08:48
Comentarii Adauga Comentariu

Recombinarea genomică SARS-CoV-2 este neobișnuită, dar are loc în mod disproporționat în regiunea proteinei spike

_ SARS-CoV- 2 recombinarea genomică este neobișnuită, dar are loc în mod disproporționat în regiunea proteinei spike

O analiză a milioane de genomi SARS-CoV-2 constată că recombinarea virusului este neobișnuită, dar când apare, este cel mai adesea în Spike protein region, zona care permite virusului să se atașeze și să infecteze celulele gazdă.

Studiul, condus de oamenii de știință de la UC Santa Cruz, a fost publicat pe 11 august în revista Nature. Acesta detaliază un nou software creat de cercetători pentru a căuta arborele filogenetic COVID-19, o diagramă a istoriei evolutive a virusului, pentru cazuri de recombinare. Acest software este open source, permițând oficialilor din domeniul sănătății publice să îl folosească pentru a urmări cazurile de recombinare în cadrul comunităților lor.

Recombinarea are loc atunci când se hibridizează două forme distincte genetic ale virusului. Acest studiu sa concentrat pe recombinarea detectabilă, atunci când hibridizarea are ca rezultat o secvență nouă din punct de vedere genetic, și nu pe cazurile în care două secvențe se combină pentru a forma o secvență identică cu una deja existentă.

„Este cu adevărat important pentru reconstruind istoria evolutivă a virusului”, a spus Russell Corbett-Detig, autor principal al studiului și profesor asociat de inginerie biomoleculară la Școala de Inginerie Baskin. „Atunci când există recombinare, nu este un singur copac, ci mulți copaci și a putea urmări cu exactitate acest lucru este cu adevărat crucial pentru înțelegerea evoluției virusului.”

Descoperiri despre recombinare

Cercetătorii a analizat 1,6 milioane de mostre de COVID-19 și a găsit 589 de evenimente de recombinare, ceea ce indică faptul că doar aproximativ 2,7% din genomurile secvențiate rezultă din recombinare. Aceste secvențe au fost obținute din UC Santa Cruz SARS-CoV-2 Browser, un depozit de date genomice COVID-19, care este acum cea mai mare colecție de secvențe genomice ale unei singure specii asamblate vreodată, în prezent cu aproape 12 milioane de secvențe.

Deși rezultatele arată că recombinarea are loc mai frecvent în regiunea proteinei spike, încă nu se știe de ce se întâmplă acest lucru. Acest lucru ar putea fi rezultatul unei prejudecăți mecaniciste, care indică tendința naturală a tuturor coronavirusurilor de a se recombina către regiunea cu trei prime a genomului viral, care conține proteina spike, sau că selecția naturală pozitivă pentru COVID-19 favorizează. recombinante care apar în această regiune.

Deși recombinarea are loc, nu există nicio dovadă că tulpinile rezultate sunt mai probabil să fie importante din punct de vedere epidemiologic. De fapt, majoritatea variantelor recombinante dispar, la fel ca majoritatea miilor de variante mutante ale COVID-19.

Un nou software, scris în principal de profesorul asistent UC San Diego, Yatish Turakhia, în timpul formării sale postdoctorale în Corbett. -Laboratorul lui Detig, a permis operația de calcul necesară pentru analiza a milioane de genomi. Software-ul, numit Recombination Inference using Phylogenetic PLAcEmentS (RIPPLES), poate căuta eficient un arbore filogenetic masiv al genomilor COVID-19 pentru a găsi cazuri în care o nouă secvență pare a fi o combinație a două secțiuni distincte ale arborelui. Arborele filogenetic COVID-19, numit UShER, a fost creat de cercetătorii UCSC și este instrumentul principal folosit de oficialii din domeniul sănătății din întreaga lume pentru a urmări răspândirea variantelor în comunitatea lor.

Cercetătorii au descoperit că recombinarea apare cel mai adesea. pe arborele filogenetic COVID-19 sub formă de „ramuri lungi”, făcând să pară că mai multe mutații au avut loc secvenţial, ceea ce este destul de rar.

„Într-un arbore de milioane de secvenţe, găsiţi aceste lungi ramuri, care reduc posibilele cazuri de recombinare detectabilă la doar aproximativ 10 de mii de ramuri", a spus Turakhia. „Aceste ramuri lungi fac recombinarea mult mai ușor de observat pe copac, ceea ce permite performanța eficientă a noului software”.

Turakhia și echipa sa urmăresc să continue să îmbunătățească viteza și performanța RIPPLES și să creeze instrumente vizuale care să-l facă mai accesibil pentru un public mai larg.

