13:42
Comentarii Adauga Comentariu

_ Cum se găsesc gene marker în grupuri de celule

_ Cum să găsiți gene marker în grupuri de celule

Care gene sunt specifice pentru un anumit tip de celulă, adică le „marcă” identitatea? Odată cu creșterea dimensiunii seturilor de date în zilele noastre, răspunsul la această întrebare este adesea o provocare. Adesea, genele marker sunt pur și simplu gene care au fost găsite în populații de celule specifice. Cu toate acestea, multe mai multe gene ar putea fi caracteristice unui anumit tip de celulă, dar rămân nedescoperite.

Ploturile de asociere (APL), o nouă metodă statistică pentru vizualizarea activității genelor într-un grup de celule, facilitează găsirea markerului acestuia. genele. Graficele compară activitatea genelor unui anumit cluster cu toate celelalte clustere din setul de date. În plus, ele fac mai ușor să vedem ce gene sunt partajate cu alte grupuri.

„Ploturile de asociere nu ne permit doar să identificăm noi gene marker. Funcționează și invers – suntem capabili să potrivim grupurile. de identitate necunoscută într-un set de date pentru tipurile de celule, pe baza unei liste furnizate de gene marker”, spune Elzbieta Gralinska de la Institutul Max Planck pentru Genetică Moleculară din Berlin.

Biotehnologul lucrează în echipa lui Martin Vingron. , care a dezvoltat tehnica. Cercetătorii au demonstrat funcționalitatea tehnicii pe două seturi de date disponibile public și au publicat rezultatele în Journal of Molecular Biology. Mai mult, APL a fost lansat ca modul gratuit pentru mediul statistic R. Pachetul APL permite cercetătorilor să își inspecteze vizual datele dintr-o singură celulă și să selecteze gene individuale cu cursorul pentru a afla mai multe detalii aprofundate.

Analiza și gruparea celulelor individuale

De ce este necesară identificarea genelor marker în primul rând? Tehnologiile moderne de secvențiere sunt capabile să descifreze molecule individuale de ARN în celule individuale. Dintr-o probă de sânge, de exemplu, fiecare celulă poate fi separată și o probă din ARN-ul celulei poate fi decodificată. Aceste date dintr-o singură celulă reprezintă genele active care au fost transcrise în molecule de ARN.

Avantaj: în loc să ne întrebăm despre ce tip de celulă îi aparține un anumit ARN, acesta poate fi urmărit până la celula sa de origine. Dezavantajul: secvențierea a mii de ARN în fiecare celulă din zeci de mii de celule produce cantități extraordinare de date.

O soluție este să sortați celulele în funcție de conținutul lor de ARN. „Datele cu o singură celulă sunt compuse dintr-un amestec sălbatic de mai multe tipuri de celule diferite. Suntem interesați de celulele aceluiași tip de celule, care ar trebui să se comporte în mod similar”, explică Martin Vingron. Prin urmare, are sens să grupăm celule similare din punct de vedere computațional, spune el. „Pentru noi, genele marker definesc un tip de celulă.”

Explorând grupurile de celule în mod interactiv

Folosind date disponibile public din celulele albe din sânge, echipa a demonstrat cum funcționează noul algoritm. Multe tipuri diferite de globule albe, cum ar fi celulele T, celulele B sau monocitele, sunt toate grupate în grupuri separate. Cercetătorii au confirmat genele marker cunoscute și au reușit să arate că rudele apropiate dintre celulele sanguine au, de asemenea, o mare similitudine în activitatea lor genică.

„Fiecare dintre genele marker pe care le-am găsit cu APL ar fi putut fi descoperită de la cel puțin o altă metodă existentă pentru identificarea genelor marker”, spune Gralinska. Dar avantajul APL față de algoritmii existenți este reprezentarea sa grafică a rezultatelor, spune ea. „Instrumentele existente oferă liste lungi de gene și valori ale scorului. Adesea, utilizatorii trec prin listă și se opresc la o limită arbitrară”.

În schimb, noua metodă oferă o modalitate de a vizualiza aceste gene, de a face clic pe fiecare și de a arunca o privire mai atentă asupra activității sale, spune ea. „Nu oferim doar liste de gene marker, ci le permitem utilizatorilor să revizuiască modul în care se comportă aceste gene”, spune cercetătorul. „Cu diagramele de asociere, ei se pot scufunda în datele lor pentru a afla mai multe despre fiecare tip de celulă”. În plus, spune ea, este foarte ușor să descompunem rolul biologic al celor mai interesante gene într-o etapă ulterioară prin analiza de îmbogățire a termenilor de Ontologie genetică, care este compatibilă cu software-ul APL - ceva pe care ea îl consideră „o caracteristică foarte utilă”.

