21:16 2024-04-24
science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu
_ Primele genomi de referință la nivel de cromozom ale bananei ornamentale și bananei roz
_ Primul nivel de cromozom genomi de referință ale bananei ornamentale și bananei roz
Genul Musa, cuprinzând aproximativ 70 de specii ierboase, se găsește predominant în regiunile tropicale și subtropicale din Asia și Oceania. Acest gen este renumit pentru că este una dintre cele mai importante culturi alimentare la nivel global și pentru plante ornamentale populare de pe piețe.
În ciuda contribuțiilor semnificative aduse de tehnologiile de secvențiere din a treia generație la producerea genomului de înaltă calitate, rămâne un Lipsa resurselor genomice pentru soiurile de banane, rudele lor sălbatice și speciile ornamentale din Musa, ceea ce a împiedicat îmbunătățirea atât a culturilor, cât și a soiurilor ornamentale.
Musa ornata W. Roxburgh (Mo) și Musa velutina H . Wendl. & Drude (Mv) aparțin secțiunii Musa din familia Musaceae. Sunt strâns înrudiți cu Musa acuminata și sunt originari din Bangladesh, Myanmar și nord-estul Indiei. Aceste specii nu sunt doar cultivate pe scară largă ca plante ornamentale populare în regiunile tropicale, dar contribuie și la dieta locală prin fructele lor.
Prin urmare, Mo și Mv sunt candidați de dorit pentru secvențierea genomului de înaltă calitate pentru a îmbunătăți viitoarele molecule. reproducere. În acest studiu, ansamblurile de genom la nivel cromozomial ale Mo și Mv au fost generate utilizând citiri lungi Oxford Nanopore și citiri Hi-C. Genomul Mo și Mv au fost asamblați în 11 pseudocromozomi cu dimensiuni ale genomului de 427,85 Mb și, respectiv, 478,10 Mb.
Secvențele repetitive au cuprins 46,70% și, respectiv, 50,91% din totalul genomilor Mo și Mv. Evaluările calității genomului au confirmat contiguitatea (LAI: 13,68 și 16,81), acuratețea (ratele de cartografiere a citirilor Illumina: 95,55% și 94,29%) și completitudinea (BUSCO: 98,08% și 98,51%) ale celor doi genomi.
p> Conform predicțiilor genelor, un total de 39.177 și 31.256 de gene care codifică proteine de înaltă încredere au fost adnotate pentru Mo și, respectiv, Mv. În comparație cu Musa acuminata și Mv, s-au observat mai multe inversiuni și translocații mari pe chr04 de Mo. Analizele de îmbogățire a genei exprimate diferențial (DEG) și ontologiei genelor (GO) au indicat că genele reglate în creștere din pericarpii maturi ale Mv au fost asociate în principal cu metabolismul zaharidelor. procesele, în special la nivelul peretelui celular și al regiunii extracelulare.
În plus, au fost identificate mai multe gene de poligalacturonază (PG) care au prezentat niveluri de expresie mai ridicate în pericarpii maturi ai Mv în comparație cu alte țesuturi, care pot fi responsabile pentru dehiscența pericarpului. . În plus, acest studiu a identificat, de asemenea, gene asociate cu calea de biosinteză a antocianinei.
Luate împreună, ansamblurile de genom la nivel de cromozom ale Mo și Mv oferă perspective valoroase asupra mecanismului dehiscenței pericarpului și biosintezei antocianinei în banane, care va contribui în mod semnificativ la eforturile viitoare de reproducere genetică și moleculară.
Articolul „Chromosome-level genome assemblys of Musa ornata and Musa velutina provide insights in pericarp dehiscence and antocyanin biosynthesis in banana” a fost publicat în Horticulture Research.
Comentarii:
Adauga Comentariu