13:56
Comentarii Adauga Comentariu

_ Cunoștințe despre viruși deblocate de noile tehnologii metagenomice

_ Cunoștințele despre viruși deblocate de noile tehnologii metagenomice< /h3>

Tehnicile de secvențiere metagenomică permit studiul microbiomilor din tot felul de habitate, iar utilizarea acestora pentru a explora fagi (genomi bacteriofagi integrati în cromozomul bacterian circular) a extins cunoștințele despre virusurile care se integrează în genomul bacterian și despre cum beneficiază aceștia. gazdele lor.

Universitatea Flinders Ph.D. candidata Laura Inglis – parte a laboratorului Flinders Accelerator for Microbiome Exploration (FAME), un grup de cercetare interdisciplinară de la Colegiul de Știință și Inginerie al Universității Flinders – a subliniat avantajele noilor sale cercetări publicate privind transformarea fagilor.

Lucrarea, „How Metagenomics Has Transformed Our Understanding of Bacteriophages in Microbiome Research”, de Laura Inglis și Robert Edwards, a fost publicată în jurnalul Microorganisms.

„Microbiomul este o parte esențială a majorității ecosistemelor, dar a fost deosebit de dificil să studiezi microbiomii din tot felul de habitate”, spune doamna Inglis. „Secvențierea metagenomică schimbă acest lucru. Este utilă în special pentru găsirea fagilor din multe condiții diferite de mediu, dar mulți genomi sunt adăugați la bazele de date fără includerea de metadate complete.

„Potând sorta automat aceste secvențe într-un ontologia de mediu ar permite ca aceste secvențe să fie utile în proiecte viitoare, dar avem nevoie de date considerabil mai de înaltă calitate pentru a determina cum să sortăm cel mai bine aceste secvențe.”

Numărul tot mai mare de secvențe încărcate în bazele de date online a atât avantaje, cât și dezavantaje. Înseamnă că sunt disponibile mai multe date pentru utilizare, dar gestionarea unei cantități atât de mari de date devine imposibil de gestionat.

„Există multe provocări în gestionarea metagenomurilor, dar utilizarea învățării automate pentru curatarea automată. ar putea atenua unele dintre probleme", explică doamna Inglis.

Fagii joacă un rol important în microbiomul multor specii și în diferite medii. Își pot proteja gazda de infecții mortale și oferă gazdei lor acces la gene benefice, cum ar fi rezistența antimicrobiană sau producția de toxine, dar modul în care fagii interacționează cu gazda lor se schimbă în funcție de mediu.

„Mai mulți factori influențează dacă bacteriofagii aleg liza sau lizogenia și mai multe ipoteze diferite. încearcă să explice de ce unele medii au rate mai mari de liză sau lizogenie”, spune doamna Inglis.

Multe studii au examinat fagii în medii și condiții diferite, dar se uită doar la câteva medii sau condiții diferite la un moment dat. Doamna Inglis spune că, profitând de numărul mare de metagenom online, ar putea permite un studiu mai amplu care să examineze ratele de liză și lizogenie în multe medii diferite simultan, dar recunoaște că problemele legate de curatarea genomurilor trebuie rezolvate mai întâi.

Cercetătorii au efectuat multe studii asupra fagilor din diverse medii și au dezvoltat ipoteze cu privire la factorii care influențează strategiile de supraviețuire, cum ar fi decizia litică/lizogenă, deși trebuie învățate mult mai multe despre modul în care profagii interacționează cu gazdele lor în diferite condiții. condiții.

„Aflarea mai multe despre metagenom și profage ar putea oferi multe perspective asupra sănătății umane și a mediului, iar obținerea unei mai bune înțelegeri a ceea ce ar trebui să fie un microbiom sănătos ne poate permite să detectăm modificări mai rapid sau mai precis în microbiom. asta ar putea fi un semn de boală”, spune doamna Inglis.

O problemă legată de utilizarea datelor metagenomice cu acces deschis este aceea că secvențele adăugate la baza de date De multe ori au puține metadate cu care să lucreze, așa că găsirea unor secvențe suficiente poate fi dificilă. Multe metagenome au fost curatate manual, dar acesta este un proces care consumă mult timp și se bazează în mare măsură pe încărcătorul pentru a fi precis și minuțios atunci când completează câmpurile de metadate, iar curatorii să lucreze cu aceleași ontologii.

Folosirea algoritmilor pentru sortarea automată a metagenomurilor pe baza fie a profilului taxonomic, fie a profilului funcțional poate fi o soluție viabilă la problemele legate de metagenomuri selectate manual, dar necesită ca algoritmul să fie antrenat pe seturi de date îngrijite cu atenție și să utilizeze cel mai informativ profil posibil pentru a minimiza erorile.

