_ Noul set de instrumente face simulările de dinamică moleculară mai accesibile

16:37 2024-04-23 science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu

_ Noul set de instrumente face moleculară simulările de dinamică mai accesibile

Simulările de dinamică moleculară (MD) au devenit un instrument puternic în domeniile în continuă creștere ale biologiei moleculare și dezvoltării de medicamente. În timp ce există multe tehnici de simulare MD, MD de selecție în cascadă paralelă (PaCS-MD) este una deosebit de utilă atunci când se studiază plierea (sau „conformarea”) proteinelor sau interacțiunile dintre proteine și liganzi.

Ceea. al acestei metode constă în rularea mai multor simulări MD în paralel, explorând astfel diferite conformații posibile simultan. Folosind criterii de selecție atent elaborate, conformațiile promițătoare pot fi detectate automat în „instantanee temporale” și investigate în continuare. Această strategie accelerează foarte mult descoperirea interacțiunilor moleculare cheie și a proceselor dinamice care ajută oamenii de știință să înțeleagă mișcările funcționale ale proteinelor.

Cu toate acestea, unul dintre obstacolele PaCS-MD este că utilizatorii trebuie să scrie scripturi personalizate pentru a executa MD-ul dorit. simulări. În aceste scripturi, ei trebuie să specifice condițiile inițiale și caracteristicile țintă, să selecteze software-ul MD de utilizat, să implementeze o procedură de clasare instantanee și să pregătească structurile inițiale pentru următorul ciclu de simulare. Acest proces, care poate fi destul de complex și predispus la erori, creează o barieră considerabilă de intrare pentru oamenii de știință interesați să folosească PaCS-MD.

Din fericire, o echipă de cercetători de la Școala de Științe și Tehnologie a Vieții din Tokyo Institutul de Tehnologie din Japonia și-a propus recent să abordeze această problemă. În ultimul lor studiu, care a fost publicat în The Journal of Physical Chemistry B și condus de profesorul Akio Kitao, echipa a dezvoltat un pachet software numit PaCS-Toolkit pentru a face PaCS-MD mai accesibil și mai convenabil de utilizat.

Un avantaj notabil al PaCS-Toolkit este că întregul proces de simulare este configurat printr-un singur fișier de configurare. În acest fișier, utilizatorii specifică parametri importanți pentru simulări, inclusiv tipul de PaCS-MD, numărul de simulări MD care urmează să fie rulate în paralel și reziduurile de proteine sau atomi de care să țină evidența ca criterii de selecție pentru ramurile paralele.

PaCS-Toolkit preia acest fișier de configurare, alături de fișierele de intrare standard MD, și rulează simulări PaCS-MD conform software-ului MD specificat. Merită remarcat faptul că, deoarece pachetul este un software deschis scris în Python — un limbaj de programare popular — utilizatorii pot ajuta la îmbunătățirea PaCS-Toolkit și la extinderea funcționalităților acestuia.

„Setul nostru de instrumente menține flexibilitatea, astfel încât noile funcții, biblioteci, și software-ul MD poate fi adăugat prin introducerea de clase responsabile în Python. Utilizatorii care pot programa în acest limbaj ar trebui să poată modifica codul PaCS-Toolkit și să implementeze noi metode, după cum este necesar”, spune prof. Kitao.

Un alt avantaj crucial al PaCS-Toolkit constă în optimizarea și compatibilitatea sa cu diferite medii de calcul, fie că este vorba de o serie de supercalculatoare cu o interfață de transmitere a mesajelor (MPI), servere echipate cu mai multe plăci grafice (GPU) sau computere personale, cum ar fi laptopurile .

„PaCS-Toolkit încorporează în mare măsură paralelizarea folosind MPI, GPU și pachetul de multiprocesare Python, permițând optimizarea timpului de calcul în funcție de resursele de calcul disponibile”, explică prof. Kitao.

Pentru a prezenta potențialul setului lor de instrumente, cercetătorii au efectuat simulări PaCS-MD adaptate pentru trei aplicații diferite. Acestea au inclus plierea mini-proteinei chignolinei, mișcarea domeniilor proteice într-o enzimă SARS-CoV-2 și disocierea ligandului de la un receptor important de adenozină.

„Luate împreună, rezultatele noastre indică faptul că PaCS -Setul de instrumente poate fi utilizat cu ușurință pentru a simula o mare varietate de dinamică pentru diferite tipuri de sisteme moleculare”, conchide prof. Kitao.

Acest set de instrumente ar putea ajuta la deblocarea adevăratului potențial al simulărilor PaCS-MD în diverse domenii, permițând cercetătorilor interesați să facă lumină asupra proceselor moleculare complexe și să accelereze descoperirea medicamentelor.

