10:17
Comentarii Adauga Comentariu

_ Setul de date integrat, primul de acest fel, permite cercetarea dintre gene și ecosisteme

_ Prima- setul de date integrat de acest fel permite cercetarea dintre gene și ecosisteme

O echipă de oameni de știință ai Departamentului de Energie condusă de Laboratorul Național Oak Ridge a lansat primul set de date care unește informații moleculare despre microbiomul plopului pentru procese la nivel de ecosistem. Proiectul își propune să informeze cercetările cu privire la modul în care funcționează sistemele naturale, vulnerabilitatea lor la un climat în schimbare și, în cele din urmă, modul în care plantele ar putea fi proiectate pentru o performanță mai bună ca surse de bioenergie și stocare naturală a carbonului.

Date, descris în Date științifice, oferă informații aprofundate despre 27 de variante sau genotipuri distincte genetic ale Populus trichocarpa, un plop de interes ca cultură de bioenergie.

Genotipurile sunt printre cele conduse de ORNL. Centrul pentru inovare în bioenergie a inclus anterior într-un studiu de asociere la nivelul genomului care leagă variațiile genetice de trăsăturile fizice ale copacilor. Cercetătorii ORNL au colectat mostre de frunze, sol și rădăcini de pe câmpuri de plop din două regiuni din Oregon — una într-o zonă mai umedă supusă inundațiilor și cealaltă mai uscată și predispusă la secetă.

Detaliile din setul de date nou integrat variază de la structura genetică a copacilor și expresia genelor la chimia mediului solului, analiza microbilor care trăiesc pe și în jurul copacilor și compușii pe care plantele și microbii îi produc.

Setul de date „este fără precedent în dimensiunea sa. și domeniul de aplicare”, a spus ORNL Corporate Fellow Mitchel Doktycz, șeful de secție pentru Bioimaging și Analytics și co-conducător de proiect. „Este valoros pentru a răspunde la multe întrebări științifice diferite.” Prin extragerea datelor cu învățare automată și abordări statistice, oamenii de știință pot înțelege mai bine modul în care structura genetică, trăsăturile fizice și diversitatea chimică a lui Populus se raportează la procese precum ciclul azotului și carbonului din sol, a spus el.

„Cunoștințele pe care le-am generat de la această singură fabrică vor fi reintegrate în proiecte care produc biocombustibili din plop”, a spus Melanie Mayes, liderul grupului de procese ecosistemice de la ORNL și colaborator la proiect. „Procedura pe care am construit-o aici va fi necesară pentru bioingineria altor plante și pentru a ne ajuta să construim reziliența la schimbările climatice – pentru a avansa stocarea carbonului în sol și a reduce emisiile de gaze cu efect de seră.”

Setul complet de date cuprinde mai mult de 25 de terabyți. Legăturile către date sunt disponibile ca parte a National Microbiome Data Collaborative, sau NMDC, o inițiativă DOE care sprijină schimbul de date privind asocierea microbiomilor cu procesele de mediu.

„Setul de date reprezintă cea mai mare metagenomică disponibilă publicului. depozit pe endosfera unui copac", mediul de țesut vegetal care găzduiește comunități microbiene complexe, a spus Christopher Schadt, co-conducător de proiect și om de știință distins al personalului ORNL.

Analize detaliate ale probelor au dus la 318 metagenomi, dezvăluirea diversității microbilor care trăiesc în și în jurul copacilor prin secvențiere genetică. Nouăzeci și opt de transcriptoame de plante oferă informații despre întreaga gamă de molecule de ARN mesager exprimate în rădăcinile plantelor. Setul de date include 314 profiluri metabolomice, care furnizează informații despre moleculele mici produse de plante și microbi pe măsură ce cresc sau ca răspuns la stres.

De asemenea, sunt incluse date despre caracteristicile fizice și biogeochimice asociate solului, examinând substanțele chimice prezente și modul în care circulă prin mediu.

Integrarea acestor date „multi-omice” va oferi informații esențiale oamenilor de știință care studiază modul în care evenimentele moleculare și celulare legate de plante sunt conectate la procesele și comportamentele ecosistemului.

Joint Genome Institute, o facilitate pentru utilizatori DOE Office of Science la Lawrence Berkeley National Laboratory, a fost un colaborator apropiat al proiectului. JGI a condus profilarea metabolomică a frunzei, rădăcinii și a mediului solului sau rizosferei, secvențierea transcriptomică a rădăcinii plantei, iar metagenomica rizosferei și endosferei solului funcționează.

