22:05
Comentarii Adauga Comentariu

_ Faceți cunoștință cu vecinii (de proteine): o nouă metodă permite cercetătorilor să detecteze proteinele în imediata apropiere în celulele individuale

_ Faceți cunoștință cu (proteina ) vecini: o nouă metodă permite cercetătorilor să detecteze proteine ​​în imediata apropiere în celule individuale

Astăzi, majoritatea metodelor de determinare a proteinelor din interiorul unei celule se bazează pe un recensământ brut — oamenii de știință de obicei macină un grup mare de celule înainte de a caracteriza materialul lor genetic. Dar, așa cum o populație de 100 de persoane singure diferă în multe privințe de o populație de 20 de gospodării de cinci persoane, acest tip de descriere nu reușește să capteze informații despre modul în care proteinele interacționează și se adună împreună în grupuri funcționale.

Acum, cercetătorii de la Școala Pritzker de Inginerie Moleculară (PME) de la Universitatea din Chicago au dezvoltat o abordare care le permite să studieze mai ușor dacă proteinele sunt situate în imediata apropiere unele de altele în interiorul unei celule. Tehnologia, care poate fi realizată în același timp cu secvențierea genelor de rutină, este descrisă în jurnalul Nature Methods.

„Acesta este o modalitate raționalizată și de mare capacitate de a analiza funcțiile proteinelor în interiorul individului. celule”, a spus Savas Tay, profesor de inginerie moleculară și autor principal al noii lucrări. „Cred că această metodă va fi o resursă majoră pentru comunitatea de biologie moleculară.”

Concentrat pe funcție

În ultimii ani, odată cu apariția tehnologiilor de secvențiere genetică rapide și ieftine , oamenii de știință au apelat la secvențierea ARNm cu o singură celulă pentru a obține instantanee ale stărilor interne ale celulei. Prin secvențierea tuturor moleculelor de ARNm ale unei celule - care codifică proteine ​​- își pot face o idee despre proteinele pe care o celulă le-ar putea folosi în mod activ. Dar acest tip de proxy pentru abundența proteinelor nu transmite întreaga poveste.

„Doar cunoașterea abundenței anumitor proteine ​​nu vă oferă întotdeauna informații despre modul în care funcționează o celulă”, a spus Tay. „Adesea, dacă proteinele sunt sau nu active funcțional are de-a face nu doar cu faptul că sunt prezente, ci și cu faptul că formează complexe.”

Tay a vrut să surprindă dacă proteinele sunt fizic aproape una de cealaltă – și face acest lucru într-un mod rapid, de mare capacitate, nu bazându-se pe microscopie pentru a le vizualiza locațiile sau izolarea câtorva proteine ​​la un moment dat pentru o inspecție mai atentă.

El și colegii săi au dezvoltat sonde moleculare care se atașează la proteinele de interes și au etichete ADN care se extind spre exterior. Dacă două proteine ​​sunt fizic aproape una de cealaltă, acele sonde ADN se lipesc împreună ca Velcro. Cercetătorii pot pune la punct experimente care sonda simultan sute de proteine ​​în acest fel. Apoi, folosesc metode de secvențiere de rutină pentru a citi înapoi orice sonde ADN care s-au legat între ele și pentru a determina care proteine ​​au fost împerecheate.

„În spațiul vast din interiorul unei celule, este foarte puțin probabil ca două sonde să găsească. unul pe altul, cu excepția cazului în care sunt legați de proteinele din apropiere”, a spus Tay. „Deci, atunci când sondele se leagă, asta ne spune că aceste proteine ​​sunt foarte apropiate între ele.”

Deoarece abordarea, numită Prox-seq, folosește secvențierea standard, cercetătorii pot analiza mARN-ul unei celule în același timp cu proteine ​​de interes, pentru a ajuta la răspunsul la întrebările despre corelația dintre ARNm și abundența și funcția proteinelor.

Studii de probă de concept

Pentru a ilustra utilitatea Prox-seq, echipa lui Tay l-a testat mai întâi pe celulele B și celulele T, două subseturi de celule imunitare umane. Tehnica, au descoperit ei, ar putea diferenția celulele exclusiv pe baza interacțiunilor proteină-proteină prezente în fiecare tip de celulă. De asemenea, ar putea identifica subseturi necunoscute anterior de celule pe baza unor mici diferențe în modul în care grupurile de proteine ​​au fost organizate în celule. Folosind celule mononucleare din sângele periferic uman, au măsurat simultan 38 de proteine ​​individuale, 741 de complexe proteice și mii de ARNm pe fiecare celulă individuală și au descoperit un nou complex proteic care definește celulele T naive.

Apoi, grupul a folosit Prox-seq pentru a studia modul în care proteinele își schimbă aranjamentul în macrofage, un alt tip de celulă imunitară, atunci când celulele devin activate ca răspuns la un agent patogen. Încă o dată, au identificat atât perechi cunoscute de proteine ​​care interacționează, cât și noi grupuri de proteine ​​care pot fi folosite pentru a identifica nu numai dacă un macrofag a fost activat, ci și la ce tip de agent patogen a fost expus.

„Acest lucru a arătat că metoda noastră nu numai că poate verifica complexe proteină-proteină despre care știam deja, dar poate găsi noi interacțiuni între proteine”, a spus Tay.

Până acum, cercetătorii au testat doar metoda asupra proteinelor găsite pe suprafața celulelor; acum lucrează pentru a-l extinde la mai multe tipuri de proteine, pe măsură ce dezvoltă modalități de a rezolva exact unde interacționează proteinele din interiorul unei celule.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Un cutremur puternic de 7.8 grade a zguduit centrul Turciei şi Siria. LIVE UPDATE: Peste 1.500 de persoane au decedat. Nou cutremur de 7.7 grade. 13 ţări membre UE trimit echipe de căutare şi salvare în Turcia

_ Așteptări mari PRIMA UITARE: Olivia Colman arată de NERECONOSCĂTOARE cu părul alb și dinții galbeni

_ Show - George Simion a cerut moment de reculegere, la moțiunea împotriva lui Bode: Pentru anii în care era decență (Video)

_ Compartimentele sintetice împiedică agenții patogeni să împărtășească gene de rezistență la antibiotice

_ Valentin Stefan și afacerile cu iz penal de la conducerea Poștei Române: Ultima 'combinație' care ridică semne de întrebare

_ Ce să știți despre marele cutremur care a lovit Turcia și Siria

_ Oamenii de știință găsesc noi indicatori ai dezghețului permafrostului din Alaska

_ Folosind calculul inspirat cuantic pentru a descoperi un catalizator îmbunătățit pentru hidrogen curat


Pag.1
Nr. de articole la aceasta sectiune: 8, afisate in 1 pagina.