09:42
Comentarii Adauga Comentariu

_ Recombinarea genomică SARS-CoV-2 este neobișnuită, dar are loc în mod disproporționat în regiunea proteinei spike

_ SARS-CoV- 2 recombinarea genomică este neobișnuită, dar are loc în mod disproporționat în regiunea proteinei spike

O analiză a milioane de genomi SARS-CoV-2 constată că recombinarea virusului este neobișnuită, dar când apare, este cel mai adesea în Spike protein region, zona care permite virusului să se atașeze și să infecteze celulele gazdă.

Studiul, condus de oamenii de știință de la UC Santa Cruz, a fost publicat pe 11 august în revista Nature. Acesta detaliază un nou software creat de cercetători pentru a căuta arborele filogenetic COVID-19, o diagramă a istoriei evolutive a virusului, pentru cazuri de recombinare. Acest software este open source, permițând oficialilor din domeniul sănătății publice să îl folosească pentru a urmări cazurile de recombinare în cadrul comunităților lor.

Recombinarea are loc atunci când se hibridizează două forme distincte genetic ale virusului. Acest studiu sa concentrat pe recombinarea detectabilă, atunci când hibridizarea are ca rezultat o secvență nouă din punct de vedere genetic, și nu pe cazurile în care două secvențe se combină pentru a forma o secvență identică cu una deja existentă.

„Este cu adevărat important pentru reconstruind istoria evolutivă a virusului”, a spus Russell Corbett-Detig, autor principal al studiului și profesor asociat de inginerie biomoleculară la Școala de Inginerie Baskin. „Atunci când există recombinare, nu este un singur copac, ci mulți copaci și a putea urmări cu exactitate acest lucru este cu adevărat crucial pentru înțelegerea evoluției virusului.”

Descoperiri despre recombinare

Cercetătorii a analizat 1,6 milioane de mostre de COVID-19 și a găsit 589 de evenimente de recombinare, ceea ce indică faptul că doar aproximativ 2,7% din genomurile secvențiate rezultă din recombinare. Aceste secvențe au fost obținute din UC Santa Cruz SARS-CoV-2 Browser, un depozit de date genomice COVID-19, care este acum cea mai mare colecție de secvențe genomice ale unei singure specii asamblate vreodată, în prezent cu aproape 12 milioane de secvențe.

Deși rezultatele arată că recombinarea are loc mai frecvent în regiunea proteinei spike, încă nu se știe de ce se întâmplă acest lucru. Acest lucru ar putea fi rezultatul unei prejudecăți mecaniciste, care indică tendința naturală a tuturor coronavirusurilor de a se recombina către regiunea cu trei prime a genomului viral, care conține proteina spike, sau că selecția naturală pozitivă pentru COVID-19 favorizează. recombinante care apar în această regiune.

Deși recombinarea are loc, nu există nicio dovadă că tulpinile rezultate sunt mai probabil să fie importante din punct de vedere epidemiologic. De fapt, majoritatea variantelor recombinante dispar, la fel ca majoritatea miilor de variante mutante ale COVID-19.

Un nou software, scris în principal de profesorul asistent UC San Diego, Yatish Turakhia, în timpul formării sale postdoctorale în Corbett. -Laboratorul lui Detig, a permis operația de calcul necesară pentru analiza a milioane de genomi. Software-ul, numit Recombination Inference using Phylogenetic PLAcEmentS (RIPPLES), poate căuta eficient un arbore filogenetic masiv al genomilor COVID-19 pentru a găsi cazuri în care o nouă secvență pare a fi o combinație a două secțiuni distincte ale arborelui. Arborele filogenetic COVID-19, numit UShER, a fost creat de cercetătorii UCSC și este instrumentul principal folosit de oficialii din domeniul sănătății din întreaga lume pentru a urmări răspândirea variantelor în comunitatea lor.

Cercetătorii au descoperit că recombinarea apare cel mai adesea. pe arborele filogenetic COVID-19 sub formă de „ramuri lungi”, făcând să pară că mai multe mutații au avut loc secvenţial, ceea ce este destul de rar.

„Într-un arbore de milioane de secvenţe, găsiţi aceste lungi ramuri, care reduc posibilele cazuri de recombinare detectabilă la doar aproximativ 10 de mii de ramuri", a spus Turakhia. „Aceste ramuri lungi fac recombinarea mult mai ușor de observat pe copac, ceea ce permite performanța eficientă a noului software”.

Turakhia și echipa sa urmăresc să continue să îmbunătățească viteza și performanța RIPPLES și să creeze instrumente vizuale care să-l facă mai accesibil pentru un public mai larg.