„Combinația de metagenomică și metabolomica din frunze, rădăcinile și solurile, împreună cu transcriptomele gazdei Populus, fac din acesta un set de date cu adevărat unic pentru comunitatea de cercetare și ar putea servi ca o resursă centrală de date pentru a explora interacțiunile plante-microbi", a declarat Emiley Eloe-Fadrosh, șeful Programului Metagenom la JGI.

Proiectul a început ca un pilot ORNL numit Bio-Scales, susținut de Divizia de Știință a Sistemelor Biologice din programul de cercetare biologică și de mediu al DOE Office of Science. Bio-Scales urmărește o mai bună înțelegere a relației plantă-microb, cu accent pe ciclul azotului. Azotul este un nutrient esențial pentru viață, dar atunci când este suprautilizat în agricultură și în alte aplicații, acesta poate dăuna calității apei sau poate fi emis sub formă de protoxid de azot puternic gaz cu efect de seră, sau N2O.

„Proiectul a necesitat integrarea foarte multă expertiză diversă”, a spus Doktycz. „A început cu o echipă care a ieșit în mijlocul COVID-19 pentru a colecta toate aceste materiale diverse și le-a adus înapoi la laborator, apoi a pregătit, analizat și extras date din ele. Am avut și o echipă de asistență tehnică incredibilă care a procesat sute de aceste mostre într-un mod urmărit și coordonat, interfacând cu Institutul Comun al Genomului pentru analiza secvenței.”

Pe lângă dimensiunea și domeniul său de aplicare, setul de date se remarcă ca fiind puternic adnotat cu metadate – cu detalii precise, de exemplu, despre unde și cum a avut loc eșantionarea și un format standard pentru raportarea ulterioară a datelor. Adăugarea acestor elemente la date face informațiile mai ușor de găsit, înțeles și reutilizat.

Stanton Martin de la ORNL, care a condus gestionarea datelor pentru proiect în strânsă coordonare cu NMDC, a remarcat că abordarea bazată pe date sprijină artificial inteligență și alte abordări analitice pentru a ajuta la rezolvarea întrebărilor științifice.

„Gestionarea datelor pe care am realizat-o în acest proiect este extrem de valoroasă pentru practicile de date pentru alte proiecte, cum ar fi Zona de focalizare științifică a interfețelor plante-microbi și Centrul pentru bioenergie. Inovație la ORNL. Se joacă cu punctele forte ale ORNL în ceea ce numesc cele trei V-uri ale managementului datelor — volumul datelor, varietatea și viteza — și ne-a permis să facem un prim pas în integrarea datelor „omice foarte mari într-un mod care nu a fost făcut înainte. ."

Proiectul a început cu Schadt și Mayes călătorind în Oregon pentru eșantionare. „În mod normal, ar fi fost șase oameni de știință, dar am avut restricții de călătorie pentru grupurile care călătoresc împreună din cauza pandemiei”, a spus Schadt. Ei au trebuit, de asemenea, să rezolve incendiile de pădure, deoarece Oregon a experimentat un sezon activ de incendii în acel an. Schadt și Mayes au lucrat cu asistența voluntarilor de la Universitatea de Stat din Oregon pentru a colecta mostre extinse geoetichetate la cele două site-uri.

Mayes a spus că proiectul „abordează rolul genelor în influențarea nu doar a soartei plantei în sine. , dar și mediul înconjurător, cum ar fi solul. De exemplu, am vrut să înțelegem potențialul microbilor din sol de a produce mai mulți nitrați sau de a elimina excesul de nitrați din sistem. Am vrut să aflăm mai multe despre modul în care genomica plantelor influențează ce sol microbii fac.”

Cunoașterea mai multor despre ciclul plantelor și al azotului din sol poate afecta emisiile de N2O, un gaz care reprezintă 6% din toate emisiile de gaze cu efect de seră din Statele Unite.

„Dacă știți ce gene să țintiți care au ca rezultat reducerea la minimum a producției de N2O sau nitrați, atunci aveți potențialul de a afecta atât încălzirea legată de gazele cu efect de seră, cât și calitatea apei”, a spus Mayes. „Ați putea, de exemplu, să selectați și să dezvoltați în continuare plante cu cel mai bun profil genetic pentru controlul acestor emisii.”

„Acest proiect este unic, deoarece atinge legătura dintre genomul plantelor și rezultatele de mediu, cum ar fi protoxidul de azot. emisii sau producția de nitrați”, a spus Mayes. „Construirea unuia dintre primele seturi de date cuprinzătoare privind relația plantă-microb ne spune, de asemenea, cât de mult mai putem învăța.”