Lucrul doamnei Inglis despre microbiomul intestinal este una dintre cele șapte lucrări recente de la laboratorul FAME al Universității Flinders, grupul de cercetare interdisciplinar oferind acces la microbiom și metagenomică. resurse care ajută la accelerarea cercetării microbiomului.

Alte publicații recente semnificative din laboratorul FAME includ cercetarea lui Vijini Mallawaarachchi privind un nou instrument de bioinformatică pentru a asambla genomuri din datele genomului multi-bacterian; Ph.D. Cercetarea studentului Lias privind funcțiile microbiene asupra sănătății coralilor (cu colegul doctorand Bhavya Papudeshi) și revizuirea ei a ecofiziologiei unei singure specii de corali în condițiile actuale de mediu ale recifelor de corali din Caraibe; şi doctorat. studenta Susie Grigson despre cum să folosiți matematica avansată și informatica cu biologia pentru a ajuta la înțelegerea microbilor și a ceea ce fac aceștia.

Laboratorul FAME a fost creat de Robert Edwards, Matthew Flinders Fellow în Bioinformatică, care coordonează analiza computațională de secvențe de ADN asociate cu microbiomul, împreună cu Elizabeth Dinsdale, Matthew Flinders Fellow in Marine Biology, ale cărui cercetări folosesc genomica pentru a investiga biodiversitatea și ecologia microbilor și virușilor de pe recifele de corali, pădurile de alge și epiderma de rechini.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

Cum i-au mai cenzurat neomarxiștii progresiști de la Twitter pe conservatori: Twitter „a păstrat o listă neagră secretă de conturi și subiecte pentru a le opri în tendințe”

Televiziunea de stat nord-coreeană difuzează primul său meci de fotbal din Coreea de Sud

SUA. Whitehead: Constituția a fost deja aruncată la coș. Progresiștii au distrus libertățile individuale și propagă totalitarismul în întreaga lume

Prețurile mașinilor rulate se prăbușesc cu un procent cel mai mare înregistrat vreodata

China. Xi încheie zeci de miliarde de tranzacții cu saudiții, de la cloud-computing Huawei până la extinderea legăturilor militare

Prognoza pentru următoarele săptămâni: meteorologii anunţă cum va fi vremea de Crăciun şi Anul Nou

China lansează în liniște relaxarea cantitativă (QE): Beijingul ordonă marilor asigurători să cumpere obligațiuni pentru a limita panica de vânzare

O fi de la vaccinuri? Apel pentru investigații asupra ratelor mortalității, deoarece Australia vede o creștere a ratei de deces

UMFST va finaliza, în 2023, o serie de investiții unice în țară: Centrul de Simulare şi Abilităţi Practice şi primul Centru Naţional de Realitate Virtuală

_ Seful lui Liverpool, Jurgen Klopp, „se întâlnește cu reprezentanții starului marocan Sofyan Amrabat”

_ Aston Villa, Man United, Wolves și Liverpool schimbă temperaturile înghețate din Anglia cu locuri mai calde

Previziuni economice sumbre pentru 2023: Contracție economică majoră în 2023... urmată de și mai multă inflație

Nimănui nu îi pasă de greva New York Times, în timp ce zeci de oameni urmăresc fluxul live

Cum TFIIH folosește XPG pentru a localiza ADN-ul deteriorat

_ Sferturile de finală dintre Argentina și Olanda din 1998 a fost unul dintre ultimele meciuri emblematice ale Cupei Mondiale.

Ce CRIME mai fac progresiștii: Noua Zeelandă ia copilul de la părinții care cer sânge „nevaccinat” pentru operația copilului pe inimă

Cum a devenit atât de fierbinte „planeta iadului”: noi măsurători dezvăluie calea orbitală a planetei 55 Cnc e

Ignorați expertii, nu vă așteptați la scăderi mari ale prețului chiriei

_Stiri Negre - 08 Dec 2022 16:37:28

_ Licențiat de facultate dezvăluie sistemul de clasare „dezgustător” folosit de comunitatea ei pentru a nota candidații în grabă

Project Veritas: Decanul din Chicago se laudă că le oferă elevilor minori jucării sexuale în timpul lunii Mândriei

Cincisprezece copii au murit de streptococul A în Marea Britanie în această iarnă

_ Criticii furioși...

_ Jurnaliştii New York Times, alţi angajaţi în grevă pentru prima dată în decenii

_ The Price of Glee PRIMUL TRAILER: Noile documente din serialele arată blestemul

_ Dua Lipa își croiește o siluetă elegantă într-o haină roz ciudată cu blană, în timp ce iese în New York

UK. Un număr record de britanici au murit din cauze specifice alcoolului. Experții dau vina ca urmare a blocării covid

GERMANIA. Raidul masiv împotriva extremiștilor de dreapta din Germania: este mai mult spectacol decât substanță?

