16:37
Comentarii Adauga Comentariu

_ Noul set de instrumente face simulările de dinamică moleculară mai accesibile

_ Noul set de instrumente face moleculară simulările de dinamică mai accesibile

Simulările de dinamică moleculară (MD) au devenit un instrument puternic în domeniile în continuă creștere ale biologiei moleculare și dezvoltării de medicamente. În timp ce există multe tehnici de simulare MD, MD de selecție în cascadă paralelă (PaCS-MD) este una deosebit de utilă atunci când se studiază plierea (sau „conformarea”) proteinelor sau interacțiunile dintre proteine ​​și liganzi.

Ceea. al acestei metode constă în rularea mai multor simulări MD în paralel, explorând astfel diferite conformații posibile simultan. Folosind criterii de selecție atent elaborate, conformațiile promițătoare pot fi detectate automat în „instantanee temporale” și investigate în continuare. Această strategie accelerează foarte mult descoperirea interacțiunilor moleculare cheie și a proceselor dinamice care ajută oamenii de știință să înțeleagă mișcările funcționale ale proteinelor.

Cu toate acestea, unul dintre obstacolele PaCS-MD este că utilizatorii trebuie să scrie scripturi personalizate pentru a executa MD-ul dorit. simulări. În aceste scripturi, ei trebuie să specifice condițiile inițiale și caracteristicile țintă, să selecteze software-ul MD de utilizat, să implementeze o procedură de clasare instantanee și să pregătească structurile inițiale pentru următorul ciclu de simulare. Acest proces, care poate fi destul de complex și predispus la erori, creează o barieră considerabilă de intrare pentru oamenii de știință interesați să folosească PaCS-MD.

Din fericire, o echipă de cercetători de la Școala de Științe și Tehnologie a Vieții din Tokyo Institutul de Tehnologie din Japonia și-a propus recent să abordeze această problemă. În ultimul lor studiu, care a fost publicat în The Journal of Physical Chemistry B și condus de profesorul Akio Kitao, echipa a dezvoltat un pachet software numit PaCS-Toolkit pentru a face PaCS-MD mai accesibil și mai convenabil de utilizat.

Un avantaj notabil al PaCS-Toolkit este că întregul proces de simulare este configurat printr-un singur fișier de configurare. În acest fișier, utilizatorii specifică parametri importanți pentru simulări, inclusiv tipul de PaCS-MD, numărul de simulări MD care urmează să fie rulate în paralel și reziduurile de proteine ​​​​sau atomi de care să țină evidența ca criterii de selecție pentru ramurile paralele.

PaCS-Toolkit preia acest fișier de configurare, alături de fișierele de intrare standard MD, și rulează simulări PaCS-MD conform software-ului MD specificat. Merită remarcat faptul că, deoarece pachetul este un software deschis scris în Python — un limbaj de programare popular — utilizatorii pot ajuta la îmbunătățirea PaCS-Toolkit și la extinderea funcționalităților acestuia.

„Setul nostru de instrumente menține flexibilitatea, astfel încât noile funcții, biblioteci, și software-ul MD poate fi adăugat prin introducerea de clase responsabile în Python. Utilizatorii care pot programa în acest limbaj ar trebui să poată modifica codul PaCS-Toolkit și să implementeze noi metode, după cum este necesar”, spune prof. Kitao.

Un alt avantaj crucial al PaCS-Toolkit constă în optimizarea și compatibilitatea sa cu diferite medii de calcul, fie că este vorba de o serie de supercalculatoare cu o interfață de transmitere a mesajelor (MPI), servere echipate cu mai multe plăci grafice (GPU) sau computere personale, cum ar fi laptopurile .

„PaCS-Toolkit încorporează în mare măsură paralelizarea folosind MPI, GPU și pachetul de multiprocesare Python, permițând optimizarea timpului de calcul în funcție de resursele de calcul disponibile”, explică prof. Kitao.

Pentru a prezenta potențialul setului lor de instrumente, cercetătorii au efectuat simulări PaCS-MD adaptate pentru trei aplicații diferite. Acestea au inclus plierea mini-proteinei chignolinei, mișcarea domeniilor proteice într-o enzimă SARS-CoV-2 și disocierea ligandului de la un receptor important de adenozină.

„Luate împreună, rezultatele noastre indică faptul că PaCS -Setul de instrumente poate fi utilizat cu ușurință pentru a simula o mare varietate de dinamică pentru diferite tipuri de sisteme moleculare”, conchide prof. Kitao.

