18:27 2023-03-23
science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu
_ Cercetătorii dezvoltă o metodă de descifrare a regulilor poziționale în splicing
_ Cercetătorii dezvoltă o metodă pentru descifrarea regulilor poziționale în splicing
O echipă de cercetare condusă de prof. Xue Yuanchao de la Institutul de Biofizică al Academiei Chineze de Științe a dezvoltat o nouă metodă de profilare globală a contactelor ARN-ARN in situ asociate cu o proteină specifică de legare a ARN (RBP) și a dezvăluit mecanisme poziționale prin care buclele de ARN asociate cu PTBP1 reglează îmbinarea exonilor casetei.
Acest studiu a fost publicat online în Molecular Cell pe 22 martie. .
La eucariote, același pre-ARNm poate produce mai multe izoforme de proteine pentru a executa funcții biologice similare sau diferite prin splicing alternativ. Mai multe modele de lungă durată au propus că RBP-urile pot reglementa splicing alternativ prin modularea interacțiunilor ARN-ARN (RRI) pe distanță lungă. Cu toate acestea, dovezile experimentale directe lipseau.
Pentru a umple golul de cunoștințe, cercetătorii au creat o metodă de captare RIC-seq (CRIC-seq) pentru a mapa RRI-uri specifice asociate cu RBP prin valorificarea principiului RIC-seq. tehnologie și îmbogățire mediată de imunoprecipitare. Tehnologia RIC-seq a fost dezvoltată de grupul Prof. Xue în 2020 pentru profilarea globală a tuturor RRI-urilor mediate de RBP care exprimă, mai degrabă decât a unuia specific.
Folosind metoda CRIC-seq și analiza lor auto-dezvoltată de date. pipeline, cercetătorii au obținut RRI de înaltă încredere mediate de PTBP1, hnRNPA1 sau SRSF1 și au generat hărți funcționale 3D ARN pentru a investiga mecanismele poziționale ale acestor RBP din noul unghi de conformație spațială a ARN.
Asemănător cu hnRNPA1. , dar spre deosebire de SRSF1, cercetătorii au descoperit că buclele de ARN mediate de PTBP1 tindeau să fie îmbogățite pe o parte a intronului atunci când sporesc îmbinarea exonilor casetei. Spre deosebire de aceasta, la reprimarea splicing-ului, buclele de ARN mediate de PTBP1 au avut tendința de a acoperi exonii casetei. Aceste descoperiri demonstrează că PTBP1 poate regla splicing-ul exonului casetei prin medierea unor bucle specifice de ARN într-o manieră dependentă de poziție.
Conform analizei bazate pe minigene, cercetătorii au descoperit că numai PTBP1 de tip sălbatic (WT), dar nu mutantul C23S PTBP1, poate forma un homodimer pentru a salva modificările de îmbinare corespunzătoare după declanșarea PTBP1.
În plus, testul de legare mediat de CRISPR-dCasRx a confirmat că buclele de ARN concepute de WT PTBP1 pot modula utilizarea -exoni casete reglați cu PTBP1. Aceste rezultate demonstrează că dimerizarea PTBP1 poate determina bucla ARN pentru a modula splicing.
În plus, prin integrarea loci de trăsături cantitative de splicing (sQTL) legate de cancer cu RRI-uri asociate cu PTBP1, cercetătorii au identificat 121 de sQTL care pot afecta splicing prin modificarea buclelor de ARN. În mod neașteptat, un sQTL situat în buclele intrronice ale HERPUD2 poate induce sărirea exonului 7, generând astfel o izoformă scurtă pentru a promova proliferarea celulelor HeLa. Aceste rezultate demonstrează modul în care mutațiile necodante legate de cancer modulează conformația spațială a ARN pentru a promova creșterea celulelor tumorale.
Comentarii:
Adauga Comentariu