Modelul matematic de bază

Datele cu dimensiuni mari care conțin informații despre activitatea între gene nu pot fi reprezentate vizual fără pierderea de informații. Același lucru este valabil și pentru datele grupate, toate acestea complicând analiza. „Trucul nostru este că luăm în considerare mult mai mult decât doar două sau trei dimensiuni, dar în cele din urmă creăm o diagramă bidimensională”, spune Gralinska.

Ploturile de asociere sunt derivate dintr-o tehnică matematică care încorporează simultan atât genele, cât și celulele într-un spațiu comun, de dimensiuni înalte. Măsurarea distanțelor dintre gene și un anumit grup de celule în acest spațiu are ca rezultat perechi de valori care reflectă asocierea unei gene cu un anumit grup și oferă perspective asupra asocierii acesteia cu alte clustere.

„O neajuns al APL este că ne bazăm pe date pre-cluster, ceea ce înseamnă că trebuie să ne bazăm pe alte tehnici de grupare”, spune Martin Vingron. „Cu toate acestea, sperăm că noua noastră metodă va găsi mulți utilizatori noi. Constatăm că un proces vizual și interactiv pur și simplu face o analiză mai bună.”


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ ISTORIA FĂRĂ PERDEA Marius Oprea / Dosarul Revoluţiei. Conspiratorii lui Gorbaciov în România

_ Atmosfera Pământului poate fi sursa de apă lunară

_ Comisia Europeană anunţă lansarea pe orbită a doi sateliţi Galileo care au primit numele unor copii câştigători ai unui concurs de desen

_ Poliția durează cu trei minute mai mult pentru a răspunde la infracțiuni grave decât acum șase ani

După ce precursorii lor au ars Biblioteca din Alexandria, Progresiștii s-au apucat să-i cenzureze pe Marii Filozofi. Cică sunt neluminați. Acum, academicienii pun avertismente de rasism asupra operelor filozofilor europeni

SUA. Comitetul de informații al casei vorbește despre noile arme biologice ADN care pot viza o singură persoană

Cel mai vechi ADN de la un cal american domesticit dă credință folclorului naufragiului

_ Administraţia Fondului pentru Mediu a acceptat alte 589 de dosare de finanţare pentru 'Rabla Clasic' şi 'Rabla Plus' - persoane juridice

„Ceasul biologic” masculin poate afecta şansele de naştere mai mult decât se credea

_ Căpitanul de armată care mergea la Polul Sud era prea speriat să se antreneze afară noaptea după cazul Sarah Everard

_ Tristan Thompson, mamă Maralee Nichols, își rupe tăcerea după rezultatele testului de paternitate

_ De ce celulele stem din dinți ar putea ajuta la tratarea depresiei

_ Starul WNBA Candace Parker s-a căsătorit în secret cu Anna Petrakova în urmă cu DOI ANI, așteptând primul copil

_ Carlos Marín moare de Covid la vârsta de 53 de ani în spitalul din Manchester, după ce a fost pus în comă

_ Ambasada Rusiei tocmai a lansat un nou videoclip care bate joc de Occident: „E timpul să ne mutăm în Rusia” unde există „valori tradiționale, creștinism, cultură fără anulare”

Evaluarea Națională : Singurul Examen din Romania Corect și Egal în Șanse redus la tăcere de Câmpeanu din 2024. Masonul Câmpeanu și Gașca Progresistă își fac mendrele în Sistemul Educațional, discriminează copiii și pun cruce Învățământului Românesc

_ SUA lovesc puternic în Rusia: Moscova ar putea intra în default

Ghinion. Argentina, Brazilia, Paraguay și Uruguay nu i-au permis lui Zelenski să susțină un discurs la summitul de la Asuncion

Plin de șacali în Deltă. Circa 120 de exemplare de şacali, capturate în Delta Dunării

_ Americanii așteaptă în linii de pâine pentru a-și hrăni familiile la băncile alimentare din întreaga țară pentru a supraviețui coșmarului inflaționist al lui Biden

_ Sofia Richie arată șic în haină lungă în timp ce se îndreaptă spre cina din Beverly Hills cu logodnicul Elliot Grainge

ÎNCĂ O MIZERIE PROGRESISTĂ. Film cu Călugărițe Lesbiene. Asta le-a trecut prin cap, neomarxiștilor, în încercările lor repetate de a distruge credința. Povestea adevărată din spatele filmului călugărițelor lesbiene numit „cel mai rasist film din acest an”

_ Morrissey afișează un afișaj discret în timp ce stă în mașină în timp ce merge la o băcănie în LA

_ Holly Hagan se căsătorește cu Jacob Blyth!

_ Am o amendă pentru Dart Charge de 13.000 lire sterline - ce pot face?

