_ Efectele perechilor de primeri, condițiilor PCR și clemelor peptidice de acid nucleic asupra evaluării diversității fungice a rădăcinii plantelor
_ Efectele grundului perechi, condiții PCR și cleme peptidice de acid nucleic pe evaluarea diversității fungice a rădăcinii plantelor
Ciupercile se găsesc frecvent atât în jurul și în interiorul țesuturilor plantei (în special în rădăcini) și sunt implicate atât în achiziționarea nutrienților plantelor, cât și în rezistența la agenți patogeni. . Astfel, caracterizarea diversității și compoziției comunităților de ciuperci asociate plantelor a reprezentat un interes din ce în ce mai mare în ultimii ani.
Secvențierea de înaltă performanță (HTS), numită și metabarcoding, a devenit un instrument proeminent pentru evaluarea microbilor complexe. comunități din probe de mediu. Cu toate acestea, HTS aplicat comunităților fungice asociate plantelor este o provocare din cauza co-amplificării ADN-ului de plante și ciuperci. Primerii specifici fungici, clemele de acid nucleic peptidic (PNA) sau ajustarea condițiilor PCR sunt descrise ca abordări eficiente pentru a limita contaminarea ADN-ului plantelor.
Acest studiu, condus de dr. Coralie Bertheau (Universitatea Franche-Comté). ), a evaluat efectele combinate ale perechilor de primeri, ale temperaturii de recoacere asociate (Ta) și ale clemelor PNA în determinarea diversității și compoziției comunității fungice asociate cu rădăcinile plantelor.
Trei primeri (fITS7/ITS4, gITS7/ITS4). , și 5.8S-Fun/ITS4-Fun) care vizează regiunea ribozomală intern transcris spacer (ITS) 2 au fost evaluate singure sau în combinație cu cleme PNA atât pe ADN-ul rădăcinii de urzică (Urtica dioica), cât și pe o comunitate fungică simulată.
Echipa a descoperit că clemele PNA nu au îmbunătățit bogăția sau diversitatea comunităților de ciuperci, ci au crescut numărul de citiri fungice. Dintre factorii testați, cel mai semnificativ a fost perechea de primeri. În mod specific, perechea 5.8S-Fun/ITS4-Fun a prezentat o bogăție mai mare OTU, dar mai puține citiri fungice.
„Rezultatele au demonstrat că alegerea primerilor este critică pentru limitarea co-amplificarii ADN-ului de plante și fungi. Clemele PNA măresc numărul de citiri fungice atunci când ITS2 este vizat, dar nu duc la o recuperare mai mare a diversităţii fungice la adâncimea mare de secvenţiere. La adâncimi de citire mai mici, clemele PNA ar putea îmbunătăţi cuantificarea diversităţii microbiene pentru perechile de primeri lipsite de specificitate fungică", dr. Coralie Bertheau spus.
22:13 2024-02-26
science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii:
Adauga Comentariu