17:17
Comentarii Adauga Comentariu

_ Genetica cartofului dulci: o actualizare cuprinzătoare a adnotării genomului „Taizhong 6”.

_ Genetica cartofului dulci: o actualizare cuprinzătoare a Adnotarea genomului „Taizhong 6”

O echipă de cercetare a îmbunătățit substanțial adnotarea genomului cartofului dulci „Taizhong 6”, introducând o versiune mai cuprinzătoare și mai detaliată, v1.0.a2. Această actualizare utilizează 12 biblioteci de ARN de lungime completă Nanopore și 190 de biblioteci Illumina ARN-seq, rezultând identificarea a 360 de gene noi, modificarea sau adăugarea a 31.771 de modele de gene și nomenclatura genică rafinată.

Adnotarea îmbunătățită. include profiluri detaliate de expresie a miARN, beneficiind de studii funcționale ale genelor la cartof dulce și avansând analizele genomice în familia Convolvulaceae, oferind astfel o resursă critică pentru viitoarele cercetări agricole și genetice.

Cartoful dulce (Ipomoea batatas) este o cultură vitală în țările în curs de dezvoltare, furnizând nutrienți esențiali și combaterea deficienței de vitamina A în Africa ca specie hexaploidă. Prima secvență a genomului, cultivarul Taizhong 6, a folosit secvențierea Illumina, îmbunătățită ulterior cu tehnologii de secvențiere de a treia generație, ceea ce a condus la un ansamblu de genom de înaltă calitate, la scară cromozomală. Cu toate acestea, rămân provocări în realizarea de adnotări precise ale genomului din cauza limitărilor secvențierii cu citire scurtă.

Recent, progresele în secvențierea cu citire lungă, cum ar fi Oxford Nanopore Technologies, au facilitat adnotări mai precise și au permis perspective mai profunde asupra structura genelor și splicing alternativ.

Un studiu publicat în Tropical Plants la 21 martie 2024, se bazează pe acest progres folosind o conductă de adnotare rafinată care a încorporat atât seturi de date Nanopore de lungime completă, cât și seturi de ARN-seq extinse, îmbunătățind actualul adnotarea genomului pentru cartof dulce.

În acest studiu, cercetătorii au îmbunătățit adnotarea genomului I. batata la versiunea 1.0.a2, utilizând o abordare cuprinzătoare care integrează transcriptoamele de lungime completă Nanopore și datele Illumina ARN-seq în diverse stadiile de dezvoltare și țesuturile cartofului dulci.

Metoda lor a folosit BRAKER pentru predicțiile inițiale ale genelor, îmbogățite cu diverse indicii genomice, urmate de generarea de modele de consens prin EVidenceModeler (EVM). În special, adnotarea actualizată conține acum 42.751 de gene care codifică proteine, îmbunătățind modelul cu UTR-uri 3' și 5' și crescând numărul mediu de exoni pe genă.

În mod semnificativ, această revizuire a adăugat sau a modificat 31.771 de modele de gene, încorporând 8.736 de izoforme alternative de îmbinare și a introdus o nouă nomenclatură a genelor pentru o referință mai clară. Această adnotare mai detaliată ajută la studii genomice precise și susține genomica funcțională avansată la cartofii dulci.

În plus, integrarea datelor miARN și a țintelor acestora oferă noi perspective asupra reglării genelor, în special în timpul diferitelor etape de dezvoltare ale rădăcinilor de stocare, îmbunătățindu-ne. înțelegerea biologiei cartofului dulci și sprijinirea eforturilor de ameliorare direcționate. Predicțiile cuprinzătoare ale funcției genelor au fost executate folosind InterProScan și eggNOG mapper, oferind o adnotare mai bogată, crucială pentru cercetările în curs și programele de reproducere axate pe îmbunătățirea soiurilor de cartofi dulci pentru agricultura globală.

Conform cercetătorului principal al studiului, prof. Guopeng Zhu, „Studiul nostru contribuie la o adnotare actualizată a genomului pentru genomul cartofului dulci, care va facilita în mod semnificativ studiile funcționale ale genelor la cartofi dulci și va promova analizele genomice în familia Convolvulaceae.”