Utilizare pentru sănătatea publică

Cunoașterea când are loc recombinarea este crucială pentru înțelegerea descendenței evolutive a unei secvențe a virusului. Recombinarea poate complica procesul de urmărire a arborelui filogenetic al unei anumite secvențe, deoarece materialul său genetic este rezultatul a două zone ale arborelui genealogic general al COVID-19.

Acest lucru poate ajuta oficialii publici să înțeleagă când un descendența COVID-19 care pare a fi nouă este cu adevărat o mutație independentă introdusă pentru prima dată, sau mai degrabă doar o combinație a două descendențe care existau deja în comunitate. Înțelegerea momentului în care are loc recombinarea este, de asemenea, importantă din perspectiva sănătății publice, deoarece poate face virusul mai capabil să evite imunitatea.

În plus, disponibilitatea și ușurința de utilizare a software-ului RIPPLES au implicații pozitive pentru experții în genomică și pentru public. oficialii din domeniul sănătății deopotrivă, care pot căuta eficient un set de probe genomice COVID-19 pentru recombinare în doar câteva minute.

Acest lucru reflectă o temă mai mare a lucrării de traducere scalabilă a datelor genomice a patogenilor la laboratorul Corbett-Detig și Institutul de Genomică UCSC. Cercetătorii se concentrează pe crearea de instrumente care să permită oficialilor din domeniul sănătății publice să automatizeze și să traducă întrebările pe care doresc să le pună și să primească răspunsuri care sunt ușor de acționat și de încredere.

„O mare parte a succesului nostru. munca a fost că software-ul este extrem de accesibil și ieftin din punct de vedere computațional în marea schemă a lucrurilor”, a spus Corbett-Detig. „Oricine ar putea să-și ia o sută de noi secvențe de genom SARS-CoV-2 și să-și dea seama dacă au existat mostre potențial recombinate în doar câteva minute pe un laptop de bază. Sănătatea publică globală trebuie democratizată, până la punctul în care oricine o poate face, chiar dacă nu sunt un laborator foarte bogat cu servere gigantice.”


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Gays Against Groomers deplatformați definitiv din PayPal și Venmo

Urmăriți: Trump spune cele 9 cuvinte pe care toată lumea dorea să le audă - a primit aplauze puternice

Exit poll: Victorie clară a coaliţiei de dreapta a Giorgiei Meloni la alegerile legislative din Italia

_ Sledges a dezvăluit că l-a făcut pe starul lui South Sydney Rabbitohs, Cody Walker, să îl atace pe antrenorul Penrith Panthers

_ Rețelele de socializare se dezlănțuie pe măsură ce Tweet începe vânătoarea de oameni pentru „Ben”, care „o înșală pe Rosie”

_ VIDEO: Bătăușii regimului iranian trag asupra protestatarilor din motocicletele lor din Teheran � Foc asupra femeilor de pe străzi

_ Vedetele de la South Sydney Rabbitohs NRL transportă băutură pe iahtul de petrecere pentru sărbătorile sălbatice de Lunea Nebună

_ „Este o zonă totală de război:” doi morți în Canada, în timp ce uraganul mortal Fiona provoacă o devastare „immensă”

_ Zeci de morți în accidentul cu feribotul din Bangladesh, mai mulți dispăruți

_ Anita Birges, profesionistă de curățenie din Sydney, dezvăluie cum a primit o plată de asigurare pentru mașina ei deteriorată de mucegai

_ Lily James dezvăluie că și-a pierdut multe locuri de muncă pentru că a trăit în personajul Pamela Anderson

_ Ant și Dec oferă o privire asupra vieții lor din Africa de Sud în timp ce filmează spin-off-ul I'm A Celebrity

_ COSMO LANDESMAN: Aș fi vrut cu Dumnezeu să fi fost mai bun

_ Jorgie Porter confirmă că așteaptă un BĂIAT cu logodnicul Oliver Piotrowski

_ Lui Maisie Smith i se spune că este „al naibii de groaznic” după instrucțiunile SAS

_ Analysis: How is Europe reacting to the Italian election outcome?

_ Veterinarul dezvăluie cinci rase de câini pe care nu le-ar avea niciodată în videoclipul viral TikTok

_ Russia: Protests erupt in Dagestan over military mobilisation

_ Protezarea articulară, intervenţia de chirurgie ortopedică prin care îţi redobândeşti libertatea de mişcare

_ Despre mitingul lui Trump din Youngstown, Ohio, Hillary Clinton asemănător cu un miting nazist: raport TGP

_ Val de pensionări în sistemul de justiție - Decretele au fost semnate de Klaus Iohannis

_ Aceasta este cea mai BUNĂ placă de îndreptat părul pentru un păr „mai strălucitor, mai sănătos” - și acum este sub 30 GBP

_ `Pregătiți-vă pentru 2023: alte arme din Occident după referendumuri și va fi război mondial` (interviu Corriere Della Sera)

