17:17
Comentarii Adauga Comentariu

_ Genetica cartofului dulci: o actualizare cuprinzătoare a adnotării genomului „Taizhong 6”.

_ Genetica cartofului dulci: o actualizare cuprinzătoare a Adnotarea genomului „Taizhong 6”

O echipă de cercetare a îmbunătățit substanțial adnotarea genomului cartofului dulci „Taizhong 6”, introducând o versiune mai cuprinzătoare și mai detaliată, v1.0.a2. Această actualizare utilizează 12 biblioteci de ARN de lungime completă Nanopore și 190 de biblioteci Illumina ARN-seq, rezultând identificarea a 360 de gene noi, modificarea sau adăugarea a 31.771 de modele de gene și nomenclatura genică rafinată.

Adnotarea îmbunătățită. include profiluri detaliate de expresie a miARN, beneficiind de studii funcționale ale genelor la cartof dulce și avansând analizele genomice în familia Convolvulaceae, oferind astfel o resursă critică pentru viitoarele cercetări agricole și genetice.

Cartoful dulce (Ipomoea batatas) este o cultură vitală în țările în curs de dezvoltare, furnizând nutrienți esențiali și combaterea deficienței de vitamina A în Africa ca specie hexaploidă. Prima secvență a genomului, cultivarul Taizhong 6, a folosit secvențierea Illumina, îmbunătățită ulterior cu tehnologii de secvențiere de a treia generație, ceea ce a condus la un ansamblu de genom de înaltă calitate, la scară cromozomală. Cu toate acestea, rămân provocări în realizarea de adnotări precise ale genomului din cauza limitărilor secvențierii cu citire scurtă.

Recent, progresele în secvențierea cu citire lungă, cum ar fi Oxford Nanopore Technologies, au facilitat adnotări mai precise și au permis perspective mai profunde asupra structura genelor și splicing alternativ.

Un studiu publicat în Tropical Plants la 21 martie 2024, se bazează pe acest progres folosind o conductă de adnotare rafinată care a încorporat atât seturi de date Nanopore de lungime completă, cât și seturi de ARN-seq extinse, îmbunătățind actualul adnotarea genomului pentru cartof dulce.

În acest studiu, cercetătorii au îmbunătățit adnotarea genomului I. batata la versiunea 1.0.a2, utilizând o abordare cuprinzătoare care integrează transcriptoamele de lungime completă Nanopore și datele Illumina ARN-seq în diverse stadiile de dezvoltare și țesuturile cartofului dulci.

Metoda lor a folosit BRAKER pentru predicțiile inițiale ale genelor, îmbogățite cu diverse indicii genomice, urmate de generarea de modele de consens prin EVidenceModeler (EVM). În special, adnotarea actualizată conține acum 42.751 de gene care codifică proteine, îmbunătățind modelul cu UTR-uri 3' și 5' și crescând numărul mediu de exoni pe genă.

În mod semnificativ, această revizuire a adăugat sau a modificat 31.771 de modele de gene, încorporând 8.736 de izoforme alternative de îmbinare și a introdus o nouă nomenclatură a genelor pentru o referință mai clară. Această adnotare mai detaliată ajută la studii genomice precise și susține genomica funcțională avansată la cartofii dulci.

În plus, integrarea datelor miARN și a țintelor acestora oferă noi perspective asupra reglării genelor, în special în timpul diferitelor etape de dezvoltare ale rădăcinilor de stocare, îmbunătățindu-ne. înțelegerea biologiei cartofului dulci și sprijinirea eforturilor de ameliorare direcționate. Predicțiile cuprinzătoare ale funcției genelor au fost executate folosind InterProScan și eggNOG mapper, oferind o adnotare mai bogată, crucială pentru cercetările în curs și programele de reproducere axate pe îmbunătățirea soiurilor de cartofi dulci pentru agricultura globală.