(Fluierul)

Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

Romania - Numărul de Profesori la Numărul de Elevi

Securistoidul Pantazi un analfabet funcțional în domeniul economiei declara ritos că "distributivismul este baza marxismului". Mai dobitocule doctrina distributivista a fost creata de un Papă si dezvoltata de un alt Papă

Nimeni nu e mai presus de Lege. Nici măcar Curtean Constituțională

Motivarea judecatorului

Prăbușirea Apple demonstrează că a te gudura pe lângă Trump nu este o garanție a siguranței

Prăbușirea demografică a României se datorează în integralitatea partidelor sistemului care au condus România 35 de ani

Prăbușirea criptomonedelor TerraUS și LUNA s-a datorat unui grup restrâns de speculanți care au pariat "short"

Explicația pe scurt a Tarifelir vamale impuse de Trump și cât de mult ajută economia americană

Rezultatele sondajului Verifield

Donald Trump cere eliberarea lui Marine Le Pen și să fie lăsată să candideze. Nici un cuvânt despre anularea alegerilor și nici despre Călin Georgescu spre satisfacția sorosistilor și a slugilor lor care au dat Lovitura de Stat in România

SpaceX tocmai a făcut un pas mare spre reutilizarea amplificatorului Super Heavy al Starship

ActiveNewx - Bolojan și-a adus la Palat "societatea civilă" SOROS după modelul Iohannis pentru a discuta combaterea ”știrilor false” înainte de alegeri, adică perfecționarea cenzurii

Trăim în URSS. Procurorii CSM si seful PICCJ Alex Florenta cer cercetarea judecătoarei Boboc de la CA Constanta pentru hotararea prin care a stramutat dosarul lui Dan Diaconescu si a desfiintat condamnarea

Elon Musk a criticat vehement verdictul instanței franceze care a blocat candidatura lui Marine Le Pen la alegerile prezidențiale din 2027. Cazul Călin Georgescu a fost din nou Reamintit.

Ca și în cazul lui Călin Georgescu, Regimul Soroșist Macron o interzice pe Marine Le Pen. Le Pen găsită vinovată. Le Pen interzisă să candideze.

La fel ca și Călin Georgescu care avea peste 40% în turul întâi, Marine le Pen conduce detașat in sondaje pentru cursa prezidențială. E momentul ca regimul Neobolsevic Soroșist să o scoată din joc cum a făcut și la noi.

Viktor Orban: "Je suis Marine!". Gunoiul de Viktor Orban de interzicerea lui Călin Georgescu nu a spus nimic desi acesta nu era condamnat deloc. Ce înseamnă să fii lipsit de caracter

Un nou sondaj: Simion pe primul loc, Ponta pe doi. Sondaj Verifield comandat de Nicușor Dan.

Cazul Le Pen, ineligibilitate și executare provizorie: ce spune cu adevărat legea

Sorosistul Securistoid Bănescu noua Față Hidoase a Cenzurii Regimului UEist de la București

Ciutacu alias Saul Bruckner 2 in Scânteia 2 sau Cum sa înjuri in stil bolșevic românii doar pentru că votează cu cine vor ei? Tonomatul puterii pe nume Ciutacu care pupă poala Pucistului Ciolacu și a lui Gold Ponta înjură oribil votanții lui Georgescu

De ce sa înjuri votanții că votează cu cine vor ei? Tonomatul puterii pe nume Ciutacu care pupă la greu poala Pucistului Ciolacul și a lui Gold Corporation Ponta ii înjură oribil pe votanții lui Călin Georgescu.

De ce sa înjuri votanții că votează cu cine vor ei? Tonomatul puterii pe nume Ciutacu care pupă la greu poala Pucistului Ciolacul și a lui Gold Corporation Po ta ii înjură într-un mod oribil pe votanții lui Călin Georgescu.

De ce sa înjuri votanții că votează cu cine vor ei? Tonomatul puterii pe nume Ciutacu care pupă la greu poala Pucistului Ciolacul și a lui Gold Corporation Ponta ii înjură oribil pe votanții lui Georgescu

Ion Cristoiu: Votul din decembrie a fost moral Lumea s-a săturat de "politruceală" Da, inevitabil, ne despărțim de America (referindu-se la puciști)

Reacția Cristelei Georgescu după ce Puciștii care au dat Lovitura de Stat, l-au interzis pe soțul ei: „Nimic nu este pierdut atât timp cât credinţa este în picioare, cât sufletul nu abdică şi cât capul se ridică din nou.”