_ Scott Disick „va avea întotdeauna regrete” pentru modul în care a gestionat relația cu Kourtney Kardashian

_ Fenomen îngrijorător în SUA. Companiile mari şi mici continuă disponibilizările, împingând rata şomajului tot mai sus

_Călin Georgescu - 09 Dec 2022 04:07:18

_ DeSantis va întâlni donatorii în Miami...

_ Jurgen Klopp „a cerut lui Liverpool să semneze un jucător ca Sofyan Amrabat cu mult timp în urmă”

Macron a băgat în groapă economia Franței și a Europei și acum se ia de prezervative. Franța va face prezervativele gratuite în farmacii pentru persoanele cu vârsta cuprinsă între 18 și 25 de ani

_ Jurnalul lui MATT BARLOW LA CUPA MONDIALĂ: Spania renunță la penalty-uri, în ciuda faptului că a luat câte 1.000 la antrenament

_ DOJ cere judecătorului să rețină echipa Trump în dispreț pentru cazul Mar-a-Lago...

_ Instanța suedeză ROLĂȘTE interzicerea hijabului pentru școlari de la Staffanstorp, declarând că neagă „libertatea de exprimare”

_ Oficialul chinez din domeniul sănătății admite că 80-90% din populație poate ajunge cu COVID

_ China se infiltrează tot mai adânc în Rusia: preiau tot mai agresiv locul lăsat liber de Occident

SUA. Date Biometrice pe aeroporturi. TSA planifică lansarea la nivel național a aparatelor biometrice pentru călătorii pe aeroport

După curentul electric, Republica Moldova va compensa și gazele naturale livrate consumatorilor casnici cu 50% din preț

_ Ivanka Trump, în vârstă de 41 de ani, arată fulgerător în stomac și arată o siluetă zveltă în timp ce părăsește sala de sport din Miami

_ Brittney Griner se îndreaptă spre casă, dar starul Cowboys Micah Parsons încă nu îl va vota pe Joe Biden

_ Lukoil şi o firmă americană pun la cale vânzarea rafinăriei din Sicilia

_ Zborul SpaceX pe Lună va include un DJ, un YouTuber şi un rapper K-pop

_ Baker Mayfield îi lasă pe analiștii TNF ULTIMEȚI de victorie după doar 48 de ORE cu Los Angeles Rams

_4 Media Info - 09 Dec 2022 04:53:39

_4 Media Info - 09 Dec 2022 04:49:02

_ 'Negustorul morții' a ajuns la Moscova. Primul mesaj transmis după ce a fost eliberat de SUA

_ Experții critică lipsa de „substanță” în emisiunea Netflix a lui Harry și Meghan

_ Kaia Gerber se strecoară într-un ansamblu negru în timp ce poartă o geantă de cumpărături Celine

_ Zoe Kravitz afișează o piele impecabilă în timp ce legănă cu un ruj maro lucios în campania YSL Beauty

_ Reporter Sunrise: Problemă majoră cu documentarul Netflix al lui Harry și Meghan

_ Atlasul celulelor pulmonare fetale umane descoperă 144 de stări celulare

_ James Cameron declară cu îndrăzneală efectele speciale în Avatar: The Way of Water triumfează filmele Marvel

_ Negustorul rus de arme Viktor Bout: „Comerciantul morții” a fost schimbat cu Brittney Griner

_ Un impuls în timp util pentru Anglia, deoarece Courtney Lawes urmează să se întoarcă de la o accidentare pentru Northampton Saints

_ Jude Bellingham 'va spune lui Borussia Dortmund că vrea să plece după Cupa Mondială

_ TOM LEONARD: Griner este în siguranță, dar nu același lucru se poate spune despre lume... Negustorul morții este liber

_ Antonio Banderas felicită Marocul după ce a învins Spania la Cupa Mondială din Qatar


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9 Pag.10 Pag.11 Pag.12 Pag.13 Pag.14 Pag.15
Pag.16 Pag.17 Pag.18 Pag.19 Pag.20 Pag.21 Pag.22 Pag.23
Pag.24 Pag.25 Pag.26 Pag.27 Pag.28 Pag.29 Pag.30 Pag.31
Pag.32 Pag.33 Pag.34 Pag.35 Pag.36 Pag.37 Pag.38 Pag.39
Pag.40 Pag.41 Pag.42 Pag.43 Pag.44 Pag.45 Pag.46 Pag.47
Pag.48

Nr. de articole la aceasta sectiune: 2831, afisate in 48 pagini.