Conform cercetătorului principal al studiului, prof. Guopeng Zhu, „Studiul nostru contribuie la o adnotare actualizată a genomului pentru genomul cartofului dulci, care va facilita în mod semnificativ studiile funcționale ale genelor la cartofi dulci și va promova analizele genomice în familia Convolvulaceae.”

În general, acest cadru genomic îmbunătățit facilitează o mai mare profunzime. genomica funcțională la cartofii dulci și susține programe avansate de reproducere prin integrarea datelor detaliate despre miARN și predicții ale funcției genelor pentru a îmbunătăți trăsăturile soiului.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

După Securistoizii NeoBolșevici de la Adevărul sintagma "Pământ Stramoșesc" e "legionară". Nu vă e rușine obrazului?

Șansele lui Calin Georgescu de a câștiga alegerile prezidențiale

Călin Georgescu are dreptate: O companie din Elveția are cele mai multe nave din Europa, peste 800 de nave

_ Britanicii „cerbici” ajung în instanță cătuși în urma unei lovituri la barul de pe plajă din Mallorca „care a început când localnicii au cerut grupului să nu mai arunce gunoiul în mare și au lăsat un chelner și doi polițiști răniți”

_ Nigerianul Victor Osimhen va fi apt pentru semifinale cu Africa de Sud

_ Cât de mult au crescut prețurile caselor în cartierul DVS. din ajunul crizului financiar din 2007

_ Ford Motor a oprit livrările tuturor camionetelor electrice F-150 Lightning model 2024

_ „Sprijiniți-vă antifa locală”: bărbat din Alabama arestat într-un presupus atentat politic

_ Cer noros şi posibile ploi în cursul nopţii în Capitală

_ Dems Flip Seat la alegerile speciale pentru a înlocui dezamăgitul reprezentant al NY George Santos

_ Un pshilog explică cum să slăbim: Să antrenăm și mușchiul creierului

_ Broaștele au dinți? Răspunsul este unul surprinzător

_ VIDEO Stănescu, despre remaniere: 'Înțeleg că Veștea se va retrage'

_ Berea blondă, cea mai comandată de către români. Pofta creşte pe final de săptămână

_ Bursa de Valori Bucureşti a închis pe roșu şedinţa de miercuri

_ Massachusetts reduce cerințele de studii universitare pentru 90% din locurile de muncă din stat

_ Întrebări și răspunsuri: Cum să găsești o nouă stea pe cale să apară pe cerul nopții

_ South Africa's election turns into referendum on ANC's economic legacy

_ Directorul general al OMS ia în calcul convocarea unui comitet de urgenţă privind mpox

_ Guvernul se pregătește de luptă în cazul Pfizer - Grup de 15 juriști care va gestiona litigiile

_ Sorana Cîrstea s-a calificat în turul al treilea la Miami

_ Prahova: Fostul director al Conpet Liviu Ilaşi a trecut la PSD, după ce a fost peste 20 de ani în PNL

_ Înmatriculările noi de vehicule rutiere, în creştere în al doilea trimestru din 2024

_ Probleme cu ChatGPT: răspunsuri fără sens şi confuzie

_ Atletico Madrid nu a reuşit decât o remiză la Almeria. Diego Simeone: Nu am fost eficienţi

_ 'Va fi tot mai greu de trăit'. Economiștii nu cred în promisiunile guvernanților și îi avertizează pe români - Chinurile care ne așteaptă după alegeri

_ Marcel Ciolacu a discutat cu Donald Trump la telefon

_ Negocieri puternice: Osetia de Sud, regiune separatistă a Georgiei, discută cu Moscova posibila includere în Rusia

_ Măcel pe burse şi piaţa crypto. Pieţele globale au fost zguduite de perspectiva unei recesiuni în SUA. Bucureştiul deschide în scădere abruptă. Japonia cea mai slabă şedinţă din 1987 încoace. Wall Street, pe roşu aprins

