15:39
Comentarii Adauga Comentariu

_ Studiul oferă o abordare puternică de modelare computerizată a simulărilor celulare

_ Studiul oferă un abordare prin modelare computerizată a simulărilor celulare

Un raport de referință de la Universitatea din Kansas, apărut săptămâna aceasta în Proceedings of the National Academy of Sciences, propune o nouă tehnică de modelare a vieții moleculare cu ajutorul computerelor.

Potrivit autorului principal Ilya Vakser, director al Programului de Biologie Computațională și Centrului de Biologie Computațională și profesor de bioștiințe moleculare la KU, investigația în modelarea computerizată a proceselor vieții este un pas major către crearea unei simulări de lucru a unei celule vii la rezolutie atomica. Avansul promite noi perspective asupra biologiei fundamentale a unei celule, precum și un tratament mai rapid și mai precis al bolilor umane.

„Este de aproximativ zeci sau sute de mii de ori mai rapid decât tehnicile existente de rezoluție atomică. ”, a spus Vakser. „Acest lucru oferă oportunități fără precedent de a caracteriza mecanismele fiziologice care acum sunt mult dincolo de atingerea modelării computaționale, de a obține informații despre mecanismele celulare și de a folosi aceste cunoștințe pentru a îmbunătăți capacitatea noastră de a trata boli.”

Până acum, Un obstacol major în calea modelării celulelor prin intermediul computerului a fost modul de abordare a proteinelor și a interacțiunilor lor care se află în centrul proceselor celulare. Până în prezent, tehnicile consacrate pentru modelarea interacțiunilor proteinelor au depins fie de „acoperirea proteinelor”, fie de „simularea moleculară”.

Conform investigatorilor, ambele abordări au avantaje și dezavantaje. În timp ce algoritmii de andocare a proteinelor sunt grozavi pentru eșantionarea coordonatelor spațiale, ei nu țin cont de „coordonatele de timp” sau dinamica interacțiunilor proteinelor. Prin contrast, simulările moleculare modelează bine dinamica, dar aceste simulări sunt prea lente sau cu rezoluție scăzută.

„Studiul nostru de dovadă a conceptului face legătura între cele două metodologii de modelare, dezvoltând o abordare care poate atinge intervale de timp fără precedent de simulare. la rezoluția totală a atomului”, au scris autorii.

Colaboratorii lui Vakser la lucrare au fost Serghei Grudinin de la Universitatea Grenoble Alpes din Franța; Eric Deeds de la Universitatea din California-Los Angeles; Nathan Jenkins, doctorand la KU și Petras Kundrotas, profesor asistent de cercetare la Programul de biologie computațională al KU.

După ce a conceptualizat cum să combine cel mai bine avantajele celor două abordări de modelare a proteinelor, echipa a dezvoltat și codificat un algoritm pentru a conduce noua simulare.

„Cea mai dificilă provocare a fost de a dezvolta algoritmul care reflectă în mod adecvat ideea de bază simplă a abordării”, a spus Vakser.

Dar odată ce au făcut această descoperire, au ar putea să se apuce de validarea noii proceduri.

„Paradigma a fost ușoară – o lovitură de claritate”, a spus Vakser.

„Abordările existente de simulare petrec cea mai mare parte a timpului de calcul călătorind în zonele cu probabilitate scăzută sau cu energie înaltă ale sistemului. Știm cu toții unde sunt aceste zone. În schimb, ideea a fost să eșantionăm sau să călătorim doar în zonele cu probabilitate ridicată și cu energie scăzută și să omitem cele mai scăzute. -cele de probabilitate prin estimarea ratelor de tranziţie între stările cu probabilitate mare.Paradigma este la fel de veche ca modelarea biomoleculară în sine și a fost utilizată pe scară largă încă de la începutul erei modelării cu zeci de ani în urmă.”

Dar Vakser a spus până la noua lucrare a echipei sale, abordarea nu a fost aplicată cineticii interacțiunilor proteinelor în mediul celular, centrul studiului lor.