Acest set de instrumente ar putea ajuta la deblocarea adevăratului potențial al simulărilor PaCS-MD în diverse domenii, permițând cercetătorilor interesați să facă lumină asupra proceselor moleculare complexe și să accelereze descoperirea medicamentelor.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Magazinul din Cornish pictat cu „Smurf blue” dintr-o zonă de conservare pitorească a fost restaurat la culoarea albă inițială, după ce localnicii s-au plâns că a făcut ca stațiunea „să arate ca Benidorm”.

_ Cum intransigența Irlandei față de Brexit revine să-l bântuie: GUY ADAMS vizitează orașul de biafore din Dublin, hotelul cândva de lux plin de migranți și este martor la reacțiile publice tot mai mari

_ �Unsung Hero� � Mergeți să vedeți acest film dacă aveți o șansă � O poveste frumoasă a unei minunate și faimoase familii de muzică creștină

_ Cele mai bune cărți noi de citit în acest weekend: criticii noștri își dau verdictul asupra tuturor, de la o poveste despre maternitate marcată de bătălii până la cel mai recent Jack Reacher, rapid și furios

_ Pensionarul, 83 de ani, care a jurat că nu va părăsi niciodată casa sa prăbușită de pe stâncă, este forțat în sfârșit să se mute, deoarece este prea periculos să rămână în el după o alunecare de teren

_ Războiul din Ucraina, ziua 786. CIA susţine că, fără ajutor, Ucrainariscă să pierdă războiul în câteva luni / Rachete ruseşti au aterizat la Dnipro, cel puţin 2 morţi şi 15 răniţi

_ David Beckham merge mână în mână cu fiica Harper, în timp ce el și fiii Cruz, Brooklyn și nora Nicola Peltz se îndreaptă către show-ul soției Victoria din Săptămâna Modei de la Paris - dar Romeo ratează!

_ Șeful Airbus nu se bucură de situația dificilă în care se află rivalul american Boeing

_ DINAH VAN TULLEKEN și soțul Chris i-au plăcut să crească în familii mari. Dar, în timp ce se pregătește să nască din nou, ea întreabă: De ce mă simt atât de vinovată că am născut copilul nr. 3?

_ BRIT Awards 2024: Dua Lipa arată incredibil într-o rochie din piele strânsă, în timp ce conduce vedetele alături de uimitoare Ellie Goulding, Isla Fisher și Charli XCX pe covorul roșu elegant

_ Este un favorit reconfortant, dar poate un sandviș cu ou și creson să valorize vreodată 6 GBP? SARAH RAINEY încearcă versiunea „posh” de la M&S a unuia dintre sarniile noastre de bază

_ Selena Gomez NEGA să aibă o aventură cu nepotul lui JFK, John Kennedy Schlossberg, și spune că „nu a întâlnit niciodată acest om” – în timp ce vedeta filmează Only Murders in the Building sezonul 3

_ Prințul Harry a „schimbat zborurile” pentru a se întoarce acasă la Meghan mai repede după ce l-a văzut pe Regele Carol afectat de cancer, când avionul original a fost „întârziat cu două ore”

_ AMANDA PLATELL: Genele rusești de lux din nurcă falsă au devenit dependența mea de frumusețe de 5.000 de lire sterline pe an, dar am rămas cu această umflare dureroasă și mi-au căzut genele naturale

_ Când soțul meu a fost diagnosticat cu cancer incurabil la 39 de ani, și-a dezvăluit ultimul regret surprinzător. Acum îmi trăiesc viața așa cum și-ar fi dorit el, scrie STACEY HEALE

_ Clapham Common împușcătură: bărbați înarmați cu ciclomotor împușcă doi într-un pub de pe strada principală, în timp ce un al treilea este „împușcat” în timp ce poliția vânează doi suspecți care au fugit de la fața locului

_ Asistență umanitară britanică confirmată printre șapte membri World Central Kitchen uciși după „atacul aerian israelian” în Gaza, inclusiv cetățeni din Australia și Polonia: IDF lansează o sondă „la cele mai înalte niveluri”

_ Bărbații care ar fi putut fi James Bond: de la refuzul lui Sir Michael Caine până la testele eșuate pe ecran ale lui Sam Neill și James Brolin - se zvonește că feministul autodeclarat Aaron Taylor-Johnson i s-a oferit un rol

_ Moment terifiant suspect înarmat deturnează o soție iubită, Katherine Aguasvivas, în mijlocul unei intersecții aglomerate din Florida, înainte să o omoare și să-i dea foc rămășițelor în interiorul vehiculului furat.