În general, acest cadru genomic îmbunătățit facilitează o mai mare profunzime. genomica funcțională la cartofii dulci și susține programe avansate de reproducere prin integrarea datelor detaliate despre miARN și predicții ale funcției genelor pentru a îmbunătăți trăsăturile soiului.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Kamala Harris anunță că regimul Biden �va permite acum studenților să fie plătiți printr-un studiu federal de muncă pentru a �nregistra oamenii� să voteze (VIDEO)

_ ANDREW NEIL: Cei care cred că răspunsul la problemele noastre sociale este MAI MAI MULTE cheltuieli pentru asistență socială ar trebui să arunce o privire peste Canal la creșterea stagnantă a Franței cheltuitoare.

_ Video | Primele imagini cu Dănuţ Lupu, după ce a ieșit din Penitenciarul Rahova: Când voi lua permisul, voi conduce iar!

_ Scandal de proporții - Un fost subprefect, acuzat că a dat o țeapă cu 50 de apartamente vândute de mai multe ori

_ Line-up complet pentru Electric Castle 2024

_ Fostul lider paramilitar Salvatore Mancuso a revenit în Columbia expulzat din SUA. S-a angajat să colaboreze cu autoritățișe

_ Atenționare de avalanșă în Munții Rodnei și Munții Maramureșului

"Bilderberg" - "Black Rock" - "Merz" sau Cum se pune un Cancelar în Germania? Ca și Angela Merkel, Friedrich Merz a fost chemat să dea raportul la Reuniunea Grupului Bilderberg înainte de a deveni Cancelar

_ Cele mai bune 30 de documentare de vizionat la cerere chiar acum: de la crime adevărate la legende sportive și animale sălbatice minunate, criticii noștri cercetează sute de opțiuni, astfel încât să știți ce seriale merită transmise

_ Testul combinat de trimestrul I, esențial în depistarea Sindromului Down

_ Poliția, camera... în acțiune! Ofițerii sunt trântiți după ce CCTV i-a surprins stând în camera din față a unei femei uitându-se la televizor și folosindu-și ganterele timp de patru ore - după ce 999 a sunat la ea acasă

_ Ana-Maria Vătămanu (ADDJC): în maxim doi ani, constănțenii și turiștii vor avea două rute noi pe care le vor putea folosi pentru a ajunge în Sudul litoralului

_ Războiul din Ucraina, ziua 780. Oficialii americani spun că Beijingul ajută la expansiunea militară masivă a Rusiei

_ Argumentele finale �n Audierea de descalificare și respingere a cazului Fani Willis este stabilită pentru VINERI

_ Studiul explică modul în care o ciupercă poate controla frunzele de porumb, un dăunător extrem de dăunător

_ "Magia" reţelelor de socializare îl demască pe adevăratul Superman din Brazilia

_ Observațiile investighează legătura dintre rămășițele unei supernove cu o regiune H II din apropiere

_ Aproape 40.000 de tone de deşeuri electronice au fost colectate de Environ anul trecut

_ Trudeau admite că Canada este copleșită de imigrația în masă

_ Activiștii LGBT vor să schimbe radical societatea românească - Și-au lansat program politic cu 52 de revendicări

_ Maimuțele au umor? Studiul arată că marile maimuțe se tachinează reciproc

_ Wirtz marchează cel mai rapid gol al Germaniei vreodată, în timp ce oaspeții uimesc Franța la Lyon

_ Adrian Năstase: Ideea că România ar putea să fie o mare bază NATO este enervantă pentru Turcia

_ Solidaritate până la un punct: Polonia lasă garda jos și ridică toate blocajele la frontiera cu Ucraina / Embargoul cerealelor rămâne, însă, în vigoare

_ Democratul din California prezintă un proiect de lege care interzice �temele excesive�

_ Bebelușii alăptați au mai puține șanse să li se administreze tratamente înainte de 1-a aniversare, susține un studiu

_ Oamenii de știință descoperă 18 noi specii de microbi intestinali în căutarea originilor rezistenței la antibiotice

_ Căutarea unei noi asimetrii între materie și antimaterie

_ Câștigătoarea Takeaway de sâmbătă seara a rămas devastată, deoarece câinele paralizat este INTERZIS din vacanța în familie pe care a câștigat-o în emisiunea: „Aceasta este o discriminare efectivă împotriva câinelui meu cu dizabilități”

_ Simona Amânar: Toată lumea vrea o medalie olimpică la gimnastică, avem şanse

_ Cercetătorii au descoperit că glaciația din emisfera nordică îmbunătățește variabilitatea musonilor de iarnă din Asia la scară orbitală și milenară