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Tot ce poate merge prost cu sânii tăi - și ce să faci în privința asta: ghidul definitiv al DR PHILIPPA KAYE

_ România, vizată în mega frauda din PNRR-ul Italiei: Anchetă EPPO pentru 600 milioane de euro

_ „Maica Tereza nu a putut să învingă aceste acuzații” – Trump aruncă în mișcare procesul împotriva legii regimului Biden și judecătorul strâmb Merchan în Fiery Presser (VIDEO)

_ Ucraina a încheiat acorduri de securitate pe termen lung cu Suedia şi cu Norvegia

_ Un șofer băut a fost prins de polițiști la primele ore ale dimineții

_ Comentariile lui Trump pun în pericol trupele, avertizează şeful NATO /Trump asmute Rusia pe aliaţii NATO / Mesajul care o face şi pe România să tremure: Aş încuraja Rusia să facă orice dracu’ vrea cu voi, dacă nu vă plătiţi cotizaţiile către Alianţă

_ Omul descoperă un monstru preistoric în largul coastei Floridei - și ar putea avea 10 milioane de ani

_ Urmărirea originilor materiei organice în sedimentele marțiane

_ Cod portocaliu şi galben de caniculă. Temperaturi de până la 37 de grade, noapte tropicală

Ion Cristoiu: Să nu facem greşeala lui Hitler, cea de a subaprecia Rusia

_ Influencer este criticat pentru că și-a pictat „pistrui” semipermanenți cu henna pe față – oamenii spunând că „își bate joc de oameni cu probleme de pigmentare a pielii”

_ Confruntarea cu ușile închise a femeilor din Scoția cu Israelul A AMÂRAT după ce un bărbat s-a înlănțuit la un stâlp înainte de criza de calificare la Euro 2025

_ Seahenge a fost creat pentru un ritual de prelungire a verii în timpul luptei împotriva schimbărilor climatice?

_ VDH: Cum funcționează conspirațiile de stânga

_ Cauza morții a fost dezvăluită pentru fiul fostului CEO YouTube, Susan Wojcicki

_ Guvernatorul republican din Vermont permite ca interzicerea „armelor fantomă” să devină lege

_ Primarul liberal din Boston sprijină încetarea urmăririi penale a infractorilor pentru furt, efracție și intrare

_ Rose Unplugged: Gregg Jarrett prezice decizia juriului în procesul legal al lui Bragg împotriva lui Trump (AUDIO)

_ Corupția lui Merrick Garland

_ Magician celebru din televiziune, acuzat că a înrobit sexual și drogat o femeie cu patru copii, cunoscută în vacanță

_ Nu eram în formă cu niveluri scăzute de energie după pensionare, acum am întors totul și am un pachet de șase - poți să o faci și tu

_ Breaking - Preşedintele PNL Nicolae Ciucă-discuţii cu premierul Ciolacu la Palatul Victoria

_ Fosta mamă mormonă s-a îndrăgostit de antrenorul ei de gimnastică înainte ca aceștia să „planteze să-și ucidă soțul înstrăinat” în fața fiicei sale de doi ani – și le-a spus polițiștilor că fostul ei decedat s-a căsătorit cu ea doar pentru banii ei.

_ Kelly Osbourne - care împlinește 40 de ani anul acesta - își arată burta tonifiată într-un bikini în timp ce se bucură de o baie în piscină cu fiul Sidney

Țoapa pură: "Și eu am fost olimpică la română, dar nu m-am lăudat cu asta" - a declarat Gabriela Firea...

_ Rod Stewart i se alătură soția plină de picioare Penny Lancaster și fosta sa glam Rachel Hunter pentru a-l vedea pe fiul său, Liam, cum se căsătorește într-o nuntă luxoasă croată

_ Scolarița, 11 ani, de la grupul irlandez de rap interi, care a înnebunit internetul cu un clip pe care l-au făcut într-o zi, spune că este șocată de reacția „ireală” – după ce fanii au numit-o „melodia verii”

_ Cum este să trăiești cu „cel mai rău secret din lume”: un cuplu care recunoaște că sunt pedofili insistă că nu jignește și spun că faptul că împreună îi salvează de la sinucidere - într-o nouă carte dramatică a jurnalistului Andrew Gold

_ Principala companie chineză de semiconductori dă faliment — alte 23 de persoane au retras recent cererile de IPO

_ Meteoriții marțieni oferă o mulțime de informații despre structura planetei roșii

_ Kenya a avut vreme neobișnuit de caldă – un expert despachetează ce ar putea fi cauza

_ Războiul din Ucraina, ziua 765. Forţele ruse atacă infrastructura din zonele critice / Kiev: 99 de bombe ruseşti trimise spre centralele termice / Lavrov respinge planul de pace al Ucrainei / Tusk: Europa se află în ,,epoca de dinaintea războiului"