Utilizare pentru sănătatea publică

Cunoașterea când are loc recombinarea este crucială pentru înțelegerea descendenței evolutive a unei secvențe a virusului. Recombinarea poate complica procesul de urmărire a arborelui filogenetic al unei anumite secvențe, deoarece materialul său genetic este rezultatul a două zone ale arborelui genealogic general al COVID-19.

Acest lucru poate ajuta oficialii publici să înțeleagă când un descendența COVID-19 care pare a fi nouă este cu adevărat o mutație independentă introdusă pentru prima dată, sau mai degrabă doar o combinație a două descendențe care existau deja în comunitate. Înțelegerea momentului în care are loc recombinarea este, de asemenea, importantă din perspectiva sănătății publice, deoarece poate face virusul mai capabil să evite imunitatea.

În plus, disponibilitatea și ușurința de utilizare a software-ului RIPPLES au implicații pozitive pentru experții în genomică și pentru public. oficialii din domeniul sănătății deopotrivă, care pot căuta eficient un set de probe genomice COVID-19 pentru recombinare în doar câteva minute.

Acest lucru reflectă o temă mai mare a lucrării de traducere scalabilă a datelor genomice a patogenilor la laboratorul Corbett-Detig și Institutul de Genomică UCSC. Cercetătorii se concentrează pe crearea de instrumente care să permită oficialilor din domeniul sănătății publice să automatizeze și să traducă întrebările pe care doresc să le pună și să primească răspunsuri care sunt ușor de acționat și de încredere.

„O mare parte a succesului nostru. munca a fost că software-ul este extrem de accesibil și ieftin din punct de vedere computațional în marea schemă a lucrurilor”, a spus Corbett-Detig. „Oricine ar putea să-și ia o sută de noi secvențe de genom SARS-CoV-2 și să-și dea seama dacă au existat mostre potențial recombinate în doar câteva minute pe un laptop de bază. Sănătatea publică globală trebuie democratizată, până la punctul în care oricine o poate face, chiar dacă nu sunt un laborator foarte bogat cu servere gigantice.”


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

Progresiștii au mințit iarăși în sondaje spunând că Lula va câștiga detașat. Bolsonaro și Lula se vor confrunta in Turul II pe 30 octombrie.

_ Ted Hill și Ollie Lawrence dintre cei patru jucători din Worcester care se pregătesc să se alăture lui Bath împrumutat

_ Germania își extinde prezența pe a doua mare piață de energie regenerabilă din lume. Decizia luată de gigantul RWE în plină criză

_ Number of tourists choosing local day trips rises 60 pct in past two years (touroperator)

_ Alegerile Generale din Brazilia - Primul Tur. Primele rezultate: Jair Bolsonaro şi Lula da Silva se duc în turul doi

_ Pilotul australian de F1 Daniel Ricciardo este trist, în ciuda locului cinci la GP din Singapore pentru Mclaren Red Bull

_ În teritoriile palestiniene ocupate, Europa plătește, Israelul distruge (Le Monde)

_ Cameron Brate din Tampa Bay a reintrat în joc, în ciuda faptului că a ieșit anterior și arăta „agitat”

_ Co-căpitanul Penrith Panthers, Nathan Cleary, părăsește League Club în dimineața după victoria în marea finală a NRL

_ Casa Dragonului: Otto Hightower se întoarce în timp ce dragonul Vhagar este furat

_ Kylie Jenner sfârâie într-o rochie albă care îmbrățișează curbe cu pelerină dramatică la Săptămâna Modei de la Paris

_ Rusia se închide total: bărbații care încearcă să fugă de mobilizare sunt opriți la graniță

_ Art Safari - Expoziţie dedicată lui Ştefan Popescu, marele pictor-călător al României

_ Patrick Mahomes îl eclipsează pe Tom Brady în victoria Kansas City Chiefs la Tampa Bay Buccaneers

_ ONU, primele critici la adresa Ucrainei de la începutul războiului. Ce a scos la iveală o investigație BBC

_ Five medals for Romanian athletes at Europe Table Tennis Youth Top-10

_ Relația dintre Republica Moldova și NATO tot mai strânsă. Igor Grosu: Este un partener de încredere

_ Sorin Cîmpeanu, primul discurs după demisia fulgerătoare: 'Vedem foarte bine rezistența la schimbare'

_ �n urmă cu un an Astăzi, cea mai grozavă c�ntare a fost surprinsă la TV �n direct � și �LET�S GO BRANDON!� S-a născut (VIDEO)

_ Billy Eichner spune că este dezamăgit de faptul că Bros a terminat pe locul patru în weekend-ul de deschidere

_ Fiica lui Steven Gerrard, Lilly-Ella, în vârstă de 18 ani, „găsește dragoste cu fiul șefului mafiotului irlandez Liam Byrne”

