11:07 2024-03-08 science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu

_ Simplificarea complexităților în bioinformatică: o suită desktop pentru analiza și vizualizarea datelor multi-omice

_ Simplificarea complexităților în bioinformatică: o suită desktop pentru analiza și vizualizarea datelor multi-omice

Revoluția în tehnologiile de secvențiere și spectrometrie de masă cu randament ridicat, cum ar fi Illumina, PacBio și 10X Genomics, au permis producerea de cantități mari de date biologice. Cu toate acestea, formatele complicate de date și nevoia de conducte analitice specializate ridică provocări semnificative, în special pentru biologii experimentali, care pot considera descurajante interfețele de linie de comandă, codificarea și scripturile.

În septembrie 2023, Horticulture Research a publicat cercetări. intitulată „OmicsSuite: o suită personalizată și canalizată pentru analiza și vizualizarea datelor mari multi-omice.”

OmicsSuite este o suită desktop cuprinzătoare care facilitează analiza și vizualizarea datelor multi-omice, integrând 175 de sub-aplicații în diverse sarcini de analiză. Dezvoltat cu JavaFX pentru interacțiunea cu utilizatorul și R pentru analiză computațională, acceptă o gamă largă de studii multi-omice, inclusiv analiza genomului de cloroplast de plante, GWAS, transcriptomică, metabolomică și ARN-Seq. unicelular.

Caracteristicile cheie ale OmicsSuite includ interfețe ușor de utilizat (UI), acoperire cuprinzătoare, date brute Multi-omics foarte lizibile și rezultate prin elemente intuitive UI.

OmicsSuite utilizează BioJava pentru funcții bioinformatice și peste 300 de pachete open-source pentru capacități analitice diverse. Excelează în integrarea instrumentelor de vizualizare, cum ar fi ggplot2 și aplicațiile Shiny, oferind un mediu de analiză holistică fără a necesita o configurare extinsă sau resurse de calcul.

Arhitectura sa permite interacțiunea perfectă cu mediul R pentru procesarea datelor în timp real, susținând vaste tipuri de date multi-omice, de la date LC-MS la formate de genomică unicelulară. Designul UI al OmicsSuite îmbunătățește experiența utilizatorului cu un aspect modern, navigare ușoară și suport cuprinzător pentru tutorial; un computer cu un procesor cu 4 nuclee, memorie 4G și stocare 256G poate efectua operațiuni normale.

În general, acest set de instrumente simplifică fluxul de lucru complex de analiză a datelor, făcându-l accesibil cercetătorilor în ameliorarea plantelor și mecanismul molecular studii, evidențiate prin adoptarea în creștere și feedbackul pozitiv al comunității.

(Fluierul)

Inapoi