21:12
Comentarii Adauga Comentariu

_ Noua metodă combină datele pentru a realiza o hartă 3-D a activităților celulelor

_ Noua metodă combină datele pentru a realiza o hartă 3-D a activităților celulelor

La fel cum este greu de înțeles o conversație fără a cunoaște contextul acesteia, poate fi dificil pentru biologi să înțeleagă semnificația expresiei genelor fără a cunoaște mediul unei celule. Pentru a rezolva această problemă, cercetătorii de la Princeton Engineering au dezvoltat o metodă pentru a elucida mediul înconjurător al unei celule, astfel încât biologii să poată da mai multă semnificație informațiilor despre expresia genelor.

Cercetătorii, conduși de profesorul de informatică Ben Raphael, speră noul sistem va deschide ușa pentru identificarea tipurilor de celule rare și alegerea opțiunilor de tratament pentru cancer cu o nouă precizie. Raphael este autorul principal al unei lucrări care descrie metoda publicată pe 16 mai în Nature Methods.

Tehnica de bază de a lega expresia genelor cu mediul unei celule, numită transcriptomică spațială (ST), există de câțiva ani. . Oamenii de știință descompun mostrele de țesut pe o grilă la microscală și leagă fiecare punct de pe grilă cu informații despre expresia genelor. Problema este că instrumentele de calcul actuale pot analiza modele spațiale ale expresiei genelor doar în două dimensiuni. Experimentele care utilizează mai multe felii dintr-o singură probă de țesut - cum ar fi o regiune a creierului, a inimii sau a unei tumori - sunt dificil de sintetizat într-o imagine completă a tipurilor de celule din țesut.

Cercetătorii de la Princeton. metoda, numită PASTE (pentru Probabilistic Alignment of ST Experiments), integrează informații din mai multe felii prelevate din aceeași probă de țesut, oferind o vedere tridimensională a expresiei genelor într-o tumoare sau un organ în curs de dezvoltare. Atunci când acoperirea secvenței într-un experiment este limitată din cauza problemelor tehnice sau de cost, PASTE poate, de asemenea, îmbina informațiile din mai multe felii de țesut într-o singură felie de consens bidimensională cu informații mai bogate despre expresia genelor.

„Metoda noastră a fost motivată. prin observația că de multe ori biologii vor efectua mai multe experimente din același țesut”, a spus Raphael. „Acum, aceste experimente replicate nu sunt exact aceleași celule, dar provin din același țesut și, prin urmare, ar trebui să fie foarte asemănătoare.”

Tehnica echipei poate alinia mai multe felii dintr-o singură probă de țesut, clasificând celulele pe baza profilurilor lor de expresie genică, păstrând în același timp locația fizică a celulelor în țesut.

Proiectul a început în vara anului 2020, după ce Max Land, un concentrator de matematică de la Princeton's Class of 2021, a urmat cursul lui Raphael „Algoritmi în biologie computațională”. Încântat de domeniul care evoluează rapid și de oportunitatea de a îmbunătăți înțelegerea sănătății umane și a bolilor, Land l-a abordat pe Raphael pentru a se implica în cercetare și a început să lucreze la cod pentru a dezvolta ceea ce a devenit metoda PASTE. El a fost sfătuit de Raphael și de autorul principal al studiului, Ron Zeira, un fost cercetător postdoctoral la Princeton, care acum este cercetător la compania de sănătate de precizie Verily.

Lucrarea a fost punctul central al tezei de specialitate a lui Land și el a co-scris lucrarea împreună cu Zeira, Raphael și Alexander Strzalkowski, doctor în informatică. student. Acum, biolog computațional la Memorial Sloan Kettering Cancer Center din New York, Land a spus că îndrumarea lui Zeira și Raphael a fost esențială în urmărirea carierei sale de cercetare.

Echipa și-a dezvoltat metoda folosind date simulate de exprimare a genelor. dintr-un studiu de transcriptomic spațial al unei tumori de sân, în care corespondența dintre feliile de țesut a fost stabilită anterior. Ei au evaluat apoi metoda pe datele colectate din mostre ale cortexului prefrontal al creierului, care are o structură cunoscută constând din straturi de diferite tipuri de celule cu semnături unice de expresie a genelor.