_ Justin Bieber AMANĂ „următoarele spectacole” din turneu pentru că „boala lui non-Covid se înrăutățește”

_ Cum Carlos Marin din Il Divo a trecut de la copil minune la vedeta „poperă”.

_ Francia Marquez: De la servitoare la primul vicepreședinte negru al Columbiei

_ Rapoarte false inundă internetul că rapperul Santan Dave a murit

_ DNA a dat iar 'lovitura' cu marea corupție: Administratorul unei firme, trimis în judecată pentru complicitate la evaziune fiscală

_ The Tonight Show implicat în folosirea filtrelor pentru partea lui Kim Kardashian cu Jimmy Fallon

_ Imagini uimitoare cu drone arată că trei balene ucigașe vânează un rechin alb mare de 9 picioare și îi mănâncă ficatul

_ Volodimir Zelenski: este mometul istoric în care ne îndreptăm cu viteză maximă spre aderarea la UE/ Video

_ Michael Fassbender conduce o mașină sport verde înainte de a concura la 24 de ore de la Le Mans

_ TREBUIE VĂZIT: Rep. GOP Dan Bishop DISTRUGE DOJ Hack pentru a �nființa bărbați albi cu venituri mai mici �ntr-un complot inventat și plătit pentru Whitmer fals (VIDEO)

Condiții inumane pentru câini. Culmea controlului la stânele din Gorj: Polițiștii au dat amenzi pentru condițiile în care erau ținuți câinii

Visul Soroșistei Alina Mungiu Pippidi este de a putea alege doar între două slugi ale străinătății : „O finală la prezidenţiale între Dacian Cioloş şi Mircea Geoană ar însemna nişte alegeri frumoase şi curat euro-atlantice”

Trei femei negre căutate pentru un atac violent și rasist asupra unei femei albe în autobuzul din NYC

Actualizare: Victima atacului "anti-alb"spune că atacatorul negru a acuzat-o că este o susținătoare a lui Trump

Putin formează o alianță a statelor paria care va fi o amenințare mai gravă pentru Occident decât blocul sovietic

Ce mizerii mai fac Securistoizii de la conducerea PSD. Cristoiu: Lumea moare şi PSD se piaptănă de-a democraţia

_ Ion Cristoiu: Alianţa dintre Rusia şi Ungaria durează de pe vremea lui Boris Elţîn. De 30 de ani, adică

Insectele care hibernează refac mușchii la cerere

Oamenii de știință creează o nouă fază ciudată a materiei care pare să ocupe DOUĂ dimensiuni temporale

_ ISTORIA FĂRĂ PERDEA Marius Oprea/ Anatomia unei mistificări: Lotul ”Rugul Aprins” şi ”seceta de sfinţi români”, acuzaţi de legionarism

Cântecele balenei cu cocoașă arată că oamenii nu sunt singurele specii capabile de transmitere culturală

Ciuperca muștei zombie „vrăjește” bărbații să se împerecheze cu cadavrele de femei care au fost moarte de o zi

Telescopul spațial James Webb captează date pe o unitate de 68 GB - suficient pentru a stoca informații în valoare de o zi

PREZENTUL FĂRĂ PERDEA Marius Oprea: În agricultură, ”apa face diferenţa”. Prostia sau reaua-voinţă a guvernanţilor o anulează

DailyMail se laudă "Războiul din Ucraina: Armele britanice fac ca lui Putin să-i curgă sânge din nas"

România 41 de grade Celsius, la umbra 16 județe din zona de sud a țării sunt sub cod portocaliu de caniculă

_ David Dickinson, în vârstă de 80 de ani, prezintă un spectacol foarte animat în timp ce părăsește premiile National Reality TV

_ Karine Jean-Pierre spune că zburarea de la Casa Albă cu străini ilegali peste tot în SUA este „altfel” decât transportul ilegal cu autobuzele din Texas către DC (VIDEO)

_ Doi suspecți implicați în farsa răpirii lui Whitmer se confruntă cu un nou proces – judecătorul nu va permite ca dovadă detaliile juriului Hung Hung

_ Legenda baschetului Bill Russell a murit la 88 de ani

_ Părinții unei femei din Louisiana, în vârstă de 36 de ani, găsite moartă, „confundate cu o canapea” acuzată de crimă de gradul doi

_ Madonna se bucură de o seară bizară în timp ce își arată noul grătar și se apropie de o prietenă

_ Ceremonia de deschidere a Jocurilor Commonwealth 2022 LIVE: Cele mai recente actualizări de la Birmingham

_ Institutul Naţional de Statistică: PIB-ul României a crescut în primul trimestru cu 5,2% faţă de T4 2021

_ Dublă U18 România - Macedonia de Nord în august - Lotul convocat


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4

Nr. de articole la aceasta sectiune: 232, afisate in 4 pagini.