15:39
Comentarii Adauga Comentariu

_ Studiul oferă o abordare puternică de modelare computerizată a simulărilor celulare

_ Studiul oferă un abordare prin modelare computerizată a simulărilor celulare

Un raport de referință de la Universitatea din Kansas, apărut săptămâna aceasta în Proceedings of the National Academy of Sciences, propune o nouă tehnică de modelare a vieții moleculare cu ajutorul computerelor.

Potrivit autorului principal Ilya Vakser, director al Programului de Biologie Computațională și Centrului de Biologie Computațională și profesor de bioștiințe moleculare la KU, investigația în modelarea computerizată a proceselor vieții este un pas major către crearea unei simulări de lucru a unei celule vii la rezolutie atomica. Avansul promite noi perspective asupra biologiei fundamentale a unei celule, precum și un tratament mai rapid și mai precis al bolilor umane.

„Este de aproximativ zeci sau sute de mii de ori mai rapid decât tehnicile existente de rezoluție atomică. ”, a spus Vakser. „Acest lucru oferă oportunități fără precedent de a caracteriza mecanismele fiziologice care acum sunt mult dincolo de atingerea modelării computaționale, de a obține informații despre mecanismele celulare și de a folosi aceste cunoștințe pentru a îmbunătăți capacitatea noastră de a trata boli.”

Până acum, Un obstacol major în calea modelării celulelor prin intermediul computerului a fost modul de abordare a proteinelor și a interacțiunilor lor care se află în centrul proceselor celulare. Până în prezent, tehnicile consacrate pentru modelarea interacțiunilor proteinelor au depins fie de „acoperirea proteinelor”, fie de „simularea moleculară”.

Conform investigatorilor, ambele abordări au avantaje și dezavantaje. În timp ce algoritmii de andocare a proteinelor sunt grozavi pentru eșantionarea coordonatelor spațiale, ei nu țin cont de „coordonatele de timp” sau dinamica interacțiunilor proteinelor. Prin contrast, simulările moleculare modelează bine dinamica, dar aceste simulări sunt prea lente sau cu rezoluție scăzută.

„Studiul nostru de dovadă a conceptului face legătura între cele două metodologii de modelare, dezvoltând o abordare care poate atinge intervale de timp fără precedent de simulare. la rezoluția totală a atomului”, au scris autorii.

Colaboratorii lui Vakser la lucrare au fost Serghei Grudinin de la Universitatea Grenoble Alpes din Franța; Eric Deeds de la Universitatea din California-Los Angeles; Nathan Jenkins, doctorand la KU și Petras Kundrotas, profesor asistent de cercetare la Programul de biologie computațională al KU.

După ce a conceptualizat cum să combine cel mai bine avantajele celor două abordări de modelare a proteinelor, echipa a dezvoltat și codificat un algoritm pentru a conduce noua simulare.

„Cea mai dificilă provocare a fost de a dezvolta algoritmul care reflectă în mod adecvat ideea de bază simplă a abordării”, a spus Vakser.

Dar odată ce au făcut această descoperire, au ar putea să se apuce de validarea noii proceduri.

„Paradigma a fost ușoară – o lovitură de claritate”, a spus Vakser.

„Abordările existente de simulare petrec cea mai mare parte a timpului de calcul călătorind în zonele cu probabilitate scăzută sau cu energie înaltă ale sistemului. Știm cu toții unde sunt aceste zone. În schimb, ideea a fost să eșantionăm sau să călătorim doar în zonele cu probabilitate ridicată și cu energie scăzută și să omitem cele mai scăzute. -cele de probabilitate prin estimarea ratelor de tranziţie între stările cu probabilitate mare.Paradigma este la fel de veche ca modelarea biomoleculară în sine și a fost utilizată pe scară largă încă de la începutul erei modelării cu zeci de ani în urmă.”

Dar Vakser a spus până la noua lucrare a echipei sale, abordarea nu a fost aplicată cineticii interacțiunilor proteinelor în mediul celular, centrul studiului lor.

„Deoarece există mult mai puține stări cu probabilitate mare decât cele cu probabilitate scăzută, asta ne-a oferit un câștig uriaș în viteza de calcul – de la zeci la sute. de mii de ori”, a spus Vakser. „Acest lucru a fost făcut fără pierderea aparentă a preciziei. Se poate argumenta că a fost câștigată acuratețea, deoarece protocolul de simulare se bazează pe tehnicile de „docking”, care sunt concepute special pentru caracterizarea ansamblurilor de proteine”.