„Deoarece există mult mai puține stări cu probabilitate mare decât cele cu probabilitate scăzută, asta ne-a oferit un câștig uriaș în viteza de calcul – de la zeci la sute. de mii de ori”, a spus Vakser. „Acest lucru a fost făcut fără pierderea aparentă a preciziei. Se poate argumenta că a fost câștigată acuratețea, deoarece protocolul de simulare se bazează pe tehnicile de „docking”, care sunt concepute special pentru caracterizarea ansamblurilor de proteine”.

Cercetatorul KU a spus că metoda sa de simulare celulară ar putea fi utilizată pentru a cerceta sănătatea umană și a trata bolile cu un nou nivel de precizie.

„Abordarea poate fi folosită pentru a studia căile moleculare. mecanismele de bază ale bolii”, a spus Vakser. „Poate fi folosit pentru a determina efectele dăunătoare ale mutațiilor genetice prin modelele modificate ale asociațiilor de proteine ​​– mutațiile genetice provoacă modificări în structura proteinelor, care la rândul lor afectează asocierea proteinelor. Sau ar putea fi folosit pentru a identifica ținte pentru proiectarea medicamentelor prin detectarea elementelor critice în modelele de asociere a proteinelor.”

Conform lui Vakser, noua tehnică de simulare oferă multe căi de cercetare promițătoare de explorat în viitor.

„Printre acestea se numără adaptarea abordării la interacțiunile proteinelor cu acizii nucleici, ARN-ul și ADN-ul”, a spus el. „De asemenea, am dori să ținem cont de flexibilitatea formelor moleculare, să corelăm cu spectrul în curs de dezvoltare rapidă de studii experimentale ale mediului celular și să aplicăm procedura unui model al unei celule reale, cu componentele sale moleculare reale împachetate împreună”.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

Coincidențe ciudate: evenimente sau fapte ale lui Dumnezeu?

MAIMUȚELE LUI MUSK

Kanye West declară că „Iubește naziștii”...

Povestea singurului român dintr-un sat părăsit care nu mai știe cine e președinte, iar de pandemie și război abia a auzit

Ion Cristoiu: Istoria alege orbeşte pe cei care urmează să rămînă în Istorie

onflict deschis între Boris Johnson și Leonardo DiCaprio. Cum a 'reușit' un plan odios al primăriei Londra conduse de indianul progresist Khan, să-i încaiere pe Johnson cu DiCaprio care-l susține pe Khan

_ Nu încerc să fiu șocant...

_ Curtea de apel respinge procesul lui Trump pentru căutarea în Mar-a-Lago...

Alba Iulia 1 Decembrie 1918 - Alba Iulia 1 Noiembrie 1599 - Zilele Unirii Românilor. Pe ce melodie a intrat Mihai Viteazul în Alba Iulia?

_ CRYPTO CREEP PRETENȚE FĂRĂ FRAUDE...

_ STUDIU: Stresul pandemic a făcut ca creierul adolescenților să îmbătrânească fizic mai repede...

_ Compania americană transformă poluarea aerului în combustibil, sticle și rochii

Coruptul Airbus plătește scump să scape de acuzațiile de corupție. Acordul financiar încheiat cu justiția franceză

_ Oamenii care aplaudă sfârșitul umanității...

_ Președintele Nigeriei, semnal de alarmă: 'Arme din Ucraina se strecoară acum în Africa!'

_ Parler anulează acordul cu Kanye West, deoarece rapperul spune că îi „place” Hitler

_ Biden Bungles Toast la cina de stat cu președintele francez Emmanuel Macron (VIDEO)

_ Industrial production prices up by 41 pct at an annual rate in October

_ Maestrul special oprit...

_ HACKING CREIER

_ CNN concediază HIT TALENT...

_ Tragedia din spatele Dog the Bounty Hunter: închisoare, abuz, copii morți și moartea unui co-star

_ Vorbește despre Joe Biden? Barack Obama este împușcat în „Crazy Uncle Joe” în timp ce face campanie pentru Warnock (VIDEO)

_ De ce Oman este o bijuterie din Orientul Mijlociu, de la snorkeling cu broaște țestoase la drumeții uimitoare la munte

_ Biden, Macron promit unitate cu Ucraina, promit că Rusia va răspunde

_ Campioană europeană cu Norvegia în 2022, Emilie Arntzen şi-a prelungit contractul cu CSM Bucureşti

_ Platforma de socializare Parler renunţă să-i vândă site-ul rapperului Kanye West, anunţă compania-mamă

_ Poate Elon Musk să-i depășească pe cei treziți? Omul de afaceri a concediat 80% din forța de muncă de pe Twitter

_ Ținta lui Man United, Jonathan David, salută Premier League drept „cea mai bună ligă din lume”

_ Începe de AZI, 2 decembrie! Ministrul Muncii, Marius Budăi, a făcut MARELE anunț

_ Hansi Flick insistă că Germania are vina doar după ce a renunțat la Cupa Mondială

_ HARRY TRAILER DROPS!

