14:59
Comentarii Adauga Comentariu

_ Îmbunătățirea acurateței cuantificării moleculare în secvențierea cu randament ridicat

_ Îmbunătățirea acurateței cuantificării moleculare în secvențiere cu randament ridicat

O echipă de la NDORMS a dezvoltat o nouă abordare pentru a îmbunătăți semnificativ acuratețea secvențierii ARN. Ei au identificat sursa principală de cuantificare inexactă atât în ​​secvențierea ARN-ului cu citire scurtă, cât și în cea lungă și au introdus conceptul de corectare a erorilor „vot majoritar” care duce la o îmbunătățire substanțială a numărării moleculare a ARN.

Secvențierea precisă. de material genetic este crucial în biologia modernă, în special pentru înțelegerea și abordarea bolilor legate de anomalii genetice. Cu toate acestea, metodologiile actuale se confruntă cu constrângeri substanțiale.

Într-un studiu de referință, un consorțiu internațional de cercetători, condus de Adam Cribbs, profesor asociat în biologie computațională, și Jianfeng Sun, asociat de cercetare postdoctorală la Institutul Botnar, Universitatea din Oxford, au dezvoltat o metodă inovatoare pentru a corecta erorile în amplificarea PCR - o tehnică utilizată pe scară largă în secvențierea cu randament mare.

Prin identificarea artefactelor PCR ca sursa principală de cuantificare inexacte, cercetătorii abordează o provocare de lungă durată în generarea de numărări absolute precise de molecule de ARN, care este crucială pentru diverse aplicații în cercetarea genomică. Studiul este publicat în revista Nature Methods.

Cercetătorii s-au concentrat pe identificatorii moleculari unici (UMI), care sunt secvențe aleatorii de oligonucleotide folosite pentru a elimina părtinirile introduse în timpul amplificării PCR. În timp ce UMI-urile au fost adoptate pe scară largă în metodele de secvențiere, studiul arată că erorile PCR pot submina acuratețea cuantificării moleculare, în special pe diferite platforme de secvențiere.

Jianfeng a explicat: „Amplificarea PCR, esențială pentru majoritatea tehnicilor de secvențiere a ARN-ului. , poate introduce erori, compromițând integritatea datelor. Am abordat acest lucru prin sintetizarea codurilor de bare UMI folosind blocuri de nucleotide homotrimeri, îmbunătățind corectarea erorilor și permițând cuantificarea aproape absolută a moleculei de ARN, îmbunătățind semnificativ acuratețea numărării moleculare."

Homotrimerii sunt nucleotide. secvențe constând din trei baze identice, de exemplu AAA, CCC, GGG. Evaluând asemănarea nucleotidelor homotrimeri, erorile sunt detectate și corectate printr-o metodă de „vot majoritar” (a se vedea figura de mai sus).

Studiul demonstrează că UMI-urile homotrimeri depășesc semnificativ UMI-urile monomerice tradiționale în reducerea îmbogățirii fals pozitive a pliurilor în timpul analiza genelor și transcriptelor exprimate diferențial (DEG și DET). Această îmbunătățire este vitală pentru identificarea și cuantificarea precisă a DEG-urilor sau DET-urilor, în special în abordările de secvențiere în vrac.

În plus, în secvențierea cu o singură celulă, unde este adesea necesară o amplificare extinsă PCR, UMI-urile homotrimeri s-au dovedit eficiente în atenuând efectele artefactelor PCR, îmbunătățind astfel substanțial fiabilitatea datelor de secvențiere.

„Prin construirea UMI-urilor din blocuri omogene de nucleozide, ne-am propus să îmbunătățim corectarea erorilor atât în ​​secvențierea cu citire scurtă, cât și în cea lungă, prezentând angajamentul nostru de a îmbunătăți aplicațiile tehnologiei de secvențiere”, spune profesorul asociat Adam Cribbs, autor principal al lucrării și lider de grup în biologie computațională.

Această cercetare are implicații profunde. Prin rectificarea erorilor PCR din UMI-uri, crește foarte mult acuratețea cuantificării moleculare în diferite aplicații de secvențiere. Este un instrument vital pentru cercetătorii în ARN-ul în vrac, ARN-ul unicelular și secvențierea ADN-ului, permițând expresia genică și analize precise ale profilului molecular.