_ Captură de zeci de kilograme de droguri ridicate şi sume mari de bani indisponibilizate în ultimele două săptămâni

_ Franța este de acord să patruleze cerul peste plajele sale, într-o nouă represiune asupra punctelor de trecere a migranților Canalului

_ Copil în stare critică la spital după ce a fost grav rănit de un câine de companie în casa familiei ei

_ Doi ani de război: Palatul Victoria va fi iluminat sâmbătă seara în culorile drapelului ucrainean

_ PENNY MORDAUNT: Marea Britanie are nevoie de propriul Dom de Fier, la fel ca Israelul - pentru a se putea proteja de dronele și rachetele lui Putin și Teheran

_ De la rădăcini în creștere, indicii despre modul în care celulele stem își decid soarta

_ Greg Rutherford împărtășește un clip al mișcării periculoase de patinaj care i-a dus la rănirea gravă la repetiții și l-a costat un loc în finala Dancing On Ice

_ Germania a trecut de Canada pentru a ajunge în semifinalele Cupei Davis

_ BREAKING - Protest masiv al taximetriștilor din București: Centrul Capitalei este blocat complet /VIDEO

_ Prins în punctul de vedere al unei crize legate de costul vieții

_ Precizări MAE: Doi români au murit şi alţi patru au fost răniţi în Congo

_ Polonezii au dat atacul la rapiţa ucrainenilor. Autorităţile au declanşat ancheta

_ Fani Scrambles: Fulton DA cere judecătorului să respingă probele de la telefonul mobil

_ Sora lui Iulian Dumitrescu rămâne sub control judiciar - Instanța validează măsura DNA față de `finanțatoarea` șefului CJ Prahova

_ Aderarea la NATO: Viktor Orban, singurul care mai stă în calea Suediei, va fi abordat la Bruxelles

_ Decizie istorică luată în Franţa: un orăşel a interzis utilizarea smartphone-urile în spaţii publice

_ „Forțele armate au un singur scop - să aducă moartea dușmanilor regelui”: ministrul de cabinet, Tom Tugendhat, promite că „ideologia nu va fi pusă înaintea securității” pe fondul disputei cu privire la cultura „trezită și extremistă” din armată

_ Decizia luată de Maia Sandu în legătură cu premiul controversat primit la Timișoara: 'Nu suntem primii, nici ultimii'

_ Moment uimitor, prim-ministrul galez, Mark Drakeford, este surprins de camerele de filmat, părând să spună că fermierii nu au „nimic mai bun de făcut” după ultimul protest furibund împotriva planului de subvenții al Labourului

_ Cercetătorii au descoperit dovezi reale ale călătoriei în timp

_ Rareș Bogdan a răbufnit la adresa lui Nicușor Dan: 'A eșuat. este un maneger execrabil. Nu a venit cu nimic pentru București'

_ Sara Gundogan dezvăluie că Îi este dor de Manchester după ce a trântit anterior orașul pentru „mâncarea îngrozitoare”... în timp ce insistă că a ajuns să iubească Anglia și că a fost „tristată” să plece vara trecută

_ Un celebru medic a demisionat din PNL și intră în cursa electorală ca independent: Alegerea primarului este atributul cetățenilor, nu al vreunui partid

_ Lucrătorii din City of London au avertizat că excursia lor de joi la bar va fi ruinată de protestatarii XR

_ Fermierii din Europa sunt nemulțumiți de legislația UE în agricultură, provocând o criză a prețurilor

_ Luni, o nouă întâlnire a coaliției pe tema comasării alegerilor. De ce nu s-a luat încă o decizie oficială

_ Legendele Insula Iubirii, credincioșii săpunului și senzațiile Strictly Come Dancing... în timp ce distribuția complet nouă a Celebrity Big Brother este văzută în Watford, o privire la cine intră în casă (și cine nu)

_ Criza uriașă care va lovi piața muncii din România: Numărul pensionarilor se va tripla!

_ Ar putea Rusia să recolteze secrete militare britanice din drona doborâtă? Modul în care UAV-ul Banshee Jet, fabricat în Marea Britanie, capabil să lovească la 60 de mile în spatele liniilor inamice, a căzut în mâinile forțelor lui Putin


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9 Pag.10 Pag.11 Pag.12 Pag.13 Pag.14 Pag.15

Nr. de articole la aceasta sectiune: 898, afisate in 15 pagini.