_ Yellen dă vina pe „splurging”...

_ GANNETT toacă alte 200...

_ MAI MULT PALAT RASCISM STORM...

_ Firmele tehnologice au „facilitat” frauda cu ajutorul covid...

_ Bărbatul pledează vinovat pentru rolul din revoltele din 6 ianuarie; Poate risca zeci de ani de �nchisoare...

_ Treziți angajații Disney primesc o trezire grosolană când noul CEO le spune unde conduce nava

_ Ce este gala Premiului Earthshot a Prințului William și Kate Middleton?

_ Telescopul James Webb produce o vedere de neegalat a luminii fantomatice din grupurile de galaxii

_ PM Ciuca, ForMin Aurescu welcome the Netherlands' standpoint in favour of Romania's Schengen accession

_ S-au descoperit noi proteine ​​potențiale țintă pentru noi antibiotice

_ Gary Lucy s-a chinuit să întâlnească femei după divorțul său... după ce a confirmat cu Laura Anderson

_ Misionar care poartă o cruce pe umăr în timpul mersului de 8.000 de mile prin America este arestat

_ Ucigașul soției diabolice Chris Dawson primește o pedeapsă de 24 de ani de închisoare pentru uciderea animalului de companie al profesorului

_ Amendamente la proiectul de lege: Guvernul „atenuează planurile de a proteja libertatea de exprimare în universități”

_ Breșă majoră de securitate la WhatsApp: 360 de milioane de numere de telefon au fost expuse; reacția companiei

_ Banca internațională de sânge pentru cei nevaccinați a fost înființată cu membri din cel puțin 16 țări – Cererea pentru „sânge pur” crește vertiginos

_ Tendința „periculoasă” de pe TikTok, închiderea gurii pentru pierderea în greutate și un somn mai bun, te-ar putea sufoca

_ Brittany Matthews împărtășește prima poză a nou-născutului Patrick „Bronze” cu fiica copilului Sterling Skye

_ FOTO-VIDEO Explozie într-un port strategic turcesc, la Marea Neagră: pompierii intervin în forță

_ Royal Variety Performance 2022: Celebritățile sosesc la un eveniment strălucitor

_ Rd 148,800 persons have crossed Romanian borders on 1 December

_ Guruul frumuseții Chloe Morello a debutat cu o transformare dramatică a părului

_ Experții SLAM lipsa unghiurilor camerei oferite de FIFA după golul controversat al Japoniei împotriva Germaniei

_ Cum a făcut Diego Maradona un gest uimitor față de vedetele Socceroos, după ce a pierdut în fața Argentina

_ Justin Bieber dezvăluie că pielea lui se „purge” după ce a primit un tratament facial

_ E alertă: exemplar Piranha descoperit într-un râu din România; peștele trăiește în mod normal în America de Sud

_ La proiecție, Sharon Stone prezintă un spectacol uimitor într-o rochie roz cu volane

_ Kelsey Parker este frustrată când Max George o întreabă „cum se descurcă”


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9 Pag.10 Pag.11 Pag.12 Pag.13 Pag.14 Pag.15
Pag.16 Pag.17 Pag.18 Pag.19 Pag.20 Pag.21 Pag.22 Pag.23
Pag.24 Pag.25 Pag.26 Pag.27 Pag.28 Pag.29 Pag.30 Pag.31
Pag.32 Pag.33 Pag.34 Pag.35 Pag.36 Pag.37 Pag.38 Pag.39
Pag.40 Pag.41 Pag.42 Pag.43 Pag.44 Pag.45 Pag.46

Nr. de articole la aceasta sectiune: 2760, afisate in 46 pagini.



ieri 19:19