Cercetatorul KU a spus că metoda sa de simulare celulară ar putea fi utilizată pentru a cerceta sănătatea umană și a trata bolile cu un nou nivel de precizie.

„Abordarea poate fi folosită pentru a studia căile moleculare. mecanismele de bază ale bolii”, a spus Vakser. „Poate fi folosit pentru a determina efectele dăunătoare ale mutațiilor genetice prin modelele modificate ale asociațiilor de proteine ​​– mutațiile genetice provoacă modificări în structura proteinelor, care la rândul lor afectează asocierea proteinelor. Sau ar putea fi folosit pentru a identifica ținte pentru proiectarea medicamentelor prin detectarea elementelor critice în modelele de asociere a proteinelor.”

Conform lui Vakser, noua tehnică de simulare oferă multe căi de cercetare promițătoare de explorat în viitor.

„Printre acestea se numără adaptarea abordării la interacțiunile proteinelor cu acizii nucleici, ARN-ul și ADN-ul”, a spus el. „De asemenea, am dori să ținem cont de flexibilitatea formelor moleculare, să corelăm cu spectrul în curs de dezvoltare rapidă de studii experimentale ale mediului celular și să aplicăm procedura unui model al unei celule reale, cu componentele sale moleculare reale împachetate împreună”.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

Cristian Terheș - 08 Oct 2022 21:50:03 - Komisarii sovietici de la UE au cerut României să închidă centrale ce produceau 2355 MW curent electric în timp ce populația României plătește prețuri astronomice la electricitate

Călin Georgescu - 25 Nov 2022 18:46:40 - "Unde este salonul Cuza, unde este salonul Mihai Viteazul? Își bat joc de Istoria României"

Cristian Terheș - 18 Oct 2022 12:48:44 - Bilderberga Ursula von Der Leyer trebuie anchetată de urgență

Călin Georgescu - 22 Nov 2022 00:03:33 - Civilizația Aurului

Ce au în comun caracatița și creierul uman

SUA. Cum a ascuns Mass Media Progresistă Americană mizeriile găsite pe laptopul lui Hunter Biden de frica că Joe Biden va fi implicat și el...

_ Echipa de fotbal a Angliei ia genunchi înainte de meciul de la Cupa Mondială împotriva SUA – Iată de ce

E nevoie de o mișcare suveranistă în România?

_ Joe Biden ia masa la un restaurant din Nantucket numit „Frăția Hoților” (VIDEO)

_ Oferte Amazon Black Friday 2022 LIVE: ULTIMELE oferte de astăzi

Cristian Terheș - 12 Oct 2022 17:17:37 - A știut Pfizer de Coronavirus înainte de ianuarie 2020 când virusul a apărut în China din moment ce a început testele pe șoareci în ianuarie 2020?

_Călin Georgescu - 17 Nov 2022 17:38:52 - Despre manipulările globaliștilor progresiști

_ Ungaria: ONG-ul Soros a cheltuit 4 milioane de dolari pentru a-l �nlătura pe Orb�n cu opoziție, inclusiv neo-naziști

_ Evaluarea jucătorilor la Cupa Mondială: Valencia din Ecuador și Gakpo din Olanda strălucesc, dar fundașul Ake se luptă

_ ACTUALIZARE: Un nou videoclip al lui Black Uber Driver arată că White DC Karen are o criză rasistă

_ „Noapte bună Oppy”: De ce acest film despre un robot marțian te va face să te întinzi după batistă

_ Ashley Roberts arată fermecător la Gay Times Honors 2022

_ Cupa Mondială: Raphael Varane „va începe cu Franța împotriva Danemarcei” după ce a depășit o accidentare la coapsă

ROMÂNIA TRĂDĂTORILOR CARE ÎȘI BAT JOC DE CONSTITUȚIE. Cristian Terheș "Nu există stat fără Constituție. PSD și PNL au dizolvat Constituția României"

_Călin Georgescu - 19 Nov 2022 01:27:05

_Călin Georgescu - 19 Nov 2022 03:09:53

Mobilă Săsească

_ Teresa Giudice și soțul Luis Ruelas călătoresc la Paris

_ Remiza Angliei cu SUA nu înseamnă că echipa lui Gareth Southgate nu poate continua și ridica Cupa Mondială

_ GRAEME SOUNESS: Fiecare echipă de Cupă Mondială ar fi iubit un jucător ca vechiul meu coleg „Doc”