Adrian Onciu: Cine sunt, de fapt, extremiștii

CURS-ul lui Buble îl urca pe Crin Antonescu pe locul doi. Sondaj CURS pentru alegerile prezidențiale. 59% dintre români cred că direcția țării impregnată de Puciști este greșită

Ca în Botswana, fiecare Institut de sondare are un candidat preferat. SOCIOPOL-ul lui Palada îl urcă pe Ponta pe locul doi.

În sondajul Atlas Intel Soroșiștul Nicușor Dan, e pe locul doi

Pieleanu "face" sondaje "la refefon"

Ca și bolșevicii în 1946, Soroșiștii nu au stare până nu bagă Cenzura peste tot. Lasconi cere închiderea TikTok înaintea prezidenţialelor: "Fake news-ul să fie dat jos". Soroșiștii de la Funky Citizens decid ei de capul lor, ce e "fake news"

Ramurile Cominterniste directe sau prin alianță se susțin între ele. Celebrul Bombonel, alias Adrian Năstase, care a dat petrolul țării și multe alte bunuri naționale pe Nimic, îl susține pe Victor Ponta. Nu ai nenorocit destul țara asta Bombonele?

Subordonat rețelei soroșiste ca și Nicușor Dan, Bilderbergul Merz pune biciul pe germani. Germania se înarmează până în dinți și vrea să taie pensii, ajutoarele sociale și subvenția pentru energie

Viktor Orbán: "Nu mai puteam să stăm cu mâinile în sân şi să privim cum lanţurile de magazine jefuiesc oamenii". Vă amintiți cum au sărit Soroșiștii pe Călin Georgescu când ne-a spus că Multinaționalele ne jefuiesc? De ce AUR și Simion TAC pe această temă?

Calin Georgescu a avut dreptate când a arătat jaful multinaționalelor. Bulgaria înființează lanțuri de magazine cu adaos 10%, pentru a împiedeca multinaționalele să jefuiască populația. Puciștii de la noi sunt pe-o mână cu multinaționalele

Editorial Cornel Dinu. SMINTEALA clasei politice înaintea unor alegeri prezidențiale compromise din start

În 35 de ani de Soroșism, Familia Tradițională a fost distrusă. UE A AJUNS LA 700.000 DE DIVORȚURI Rata divorțurilor s-a triplat. Unu din doi copii se nasc in afara căsătoriei. Înțelegeți de ce Călin Georgescu a spus că Familia trebuie protejata?

Tăcerea democrației: strigătul unei națiuni pentru libertate<

Așadar dacă pacea se va încheia Nikolaev și Odessa vor rămâne în Ucraina, în sfera de influență Americană. Putin nu va revendica Odesa dacă americanii recunosc Crimeea, Donețk, Lugansk, Zaporojie și Herson ca părți ale Rusiei

Luptătorul din Arenă

Vă sună cunoscut? Am văzut în România. Primarul Istanbulului, progresistul Imamoglu, arestat Principalul adversar al lui Erdogan, Imamoglu își anunțase candidatura la președinție in 2028

Mișcarea Suveranistă e împărțită între "Turul Doi Inapoi" și "Sa mergem înainte cu Simion". Simion și Ana Maria Gavrilă trebuie sa sustina Rolul Important a lui Călin Georgescu în Statul Român dacă vor să castige

Micul Stalinist Nicușor Soros Dan ne spune că a&i lua unui om dreptul de a candida și milioanelor de români dreptul de a-l vota fără o condamnare "e o decizie corectă". Poate in URSS-ul lui Lenin, plicușor cu bani de la Soros

Așadar după mintea actualului Stat Soroșist și a cohortelor de sorosisti care aplaudă: Democrația înseamnă să anulezi alegerile, să-l interzicem, să-i facem dosar penal și să-l băgăm la zdup pe cel CARE A CÂȘTIGAT ALEGERILE PRIN VOT

România propusă de Călin Georgescu vs România puciștilor dirijați de progresista UE. Iată cum arată România Puciștilor : Șomajul în rândul tinerilor e cel mai mare din UE. La țară a ajuns peste 30%

Bilderbergul Macron: UE poate sprijini Ucraina fără aprobarea Rusiei trimițând mii de soldați din fiecare țară a UE.

Libertatea de exprimare a murit. Lasconi de la USR cere și mai multă CENZURĂ. Soroșismului Neobolsevic devine tot mai Totalitar. "cel puțin 2 televiziuni își fac de cap" "avem proiect de Lege" urlă Lasconi

Adrian Onciu - Active News : Continuă telenovela nord-coreeană de admitere sau respingere a candidaților la prezidențiale în funcție de cum dictează autorii loviturii de stat.

Fluierul Report