_ Cum să-ți încarci libidoul, să dormi mai bine și să rămâi subțire cu un „intestin bun”: secretele sănătății intestinale, inclusiv de ce ar trebui să mănânci treizeci de tipuri diferite de plante pe săptămână, de expertul din spatele ZOE x M&S Gut Shot

_ Mykhailo Mudryk provoacă un fan supărat al lui Chelsea la un joc 1v1 pentru 10.000 de lire sterline - după ce suporterul i-a trimis un mesaj pe lateral de 88 de milioane de lire sterline întrebându-l „ce naiba se întâmplă” cu performanțele sale slabe

_ Studiu finanțat de grupul anti-arme dovedește accidental că bărbații pro-arme sunt în siguranță în dimensiunea penisului lor

_ Înmatriculările noi de vehicule rutiere pentru transportul pasagerilor au crescut cu 4,5% în trimestrul I 2024 faţă de trimestrul I 2023, la 121.729 vehicule

_ OJ Simpson mi-a spus în 1997 că „dacă” i-ar ucide pe Nicole Brown și Ron Goldman, „nu va plăti niciodată un ban” familiilor lor... dar ceea ce s-a întâmplat după terminarea interviului m-a surprins cel mai mult, spune CAROLINE GRAHAM

_ Cine vrea să fie Sémillon-aire! Câștigătorul jackpotului EuroMillions, Adrian Bayford, care a strâns 148 de milioane de lire sterline împreună cu soția sa de atunci, plantează podgorie pentru a „începe afacerea cu vinuri”

_ Mâncăruri delicioase într-o tigaie pentru a vă scuti de spălat, de la pui cremos toscan până la paste cu mozzarella chorizo

_ Reactorul 2 de la centrala din Cernavodă a fost resincronizat la Sistemul Energetic Naţional în această dimineaţă

_ Vladimir Putin preia pentru a cincea oară funcţia de preşedinte al Federaţiei Ruse- Ceremonia de învestire va începe la prânz, iar protocolul va avea "anumite n

_ Mitingul '#șinoiexistăm': Polițiștii locali încep protestele în fața Guvernului

_ Mai multe persoane au fost arestate la o demonstraţie lângă gala Met de la New York

_ Pericol uriaș în Capitală: Spitalul Colentina – cu peste 800 de paturi – nu are autorizație sanitară și funcționează clandestin

_ Preţurile producţiei industriale pe total au scăzut cu 7,9% în luna martie, comparativ cu luna martie 2023

_ Inteligenţa artificială va îmbunătăţi securitatea la Festivalul de Film de la Cannes: 884 de camere video, 462 de butoane de urgenţă, 400 de agenţi

_ Napoli, la al patrulea meci fără victorie în Serie A

_ Nicu Ştefănuţă: Campania electorală este nedreaptă, partidele au milioane de euro de la buget

_ Masacru într-un spital din China - Cel puțin zece persoane au fost ucise sau rănite

_ Alertă la Londra - Atac cibernetic masiv asupra Ministerului Apărării

_ Premiile Pulitzer onorează acoperirea războiului din Gaza și criticul Putin Kara-Murza l-a închis în închisoare

_ Jucătorul de tenis de masă Ovidiu Ionescu, al 82-lea sportiv român calificat la Jocurile Olimpice

_ ULTIMA ORĂ - Un bărbat a murit, după ce a căzut de la aproximativ 25 de metri, în orașul Ovidiu (video)

_ Haniel Langaro, dublu câştigător al EHF Champions League cu Barcelona, două sezoane la Dinamo

_ Bernadette Szocs şi Ovidiu Ionescu, dublul mixt al României, calificaţi la Jocurile Olimpice

_ În timpul conflictului din Fâşia Gaza s-au furat zeci de milioane de dolari din bănci

_ Încă opt intersecții au fost integrate în sistemul de management al traficului

_ Etica Metaversului, dezbătută la Facultatea de Filosofie a Universității București

_ Erik ten Hag nu-și mai are locul la Man United, spun foști jucători emblematici ai clubului

_ Cel puţin cinci morţi şi zeci de persoane blocate în urma prăbuşirii clădirii în construcţie din Africa de Sud


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9 Pag.10 Pag.11 Pag.12 Pag.13 Pag.14 Pag.15
Pag.16 Pag.17 Pag.18 Pag.19 Pag.20 Pag.21 Pag.22 Pag.23
Pag.24 Pag.25 Pag.26 Pag.27

Nr. de articole la aceasta sectiune: 1574, afisate in 27 pagini.