizări minore. Variația subspecifică a fost utilizată în horticultură pentru dezvoltarea de noi soiuri și hibrizi, dar încă nu pe piața uriașă a băuturilor și medicamentelor de ilucină.
Într-un studiu publicat în Horticulture Research, oamenii de știință de la Xishuangbanna Tropical Botanical Garden (XTBG) al Academiei Chineze de Științe a investigat variația subspecifică și adaptarea locală la Ilex polyneura, un membru diploid larg răspândit al cladei de foioase din Asia de Est. Folosind o combinație de citiri scurte Illumina, tehnologie de secvențiere în timp real cu o singură moleculă PacBio și tehnici Hi-C, au asamblat întregul genom al Ilex polyneura.
Folosind genomul de înaltă calitate ca referință, au efectuat un studiu de genomică a populației pe 112 indivizi colectați de la 21 de populații din întreaga gamă de altitudine a speciilor folosind secvențierea ADN-ului asociată cu site-ul de restricție (RADseq).
Genomul asamblat a fost de aproximativ 727,10 Mb. O analiză BUSCO a produs 97,6% ortologi universali într-o singură copie, indicând contiguitate ridicată și completitudine a ansamblului, iar 98,9% din ansamblul genomului a fost ancorat la 20 de pseudocromozomi.
„Acesta este primul genom publicat la cromozom. -scale în imensul gen Ilex, precum și în ordinul Aquifoliales. Este, de asemenea, singurul genom disponibil pentru un membru lemnos al campanulidelor", a spus Yao Xin de la XTBG.
Analizele genetice ale populației au relevat dovezi ale selecție divergentă care duce la adaptarea genomică a Ilex polyneura la diferite cote. Populațiile de la altitudini joase și înalte aveau structuri genetice mai simple, în timp ce populațiile de la altitudini medii aveau ascendență mixtă atât de la altitudini joase, cât și de la înălțimi mari.
Studiul oferă astfel dovezi pentru divergența genetică și adaptarea locală semnificativă în fața niveluri ridicate așteptate de flux de gene între populațiile din Ilex.
Comentarii:
Adauga Comentariu