17:52 2023-03-31
science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu
_ Un nou model prezice flexibilitatea mișcării ADN-ului la scară moleculară
_ Un nou modelul prezice flexibilitatea mișcării ADN-ului la scară moleculară
Atât în fizică, cât și în chimie, scara mezoscopică se referă la scara de lungime pe care pot fi studiate proprietățile unui material sau fenomen, fără a intra într-o discuție. despre comportamentul atomilor individuali. Într-un model mezoscopic, scările atomice sunt îmbinate cu scara continuă, deci sunt destul de dificil de dezvoltat.
Un nou model de flexibilitate ADN a fost dezvoltat de Kim López-Güell , student la Maths4Life, împreună cu Dr. Federica Battistini, sub supravegherea Dr. Modesto Orozco în laboratorul de Modelare Moleculară și Bioinformatică de la IRB Barcelona. Folosind un program de calculator ieftin, modelul dezvoltat, care ia în considerare corelația și multimodalitatea la nivel de tetramer, oferă rezultate de o calitate fără precedent.
Modelul se caracterizează prin precizia și eficiența sa la nivel de calcul, prin urmare făcându-l o abordare alternativă pentru a explora dinamica segmentelor lungi de ADN și deschizând posibilitatea de a se apropia de scara cromatinei.
„Această lucrare este o piatră de hotar în simularea mezoscopică a ADN-ului. Prezintă un sistem sistematic. și un studiu cuprinzător al corelațiilor cu mișcarea ADN-ului și o nouă metodă de a le captura”, spune dr. Battistini, cercetător postdoctoral la IRB Barcelona.
Efectuat în colaborare cu Centrul de Excelență „BioExcel” pentru Cercetare Biomoleculară Computațională. , această lucrare oferă o mai bună înțelegere a ADN-ului dependent de secvențiere la nivelul rezoluției perechii de baze. O varietate de abordări și simplificări au fost folosite pentru a studia acest subiect de-a lungul deceniilor, dar nu au reușit să realizeze un model multimodal. Metoda dezvoltată permite o descriere locală și globală cu mare precizie pentru simulări moleculare la nivel atomic și măsurători experimentale.
Dinamica moleculară este o tehnică de calcul care permite simularea mișcării ADN-ului, a acestuia dimerică, trimerică sau plierea tetramerică și chiar interacțiunea sa cu proteinele și medicamentele. Această tehnică le permite oamenilor de știință să studieze procese care au loc pe scări de timp care variază de la picosecunde la minute și care se aplică sistemelor moleculare de diferite dimensiuni și, prin urmare, sunt esențiale pentru cercetarea funcțiilor celulare și a mecanismelor bolii.
Acest studiu clarifică modul în care Mișcarea ADN-ului funcționează folosind o abordare cu un cost de calcul scăzut, care poate prezice flexibilitatea și conformația catenelor lungi de ADN, care ar putea fi extinse la duplexuri de ARN și la polimeri potențial lungi. Acest nou model este de așteptat să beneficieze comunitatea științifică care lucrează cu simulări de acid nucleic.
Descoperirile sunt publicate în revista Nucleic Acids Research.
Comentarii:
Adauga Comentariu