19:41 2022-07-01
science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu
_ Noua metodă stimulează studiul reglării activității genelor
_ Noua metodă sporește studiul reglării activității genelor
O modalitate prin care celulele pot controla activitățile genelor lor este prin adăugarea de mici modificări chimice la ADN care determină ce gene sunt activate sau dezactivate. Grupările metil sunt una dintre aceste modificări chimice sau etichete. Cercetătorii au descoperit că în bacterii metilarea ADN-ului joacă un rol în reglarea virulenței, reproducerii și expresiei genelor. La alte organisme, inclusiv la oameni, metilarea ADN-ului este esențială în reglarea expresiei genelor specifice țesutului, care definește natura unei celule, de exemplu, dacă ar fi o celulă a pielii sau o celulă a creierului.
" Studiul metilării ADN-ului face parte din domeniul epigeneticii.Este important pentru că ne ajută să înțelegem de ce un anumit tip de bacterii provoacă o boală mai gravă decât alta sau cum se poate schimba o celulă normală și poate da naștere la boli, cum ar fi cancerul. ”, a spus autorul corespondent Dr. Tao Wu, profesor asistent de genetică moleculară și umană la Colegiul de Medicină Baylor. Wu Lab este un laborator de epigenetică a cancerului. Scopul său pe termen lung este de a depăși rezistența terapeutică a cancerului prin înțelegerea mai bună a rolului epigeneticii în această boală.
În bacterii, există trei forme diferite de metilare a ADN-ului. Cea mai comună este cea care etichetează baza ADN-ului sau adenina (N6-metiladenină sau 6mA). Celelalte două etichetează baza ADN-ului citozină (N4-metilcitozină sau 4mC și 5-metilcitozină sau 5mC). Deși există multe metode de a studia metilarea ADN-ului, câteva pot mapa eficient cele trei tipuri simultan, a explicat Wu.
„Se credea că alte organisme decât bacteriile, inclusiv mamiferele, foloseau în mare parte doar etichete de metil-citozină. — 5mC — pentru a regla activitatea genelor. Dar în 2016, când eram la Universitatea Yale, am raportat în Nature descoperirea că ADN-ul 6mA este prezent și la mamifere”, a spus Wu. „Această descoperire a deschis un set cu totul nou de posibilități în studiul epigeneticii cancerului.”
Metodele tradiționale de a studia 5mC nu captează metilarea adeninei în țesuturile mamiferelor. „Acest lucru ne-a motivat să dezvoltăm o metodă nouă pentru a profila nu numai 6mA, ci și 4mC și 5mC”, a spus Wu.
În studiul actual, publicat în revista Genome Biology, Wu și colegii săi raportează că dezvoltarea unei metode de secvențiere pe bază chimică pentru a cuantifica diferiți markeri epigenetici simultan. Metoda lor, numită NT-seq, prescurtare pentru tratamentul cu nitriți urmat de secvențierea de generație următoare, este o metodă de secvențiere pentru detectarea mai multor tipuri de metilare a ADN-ului la nivelul genomului. Metoda poate, de asemenea, amplifica probe clinice limitate, ceea ce alte metode nu pot face.
„Arătăm că NT-seq poate detecta 6mA, 4mC și 5mC atât în celulele bacteriene, cât și în cele nebacteriene, inclusiv în celulele de mamifer.” spuse Wu. „Comparativ cu alte metode, NT-seq este eficient, rentabil, mai rapid și are o rezoluție ridicată. Unele dintre limitările sale sunt specifice compoziției particulare a unor genomi. Avem sugestii în lucrare despre cum să compensăm această limitare. „
„Suntem încântați de NT-seq”, a spus Wu. „Poate descoperi noi modele sau motive de metilare a ADN-ului, poate valida rezultatele obținute cu alte metode, poate genera seturi de date pentru dezvoltarea instrumentelor de învățare automată pentru analiza de metilare și poate deschide calea pentru continuarea studiului epigenetic al ADN-ului genomic 6mA în organisme non-bacteriene, inclusiv studii. asupra epigeneticii cancerului.”
Comentarii:
Adauga Comentariu