03:23 2024-11-17 science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu

_ Microbii vii descoperiți în cel mai uscat deșert al Pământului cu o nouă tehnică de separare

_ Microbii vii descoperiți în cele mai uscate zone ale Pământului deșertul cu o nouă tehnică de separare

Deșertul Atacama, care se întinde de-a lungul coastei Pacificului din Chile, este cel mai uscat loc de pe planetă și, în mare parte din cauza acelei aridități, ostil majorității viețuitoarelor. Totuși, nu totul - studiile asupra solului nisipos au descoperit diverse comunități microbiene. Studierea funcției microorganismelor în astfel de habitate este totuși o provocare, deoarece este dificil să se separe materialul genetic din partea vie a comunității de materialul genetic al morților.

O nouă tehnică de separare poate ajuta cercetătorii să se concentreze asupra partea vie a comunității. Săptămâna aceasta, în Microbiologia aplicată și de mediu, o echipă internațională de cercetători descrie o nouă modalitate de a separa materialul genetic extracelular (eDNA) de intracelular (iDNA). Metoda oferă o perspectivă mai bună asupra vieții microbiene în medii cu biomasă scăzută, ceea ce anterior nu era posibil cu metodele convenționale de extracție a ADN-ului, a spus Dirk Wagner, Ph.D., geomicrobiolog la Centrul German de Cercetare pentru Geoștiințe GFZ din Potsdam, care a condus studiul. Studiu.

Microbiologii au folosit noua abordare pe probele de sol Atacama colectate din deșert de-a lungul unei porțiuni de la vest la est de la marginea oceanului până la poalele munților Anzi. Analizele lor au relevat o varietate de microbi vii și posibil activi în zonele cele mai aride. O mai bună înțelegere a eDNA și iDNA, a spus Wagner, poate ajuta cercetătorii să cerceteze toate procesele microbiene.

„Microbii sunt pionierii care colonizează acest tip de mediu și pregătesc terenul pentru următoarea succesiune a vieții”, a spus Wagner. . Aceste procese, a spus el, nu se limitează la deșert. „Acest lucru s-ar putea aplica și noului teren care se formează după cutremure sau alunecări de teren în care aveți mai mult sau mai puțin aceeași situație, un substrat mineral sau pe bază de rocă.”

Majoritatea instrumentelor disponibile comercial pentru extragerea ADN-ului din sol pleacă. un amestec de celule vii, latente și moarte de la microorganisme, a spus Wagner. „Dacă extragi tot ADN-ul, ai ADN din organisme vii și, de asemenea, ADN care poate reprezenta organisme care tocmai au murit sau care au murit cu mult timp în urmă.”

Secvențierea metagenomică a acelui ADN poate dezvălui microbi specifici și procese microbiene. Cu toate acestea, necesită suficient ADN de bună calitate, a adăugat Wagner, „care este adesea blocajul în mediile cu biomasă scăzută.”

Pentru a remedia această problemă, el și colaboratorii săi au dezvoltat un proces de filtrare a celulelor intacte. a unui amestec, lăsând în urmă fragmente genetice eADN rămase din celulele moarte din sediment. Aceasta implică mai multe cicluri de clătire blândă, a spus el. În testele de laborator, au descoperit că, după 4 repetări, aproape tot ADN-ul dintr-o probă a fost împărțit în cele 2 grupuri.

Când au testat solul din deșertul Atacama, au găsit Actinobacteria și Proteobacteria în toate probele din atât grupurile eADN cât și iADN. Nu este surprinzător, a spus Wagner, pentru că celulele vii reînnoiesc în mod constant depozitul de iADN pe măsură ce mor și se degradează.

„Dacă o comunitate este cu adevărat activă, atunci are loc o schimbare constantă de afaceri și asta înseamnă că 2 bazine ar trebui să fie mai asemănătoare între ele”, a spus el. În probele colectate de la adâncimi mai mici de 5 centimetri, ei au descoperit că bacteriile Chloroflexota dominau în grupul iDNA.

În lucrările viitoare, Wagner a spus că intenționează să efectueze secvențierea metagenomică pe probele iDNA pentru a înțelege mai bine microbii. la locul de muncă și să aplice aceeași abordare la mostrele din alte medii ostile. Studiind iDNA, a spus el, „puteți obține informații mai profunde despre partea reală activă a comunității.”

(Fluierul)

Inapoi