_ Nota vecinului care se plânge de nepoții zgomotoși din suburbia Sydney desparte Australia

_ Patriots fondatorul Mac Jones a suferit o accidentare la gleznă în pierderea cu Baltimore Ravens

_ Kate Ritchie își mănâncă tortul de nuntă la 12 ani de la căsnicia ei eșuată

_ MAFS: Ella Ding confirmă despărțirea de starul Made in Chelsea, Miles Nazaire

_ Văduva britanică al cărei soț a fost împușcat de pirații somalezi susține că bărbatul condamnat este nevinovat

_ A$AP Rocky își asumă „întreaga responsabilitate” pentru spectacolul scurtat de la NYC Rolling Loud la care a întârziat

_ Taylor Hale, 27 de ani, devine prima femeie de culoare care câștigă Big Brother și ia acasă marele premiu de 750.000 de dolari

_ CHRISTOPHER STEVENS revizuiește televiziunea din weekend: slog de două ore, dar DS Pirie abia aproape de închiderea cazului

_ SUA și Coreea de Sud încep exercițiile navale după testul de rachetă al Nordului

_ Obamas Park �ntr-un loc cu handicap timp de două ore �n timp ce ia masa la restaurantul Trendy Sushi din Los Angeles (VIDEO)

_ Palatul pentru a proteja reputația regelui Carol de dramatizarea „exploatatoare” Netflix a divorțului său

_ Femeia stârnește dezbateri după ce le-a cumpărat părinților șampanie la prima aniversare a copilului lor

_ Paul Pogba „este înainte de termen și vrea să revină la Juventus luna viitoare”

_ Stan Serial original de întâlniri Love Triangle: Faceți cunoștință cu distribuția

_ ABC Insiders: David Speers surprins într-un moment fierbinte cu microfonul în timp ce aruncă în aer trolii „oribili”

_ Heather Rae Young arată un cucui în creștere și împărtășește „actualizarea lui El Moussa pentru băiețel” despre prima lovitură

_ Căsătorit la First Sight George Roberts s-a căsătorit cu un străin „în ciuda afirmațiilor privind comportamentul abuziv”

_ Rușii fug în Georgia pentru a scăpa de ordinul de recrutare al lui Putin, în timp ce trupele arestează 2.000 de protestatari

_ „Seamănă cu Ryan Gosling!”: Aaron Rodgers sosește la confruntarea cu Tom Brady cu o nouă tunsoare

_ Mandarină decojită la vânzare în supermarketul din Sydney la prețul „nebunesc” de 9,50 USD

_ EXCLUSIVITATE Bali 2002: Cum este cu adevărat pe platourile de filmare ale miniseriei foarte așteptate a lui Stan

_ Muncii va viza doar DOUA locuri de liberal-democrat pentru a câștiga următoarele alegeri într-o manevră anti-Tory

_ Fosta co-gazdă a proiectului a Lisei Wilkinson răspunde la apelul ei de a conduce utilizatorii de marijuana medicală

_ Mark Wright și Michelle Keegan arată baia nou-nouță a conacului lor, lăsând fanii uimiți

_ Măcel în Ucraina: Statul Major anunță că 500 de militari ruși au fost uciși în numai 24 de ore

_ Când expiră vechile bancnote de 20 GBP?

_ Cumpărătorul Shein este isteric după ce rochia croșetată de 13 GBP pe care a comandat-o seamănă mai mult cu un crop top

_ Regele Charles este un „șef exigent” cu „un temperament înverșunat și o etică a muncii feroce”

_ Omul înarmat deschide focul asupra școlii rusești, copii printre victime

_ SUA riscă o nouă ciocnire cu Turcia. A fost ridicat embargoul asupra armelor impus Ciprului în 1974

_ Poliția face apel pentru martori după ce un pensionar de 80 de ani a fost ucis în Tesco

_ Federația Rusă ar putea LOVI extrem de tare Republica Moldova! S-ar putea întâmpla la început de octombrie

_ Armatură în școală în Rusia: un bărbat înarmat „cu simboluri naziste” ucide nouă

_ Un bărbat înarmat îmbrăcat în negru deschide focul într-o școală rusă „ocigând nouă dintre care cinci copii”

_ Mobilizarea din Rusia generează haos: oamenii fug din țară, proteste în mai multe zone, iar funcționarii comit greșeli uriașe

_ Eric Cantona s-a oferit să fie „președintele fotbalului” al lui Manchester United

_ Ellie Simmonds dezvăluie că a fost „deja” bătută online după spectacolul Strictly Come Dancing


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9 Pag.10 Pag.11 Pag.12 Pag.13 Pag.14 Pag.15
Pag.16 Pag.17

Nr. de articole la aceasta sectiune: 994, afisate in 17 pagini.