Cercetătorii au aplicat, de asemenea, PASTA la datele colectate din biopsiile de cancer de piele ale a patru pacienți diferiți. O analiză anterioară a acestor date a sugerat un mozaic complex de tipuri de celule, cu un grad ridicat de celule canceroase și sănătoase amestecate. Metoda PASTE, cu toate acestea, a arătat că coerența spațială scăzută aparentă în trei dintre eșantioanele pacienților s-a datorat probabil unei acoperiri scăzute a secvenței în experimente. Noua analiză a arătat că celulele au fost grupate în grupuri mai învecinate, un scenariu mai plauzibil din punct de vedere biologic.

„După ce integrăm câteva dintre aceste felii și creștem efectiv acoperirea datelor, obținem grupări mai coerente spațial. de celule, ceea ce este mai rezonabil decât fiecare tip de celulă fiind poziționat aleatoriu în țesut”, a spus Zeira.

Până acum, cel mai mare set de date pe care echipa l-a analizat a fost un eșantion de țesut cardiac cu nouă felii, dar ei își au obiectivul pus pe experimente cu embrioni de șoarece care includ mai mult de 30 de felii. În afară de considerentele de calcul, experimentele de transcriptomică spațială la această scară rămân costisitoare pentru multe laboratoare, a spus Raphael.

Totuși, a adăugat el, „sperăm că, având un instrument precum PASTE, mai mulți cercetători vor încuraja mai mulți cercetători să efectueze experimente replicate. pentru că acum pot folosi informațiile din secțiuni suplimentare într-un mod pe care nu îl puteau face înainte.”


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

Al doilea profesor de la Universitatea Laval, suspendat pentru că a pus sub semnul întrebării nevoia de a vaccina copiii împotriva COVID

_ Kate Moss poartă o rochie ciudată în dungi în timp ce pozează cu Elton John

Ucraina stabilește noi linii defensive la Donețk după ce a pierdut Lugansk

Autoritatea Palestiniană contestă vehement concluziile SUA privind moartea corespondentei Al Jazeera

Cântecele balenei cu cocoașă arată că oamenii nu sunt singurele specii capabile de transmitere culturală

Mai liniștit, mai calm Kyrgios în Sferturi la Wimbledon ani mai târziu de când nu a mai avut o asemenea performanță

_ Tasha din Love Island îl sărută pe noul băiat Billy în Casa Amor, în timp ce Andrew o renunță pentru o nouă bombă

_ Descoperirea fosilelor rezolvă misterul modului în care panda au devenit vegetarieni

_ Suspectul de masacrul din Highland Park, Robert Crimo, 22 de ani, este rapperul „Awake”, cu 16.000 de ascultători pe Spotify

_ Fanii Love Island îl laudă pe Luca Bish pentru că i-a rămas loial lui Gemma Owen

_ Starul australian de tenis Nick Kyrgios, ÎNCUCĂTAT pentru agresarea fostei iubite Chiara Passari

_ Psihologul dezvăluie 9 semne că s-ar putea să fii prea gânditor

_ Părinții din școala primară îngroziți că pedofilul înregistrat poate face vizite regulate la școală

_ MAFS Tamara Djordjevic își etalează silueta sveltă într-un bikini roz suplu

_ Creșterea costului programelor guvernamentale folosind o etichetă de preț cost pe persoană îmbunătățește înțelegerea de către publicul larg

_ Un preot catolic a fost răpit în Nigeria

_ Cristiano Ronaldo va lipsi de la antrenamentul Man United pentru o A DOUA zi CONSECUTIVA

_ Gemma Collins își arată flexibilitatea în timp ce își exersează mișcările de yoga pe un iaht într-un clip de întoarcere

_ Katie Price se bucură de soare în Thailanda, deoarece acuzațiile de viteză sunt renunțate

_ Georgia Love critică „trolii Gen-Z” în urma dramei ei de sărbători din Arabia Saudită

_ Coco Austin se arată obraznic în timp ce îl sărută pe soțul Ice-T în weekendul din 4 iulie în AZ

_ Telespectatorii reacționează după ce doar 44 de telespectatori urmăresc noua emisiune pentru micul dejun de la Channel 10

_ Protestatarii Just Stop Oil au deteriorat The Hay Wain al lui Constable în cascadorie

_ Tom Cruise este tachinat de James Corden în timp ce starul de la Hollywood își sărbătorește 60 de ani de naștere în Marea Britanie

_ Ghețarul se prăbușește în Alpii italieni, șase morți: salvatori

_ NASA explică misiunea de a aduce mostre de sol, rocă și atmosferă de pe Marte înapoi pe Pământ