_ Lizzo uimește într-un body galben neon de iluzie nud pe scenă în timpul turneului ei special din NYC

_ Procuratura Generală din Rusia îi lasă pe ruși fară muzică

_ Sărbătorile zilei de 3 octombrie

_ Aclamații mulțimii ��nchide-o!� �n timp ce candidata MI SOS, Kristina Karamo, O DISTRUGE pe Jocelyn Benson, finanțată de Soros, �ntr-un discurs uluitor la mitingul Trump din MI [VIDEO]

_ Racurile de gaz au performanțe foarte slabe, provocând un impact mai mare asupra climei: studiu

_ Becali dupa meciul cu FC Argeș: 'Dacă nu joacă echipa n-ai cum să fii fericit'

_ Erling Haaland bate MAI MULTE recorduri de goluri în victoria fulgerătoare a lui Man City împotriva lui Man United

_ Gary O'Neil câștigă sprijinul echipei cu Solanke și Zemura susținându-l pentru a fi șeful permanent de la Bournemouth

_ Steve Cooper recunoaște că îi place să conducă Nottingham Forest prin ape tulburi

_ UE ajunge la un acord privind măsuri de urgenţa pentru a reduce facturile

_ Sorin Cîmpeanu, precizări legate de demisia de la Educație: 'Discuțiile din spațiul public sunt nedrepte'

_ Fostul director CIA avertizează că SUA vor distruge trupele Rusiei dacă Putin folosește arme nucleare

_ Eric Idle, 79 de ani, dezvăluie de ce a ales să păstreze secretul diagnosticului de cancer pancreatic

_ Kaye Adams spune cha-cha-ciao pentru Strictly Come Dancing

_ Ultimă oră: Jandarmeria anunță că jandarmul care s-a împușcat era apt psihologic

_ Almost 95,000 people enter Romania on Sunday, of which about 8,900 Ukrainians

_ Însărcinate Chrissy Teigen și John Legend își duc copiii Luna și Miles la film

_ Jazz Festival 2022 brings over 50 musicians, with concerts in iconic places for Timisoara

_ Vremea se schimbă radical. Frig pătrunzător după temperaturile tropicale, unde se anunță lapoviță și ninsoare

_ Migranţi indieni, prinşi de poliţiştii locali în Timişoara

_ Anexările Rusiei apropie lumea `la doi-trei pași` de un război nuclear

_ Războiul din Ucraina, ziua 222. Un submarin nuclear rusesc a fost mobilizat în Oceanul Arctic. Zelenski: Forţele ucrainene eliberează aşezări din regiunea Herson

_ Students request appointment of honest, competent minister who can keep away from political interference

_ Bank North se va desființa oponentul fintech care înregistrează pierderi

_ Goldie Hawn și nepoata Rani se îmbracă în Cenușăreasa, iar Kurt Russell în rolul Prințului fermecător

_ Nicoale Ciucă, de noul an universitar: Suntem în plin proces de transformare a sistemului de învăţământ

_ De ce cumpărătorii se grăbesc să cumpere calendarul de advent al frumuseții Amazon 2022

_ NU vei intra! Cele mai înfricoșătoare și mai intimidante semne de avertizare

_ Janet Jackson își prezintă înfățișarea într-un ansamblu atrăgător în timpul Săptămânii Modei de la Paris

_ Nanosateliţii vor deveni rapid cheia misiunilor extraterestre

_ Mii de ruşi mobilizaţi au fost trimişi acasă, inapţi pentru serviciul militar

_ Cântărețul australian Ruel dezvăluie robinetul de baie bizar dintr-un hotel european

_ First case of using electronic surveillance bracelet, announced by Bucharest Police

_ Şaptesprezece copii au pierit în busculada de la meciul de fotbal din Indonezia

_ Nicolae Ciucă le dă asigurări studenților: este pe lista noastră de priorități

_ Mișcări importante pe piața energiei între România și Moldova: Acorduri pentru livrare de urgență a energiei electrice și licențe pentru achiziția de gaz

_ Ringo Starr, 82 de ani, forțat să anuleze spectacolul din New Buffalo după ce faimosul bater s-a îmbolnăvit

_ Domnișoara Ucraina din națiunea lovită de război a terminat Maratonul de la Londra, acoperită cu mândrie în steagul țării sale

_ De ce este ilegală anexarea de către Rusia a celor patru provincii ucrainene


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9 Pag.10 Pag.11 Pag.12 Pag.13 Pag.14 Pag.15
Pag.16 Pag.17 Pag.18 Pag.19 Pag.20 Pag.21

Nr. de articole la aceasta sectiune: 1258, afisate in 21 pagini.



ieri 05:19 _ Pilotul finl