Corectarea îmbunătățită a erorilor UMI nu numai că reduce incidența fals-pozitivelor, dar oferă și aplicații multiple de diagnosticare, în special în scenariile care necesită analiza longitudinală a probelor.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Romania to participate in Kazakhstan International Exhibition

_ Arborii gravați evidențiază modalitatea de conservare a culturii sami

_ Camera Deputaţilor a adoptat proiectul pentru instituirea pe 14 mai a Zilei Solidarităţii şi Prieteniei dintre România şi Statul Israel

_ „Uciderea brutală care a uimit astăzi pe toți cei de la Centrul de Televiziune BBC”: Cum au spus colegii „devastați” lumii despre „crima fără sens” a lui Jill Dando - acum 25 de ani astăzi

_ Oficial: Zeci de proiecte din bani europeni în administrația PNL din Caraș

_ McDonald's va scoate „cel mai bun burger vreodată” împreună cu alți favoriți ai fanilor în schimbarea majoră a meniului

_ Poliția Română: Succese în lupta împotriva traficului de persoane în 2023 - 187 acțiuni și 35 grupări destructurate

_ Listele de așteptare ale NHS pentru evaluările autismului au atins un nivel record după o creștere „seismică” a gradului de conștientizare a afecțiunii

_ Scaffolder găsește mașina furată în doar o oră după ce Apple AirTag ascuns îl conduce direct la motorul dispărut

_ Comparații înfricoșătoare între incendiul de la Valencia și dezastrul Grenfell, deoarece placarea este din nou din vina pentru incendiul spaniol al blocului turn

_ 'Credeam că îmi pot lua adio de la viața sexuală' - Cum a fost salvat pacientul

_ „Mașina genetică a timpului” dezvăluie culturi complexe de cimpanzei

_ Evaluarea de aprobare a lui Donald Trump este mai mare cu generația Z dec�t orice altă grupă de v�rstă

_ Bunica și-a făcut primul tatuaj la vârsta de 98 de ani, ca un omagiu cu cerneală adus nepotului ei după ce acesta și-a luat viața

_ Veste importantă pentru pensionari! Noi beneficii asigurate prin Casa Națională de Pensii/ VIDEO

_ Contractele futures din SUA, piețele globale alunecă, dolarul și randamentele cresc din cauza escaladarii războiului din Ucraina

_ Urmăriți: Eco Loon le spune britanicilor „Există o problemă morală” cu a avea copii

_ Campionul mondial la javelin, Kitaguchi, pune marcajul la Tokyo

_ Inter Miami își cere scuze pentru absența lui Messi în Hong Kong

_ EPHRAIM HARDCASTLE: Prințul Andrew se bucură de lumina reflectoarelor la slujba de mulțumire cu regele Charles, William și Kate absenți

_ Jeremy Vine uimește fanii anunțând că este bisexual în direct la televizor într-o gafă ciudată - în timp ce telespectatorii îl compară cu Alan Partridge

_ 1 Aprilie, Ziua Păcălelilor: cum au intrat unele farse în istorie

Subordonat rețelei soroșiste ca și Nicușor Dan, Bilderbergul Merz pune biciul pe germani. Germania se înarmează până în dinți și vrea să taie pensii, ajutoarele sociale și subvenția pentru energie

_ Misiunea de menţinere a păcii a ONU, atacată în capitala Republicii Democratice Congo

_ Amendă record pentru un politician, după ce a numit 'pedofili' doi oameni, într-o dispută pe rețelele sociale

_ Dulce sau sărat? Asta spune despre tine gustul tău în gustări, conform științei

_ Moment crucial în procesul lui Trump: Selecția juraților începe în New York, sub presiunea opiniei puternice

_ Hidroelectrica-Roșia Montană, similitudini extrem de suspecte

_ Cercetările dezvăluie cheia unui profil irezistibil de întâlniri online

_ Este sigur să zbori în timpul eclipsei de soare? Iată ce au de spus experții

_ Război total la DigiSport între Radu Naum și un alt prezentator al postului. Și-au aruncat vorbe dure aruncate în timpul emisiunilor

_ AI deciphers new gene regulatory code in plants and makes accurate predictions for newly sequenced genomes

_ Ion Cristoiu: Ghinionul României – nu i-a fost luată Crimeea!