_ Echipa lui DeSantis răspunde la anunțul Newsom care spune că rezidenții din Florida ar trebui să se mute în California

_ Mijlocașul foarte apreciat al academiei de la Manchester City, Tommy Doyle, se alătură Sheffield United prin împrumut

_ Chelsea „cântărește o mișcare șoc pentru Cristiano Ronaldo” pe fondul dorinței sale de a părăsi Man United

_ Inundațiile din Sydney forțează alte mii de oameni să fugă

_ Paula Badosa, după înfrângerea în faţa Simonei Halep: „Nu sunt Rafa Nadal şi nici nu voi fi"

_ Campionul UFC Alex Volkanovski dezvăluie lovitura URIAȘĂ înainte de a doua luptă împotriva lui Max Holloway

_ Știri Man United: Acesta este motivul pentru care Barcelona vrea să-l vândă pe De Jong?

_ Peste 11.000 de decese prin cancer intestinal ar putea fi prevenite prin simpla reinvitare a oamenilor

_ Shanina Shaik strălucește pozitiv în timp ce își etalează umflătura înflorită la Londra

_ Femeile din NZ vor fi plătite la fel ca și bărbații, dar vor câștiga totuși jumătate din cât primesc femeile australiane

_ De ce prețurile la combustibil sunt atât de mari? Ce face să fie scumpe benzina și motorina

_ Manchester United a spus să-l semneze pe fostul coechipier al lui Ronaldo la Juve

_ Turnul Eiffel „plin de rugină și are nevoie drastică de reparații”, dar va primi doar „vopsea cosmetică”

_ Urmărirea prin satelit a rechinilor-balenă a oferit o perspectivă asupra comportamentului lor migrator și de hrănire

_ Spania, Portugalia uscăciune „fără precedent” în 1.200 de ani

_ Starul australian de tenis Nick Kyrgios, ÎNCUCĂTAT pentru agresarea fostei iubite Chiara Passari

_ ONU îndeamnă la acțiuni ambițioase pentru a proteja oceanele

_ Un val de căldură neobişnuit de intens va cuprinde China. Peste 250 de milioane de oameni sunt afectaţi

_ Lewis Hamilton își propune să sape pe Max Verstappen după ce și-a lăudat bătălia „sensată” cu Charles Leclerc

_ Motivele invocate de CFR Călători pentru căldura din vagoane

_ Pia Muehlenbeck își împărtășește durerea de inimă când dezvăluie că câinele ei iubit este bolnav

_ Starul de la Chicago White Sox renunță la legile SUA privind armele după tragedia de la Boston

_ Nicole Scherzinger își etalează silueta în timp ce ea și iubitul Thom Evans dansează pe o plajă din Mykonos

_ Top 100 de nume de bebeluși din Marea Britanie anul acesta dezvăluite

_ Cunoașterea dezechilibrului energetic al Pământului este esențială în prevenirea încălzirii globale, arată studiul

_ Câinii masculi de patru ori mai susceptibili de a dezvolta cancer contagios la nas sau la gură decât femelele

_ Noua tehnică de screening ar putea accelera și îmbunătăți terapiile cu ARNm

_ Incredibilele e-mailuri scurse dezvăluie adâncimea războiului civil al clubului AFL North Melbourne Kangaroos

_ Moment emoționant bărbat, 56 de ani, își întâlnește sora mai mare în Long Lost Family

_ Remaniere guvernamentală în Franţa după eşecul electoral al alianţei care îl susţine pe Macron

_ Ion Cristoiu: Cum a ajuns Vladimir Putin să conducă Rusia cu o mînă de fier

_ 2 ofițeri de poliție împușcați în timpul artificiilor din 4 iulie în Philadelphia: rapoarte

_ Newsom iertă femeia care a împușcat mortal bărbatul care a traficat-o

_ Ottawa semnează un acord de compensare în valoare de 20 de miliarde de dolari pentru bunăstarea copiilor din Primele Națiuni


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9 Pag.10 Pag.11 Pag.12 Pag.13 Pag.14 Pag.15
Pag.16 Pag.17 Pag.18 Pag.19 Pag.20 Pag.21 Pag.22 Pag.23
Pag.24 Pag.25 Pag.26 Pag.27 Pag.28 Pag.29 Pag.30 Pag.31

Nr. de articole la aceasta sectiune: 1830, afisate in 31 pagini.