_ Ce răspuns a primit de la polițiști deputatul AUR care l-a dat dispărut pe Klaus Iohannis

_ Sleeping bags at the ready... MPs and peers dig in for late-night showdown on Rwanda Bill with snacks laid on - as Rishi warns Parliament must keep sitting until crucial legislation passes

_ Muncii se pregătesc să renunțe la O ALĂ angajament-cheie asupra economiei, deoarece promisiunea de a transforma Marea Britanie în economia cu cea mai rapidă creștere din G7 este retrogradată

_ Viitoarele se prăbușesc de câștiguri dezamăgitoare ale JPM, riscuri geopolitice în creștere

_ INS: Numărul de turişti în primul semestru al anului, în creştere

_ Obișnuiam să beau până la 12 cocktail-uri într-o seară - apoi am început să iau Ozempic și m-am oprit!

_ SUA au atacat depozite subterane ale rebelilor houthi în Yemen

_ Fermierii sunt furioși după ce RSPCA lansează un rebrand cu un videoclip bizar

_ Urmăriți: Stephen A. Smith �l lansează pe OJ Simpson �n direct după vestea morții sale � �The Lord will Deal with Him�

_ „Supermembrele” robotizate ar putea ajuta moonwalkers să-și revină după cădere

_ Peste 40 de milioane de ţigarete de contrabandă confiscate în 6 luni; piaţa neagră depăşeşte 10%

_ Noile căşti de realitate augmentată de la Apple, revândute la 5.000 de dolari pe pieţe din afara SUA

_ Iureș în SUA! Donald Trump plonjează într-un nou scandal: fostul președinte, acuzat de 'rasism'

_ Aș vrea să fii aici? Turiștii au ajuns pe plajele din Benidorm în timpul caniculei ciudate de iarnă, în timp ce țara se bucură de temperaturi înăbușitoare de 30 de grade Celsius

_ Sute de blocuri din Capitală rămân fără apă caldă din cauza unor lucrări

_ Guvernul SUA anchetează compania sud-coreeană acuzată că a vândut instrumente americane unor entități chineze

_ Numărul cuplurilor chineze care se căsătoresc este la cel mai scăzut nivel din ultimii 12 ani

_ Cancelaria Sfântului Sinod intră tare după speculații: Vasile Bănescu rămâne purtător de cuvânt al BOR

_ Australianul Jai Hindley va concura şi în 2025 pentru Bora-Hansgrohe

_ Stănescu, despre Ciucă: E în campanie. Sigur că nu ne-a căzut bine

_ Stănescu: Ciolacu e soluţia PSD. Are o inteligenţă peste medie şi e structurat ca un om bun

_ FBI lansează o anchetă penală asupra prăbușirii podului din Baltimore

_ Ciucă vrea modificarea legilor Apărării înainte de alegeri

_ RUPTĂ: Joe Biden spune că Statele Unite �intenționează� să renunțe la acuzațiile �mpotriva lui Julian Assange (VIDEO)

_ Au început Jocurile Olimpice - Fotbalul şi rugbyul dau startul înainte de ceremonia de deschidere

_ Victorie de referință pentru Texas AG Ken Paxton, �n timp ce tribunalul respinge proiectul de lege neconstituțional pentru cheltuielile de 1,7 trilioane de dolari a lui Biden

_ Băncile centrale cumpără Gold Top

_ Începe procedura de licitaţie pentru construcţia unui nou lot al autostrăzii Craiova - Filiaşi

_ CTP: Anularea alegerilor ar fi o catastrofă și mai mare decât procentajul lui Călin Georgescu

_ Regele Salman al Arabiei Saudite a fost internat pentru 'analize medicale de rutină'

_ USR: „Marea restructurare” a aparatului bugetar înseamnă peste 35.000 de salariaţi în plus la stat


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5

Nr. de articole la aceasta sectiune: 260, afisate in 5 pagini.