_Călin Georgescu - 18 Nov 2022 06:32:26

_Călin Georgescu - 25 Nov 2022 14:32:05

_ EVALUAREA JUCĂTORILOR din SUA: Zimmerman a revenit și Pulisic a fost implicat în orice față de Anglia

_ Reducerea de Vinerea Neagră de la Amazon are reduceri URIAȘE la Samsung, Keurig, De'Longhi, Kitchenaid și multe altele

_Călin Georgescu - 22 Nov 2022 01:18:08

_ Fanii americani îl critică pe Gregg Berhalter pentru lipsa de timp de joc a lui Gio Reyna, spunând că este „prea puțin, prea târziu”

_ Madysen Glynn: Femeia de 22 de ani „câștiga 40.000 USD pe lună din dropshipping”

_ Cele mai bune oferte de Black Friday 2022: oferte LIVE Amazon UK

_ Amazon Black Friday este aici! Cumpărați o mulțime de reduceri URIAȘE la articole de uz casnic și de curățenie

_ Jucătorii lui Sunderland SE LUPTE cu Al-Shabab în timp ce tensiunile se aprind într-un amicale înflăcărat

_ Harry Kane insistă că „putem juca mai bine” după ce Anglia „nu și-a ocolit” șansele la remiza din SUA

_ Economisiți până la 63% la cele mai bune televizoare, căști, laptopuri și jocuri de la Sony, Apple, Bose și altele

_ Myleene Klass uimește într-o salopetă cu imprimeu leopard în timp ce se alătură lui Jaime Winstone la seara presei de teatru

_ Jessica Alba împărtășește o poză dulce de familie după sărbătorirea Zilei Recunoștinței

_ Kevin Durant spune că este „mișto” să-l vezi pe LeBron James apropiindu-se de recordul de scoruri al NBA

_ Obțineți difuzoare și căști Marshall de top cu o reducere de până la 150 USD în timpul reducerii de Vinerea Neagră a Amazon

_ Taylor Lautner și noua soție, Taylor Dome, fac figuri casual în timp ce merg la cumpărături în LA

_ Marcus de la Mumford & Sons dezvăluie că are melodii „gata de plecare” pentru următorul lor album, în timp ce tachinează un turneu

Am avut vreun lider care nu a fost sclavul Occidentului? @vocealibertatii

Tu ce parere ai? PSD și PNL dau legi împotriva Suveranității României

_ Armie Hammer ia cumpărături cu mama vitregă Misty în Los Angeles după moartea tatălui său

_ EXC: Bradley Cooper și Irina Shayk o iubesc pe fiica Lea în timp ce își petrec Ziua Recunoștinței împreună

_Călin Georgescu - 19 Nov 2022 06:46:17

_Călin Georgescu - 19 Nov 2022 04:45:31

_Călin Georgescu - 24 Nov 2022 01:02:57

_ Ambasada Statelor Unite își „demite” propriul diplomat în timp ce trollează Anglia înaintea meciului de la Cupa Mondială

_Călin Georgescu - 23 Nov 2022 00:50:46

_ Franța se confruntă cu cea mai mare provocare în faza grupelor împotriva unei Danemarce solide

_Călin Georgescu - 24 Nov 2022 04:45:50

_Călin Georgescu - 24 Nov 2022 16:59:01

_ Caz incredibil în Brăila: Frate și soră, condamnați pentru incest. Cei doi au dat naștere la doi copii, care au ajuns acum în grija statului

_ Anglia 0-0 SUA - Cupa Mondială 2022: Trei lei se poticnesc la egalitate nervoasă în Qatar

_ Cameraman BBC purtând un ceas dezbrăcat în curcubeu a refuzat la Cupa Mondială

_ Zelensky spune că Ucraina trebuie să îndepărteze Rusia de pe pământul său, altfel războiul este înghețat până la reluare

_ PROTEST DE AZI �N MARICOPA: #AZREVOTE � Patrioții plănuiesc un protest URIAș �n fața Capitoliului AZ astăzi, la 9 dimineața


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9 Pag.10 Pag.11 Pag.12 Pag.13 Pag.14 Pag.15
Pag.16 Pag.17 Pag.18 Pag.19 Pag.20 Pag.21 Pag.22 Pag.23
Pag.24 Pag.25

Nr. de articole la aceasta sectiune: 1457, afisate in 25 pagini.



ieri 23:43 Test
ieri 23:12 Test2
ieri 03:00 Știri Negre
ieri 01:33 Băncile ....