_ Senatorul australian spune că Elon Musk ar trebui „să fie în închisoare și cheia să fie aruncată”

_ Cele mai comandate flori pentru 8 martie: lalele, frezii şi zambile

_ Taylor Swift stârnește reacții, renunțând la 15 MAI MULTE piese la doar două ore după ce fanii au plătit sute pentru a cumpăra noul ei album The Tortured Poets Department

_ Ministerul Finanţelor lansează o nouă ediţie a programului de titluri de stat Fidelis

_ Un număr de 9.481 de elevi au fost prezenți la proba de limba și literatura maternă în cadrul simulării Evaluării Naționale

_ Avertisment al serviciilor secrete europene: Rusia pregăteşte activ atentate cu bombă sub acoperire, atacuri incendiare şi distrugeri ale infrastructurii pe teritoriul european

_ Boeing 757-200 a fost deviat de la rută după ce a suferit avarii la una dintre aripile sale

Regimul Soroșist l-a interzis pe primul clasat Georgescu dând o nouă lovitură de stat. BEC-ul s-a transformat ilegal în Organ Penal și a "judecat" abuziv și ilegal, invocând "constituțional" ilegalitalitatea CCR emisā pe 6 Decembrie.

_ Autoritățile găgăuze i se plâng Moscovei de `acțiuni ghidate` ale puterii de la Chișinău

_ Manifestaţii pacifiste în Germania, odată cu Paştele Catolic

_ RICHARD KAY: Dezbrăcat de cele mai carismatice vedete ale sale, monarhia se confruntă cu o criză profundă. Dar VA supraviețui - pentru că o face întotdeauna

_ România și Grecia dau marea lovitură care transformă radical această zonă a Europei

_ Reacția Statele Unite la cererea autorităților transnistrene

_ Relația zbuciumată a Prințului Harry cu Regina Camilla va fi explorată într-un nou documentar de la Channel 4, după ce Duke a numit-o „periculoasă” și „ticălosă” în memoriile sale Spare

_ Fetiţă vândută de părinţii români pentru 3.000 de euro, în Spania

_ Moment terifiant, suspectul înarmat o deturnează pe iubita soție Katherine Aguasvivas în mijlocul unei intersecții aglomerate din Florida, înainte de a o ucide și de a-i da foc rămășițelor în interiorul vehiculului furat.

_ Pe măsură ce BYD-ul Chinei inundă Europa cu mașini electrice ieftine, tarifele de modă veche pot trânti pe frână?

_ Bucătarul celebru Gino D'Acampo „nu poate să plătească fostul personal și fiscalul” după ce lanțul My Pasta Bar a ajuns cu pierderi de 5 milioane de lire sterline

_ SUA presează China, Turcia, Arabia Saudită pentru a opri planurile de atac asupra Israelului

_ Pericolul mărțișoarelor - Avertismentul lansat de ANPC

_ Re�mprospătați-vă salteaua cu uimitorul Topper de la MyPillow (reducere de 40% plus garanție de returnare a banilor)

_ Femeia critică cultura de bacșiș „inutil” după ce s-a simțit „presată de o mașină” să lase o gratuită la o casă automată

_ Fostul general ucrainean Zaluzhny numit nou ambasador al Regatului Unit � Zelensky �ncearcă să-și neutralizeze principalul rival politic

_ A murit creatorul de modă Roberto Cavalli

_ „Acest lucru tocmai mi-a apărut în fața mea - argintiu, în formă de trabuc, lung de aproximativ 45 de metri”: Faceți cunoștință cu localnicii care spun că apariția OZN-urilor în satul lor somnoros din Țara Galilor sunt dovada că nu suntem singuri

_ Putin �i spune lui Tucker că este conștient de �ncercarea lui Tucker de a se alătura CIA și spune �Mulțumesc lui Dumnezeu că nu te-au lăsat să intri� (VIDEO)

_ Deblocarea mecanismului de rumenire internă a ananasului


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9 Pag.10 Pag.11

Nr. de articole la aceasta sectiune: 639, afisate in 11 pagini.