_ Primul interviu al familiei regale daneze demonstrează că regina Maria deține „controlul deplin” și „își blochează soțul îmbufnat și divagabil” în urma scandalului său „afacere”, susține expertul în limbajul corpului

_ Se lansează Raspberry Pi Connect, controlează de la distanță Pi-ul prin browser web

_ La ce te poți expune dacă consumi cafea decofeinizată. Ce spun specialiștii

_ E timpul pentru un pui de somn... sau poate o somn jumbo! Moment adorabil, turma de elefanți se ghemuiește pentru un somn în India

_ Situația s-a schimbat radical: de ce au ajuns ungurii să-și facă cumpărăturile în România

_ Străzi Deschise - Promenadă urbană: Strada Zece Mese din sectorul 2 va găzdui în weekend, în intervalul 10.00 - 20.00, activităţi dedicate familiilor

_ O deputată AUR a răbufnit: George Simion are interzis în comisia parlamentară care controlează activitatea SRI

_ EXCLUSIV: Citiți noua poveste de dragoste uluitoare de la autorul cărții O zi. Marnie nu s-a gândit niciodată că va fi atât de singură încât va vorbi la televizor. Michael face lungi plimbări solitare în ploaie. Acum afla ce se intampla in continuare...

_ Sora lui Cressida Bonas, Pandora Cooper-Key, în vârstă de 51 de ani, spune că și-a planificat înmormântarea de „de mii de ori”, când dezvăluie că a fost diagnosticată cu o tumoare pe creier inoperabilă pe fondul luptei de 24 de ani împotriva cancerului.

_ SUA lansează un atac puternic asupra rebelilor Houthi

_ Annabel Croft spune că Kate Garraway și-a îndurerat soțul Derek Draper pentru „mult timp” înainte de moartea acestuia, după ce acesta s-a luptat cu Covid timp de patru ani – în timp ce ea vorbește despre durerea ei „oribilă”

_ Vestea momentului pentru Simona Halep! Românca se poate pregăti de competiţia carierei

_ Inflația a urcat până aproape de 70% în Turcia

_ �Mă g�ndesc la asta� � Actorul Michael Rappaport s-a schimbat, poate vota cu Trump �n 2024 și CU DEFINITIV nu va vota pentru Biden (VIDEO)

_ Thailanda, interesată să organizeze primul său Grand Prix de Formula 1

_ Fanii Dancing On Ice sunt uimiți, deoarece Holly Willoughby este forțată să-și ceară scuze pentru „a aruncat bomba F” la televizor în direct, în timp ce co-gazda Stephen Mulhern o face să sară

_ DANIEL HANNAN - De ce Rusia trebuie destrămată: De mai bine de o mie de ani a fost țara tiranică a epurării, a gulagului și a lui Ivan cel Groaznic. Cucerirea este conectată în psihicul său

_ Poliția este acuzată că l-a vizat pe JK Rowling cu un personaj fictiv care ură trans, numit „Jo”, care crede că „toți aparțin camerelor de gazare” în timpul scenariului de crimă motivată de ură

_ Epilepsia mea este atât de sensibilă încât o criză poate fi declanșată de blițurile camerei sau de soarele care strălucește prin balustrade... și nu mai pot merge niciodată într-un club de noapte

_ Alexei Navalnîi a fost „torturat la rece” în colonia penală Polar Wolf înainte de a fi „ucis”, susține gruparea umanitară în timp ce solicită examinarea independentă a corpului criticului lui Putin

_ Proteste violente izbucnesc la Universitatea Virginia Commonwealth: sunetul sirenelor de raid aerian, poliția antirevoltă desfășurată și Ordinul de adăpostire pe loc (VIDEO)

_ Vecinul erou dezvăluie cum a încercat cu disperare să salveze aspirantul rapper, în vârstă de 16 ani, înjunghiat de un cuțit zombi care mânuia un adolescent ucigaș la petrecerea de 16 ani a unei fete

_ European Parliament election to definitely take place on June 9, says PM Ciolacu

_ Stele mari care s-au micșorat datorită lui Ozempic

_ Pentagon: Loviturile ucrainene au afectat 14% din capacitatea Rusiei de rafinare a petrolului


Pag.1
Nr. de articole la aceasta sectiune: 44, afisate in 1 pagina.