14:59
Comentarii Adauga Comentariu

_ Îmbunătățirea acurateței cuantificării moleculare în secvențierea cu randament ridicat

_ Îmbunătățirea acurateței cuantificării moleculare în secvențiere cu randament ridicat

O echipă de la NDORMS a dezvoltat o nouă abordare pentru a îmbunătăți semnificativ acuratețea secvențierii ARN. Ei au identificat sursa principală de cuantificare inexactă atât în ​​secvențierea ARN-ului cu citire scurtă, cât și în cea lungă și au introdus conceptul de corectare a erorilor „vot majoritar” care duce la o îmbunătățire substanțială a numărării moleculare a ARN.

Secvențierea precisă. de material genetic este crucial în biologia modernă, în special pentru înțelegerea și abordarea bolilor legate de anomalii genetice. Cu toate acestea, metodologiile actuale se confruntă cu constrângeri substanțiale.

Într-un studiu de referință, un consorțiu internațional de cercetători, condus de Adam Cribbs, profesor asociat în biologie computațională, și Jianfeng Sun, asociat de cercetare postdoctorală la Institutul Botnar, Universitatea din Oxford, au dezvoltat o metodă inovatoare pentru a corecta erorile în amplificarea PCR - o tehnică utilizată pe scară largă în secvențierea cu randament mare.

Prin identificarea artefactelor PCR ca sursa principală de cuantificare inexacte, cercetătorii abordează o provocare de lungă durată în generarea de numărări absolute precise de molecule de ARN, care este crucială pentru diverse aplicații în cercetarea genomică. Studiul este publicat în revista Nature Methods.

Cercetătorii s-au concentrat pe identificatorii moleculari unici (UMI), care sunt secvențe aleatorii de oligonucleotide folosite pentru a elimina părtinirile introduse în timpul amplificării PCR. În timp ce UMI-urile au fost adoptate pe scară largă în metodele de secvențiere, studiul arată că erorile PCR pot submina acuratețea cuantificării moleculare, în special pe diferite platforme de secvențiere.

Jianfeng a explicat: „Amplificarea PCR, esențială pentru majoritatea tehnicilor de secvențiere a ARN-ului. , poate introduce erori, compromițând integritatea datelor. Am abordat acest lucru prin sintetizarea codurilor de bare UMI folosind blocuri de nucleotide homotrimeri, îmbunătățind corectarea erorilor și permițând cuantificarea aproape absolută a moleculei de ARN, îmbunătățind semnificativ acuratețea numărării moleculare."

Homotrimerii sunt nucleotide. secvențe constând din trei baze identice, de exemplu AAA, CCC, GGG. Evaluând asemănarea nucleotidelor homotrimeri, erorile sunt detectate și corectate printr-o metodă de „vot majoritar” (a se vedea figura de mai sus).

Studiul demonstrează că UMI-urile homotrimeri depășesc semnificativ UMI-urile monomerice tradiționale în reducerea îmbogățirii fals pozitive a pliurilor în timpul analiza genelor și transcriptelor exprimate diferențial (DEG și DET). Această îmbunătățire este vitală pentru identificarea și cuantificarea precisă a DEG-urilor sau DET-urilor, în special în abordările de secvențiere în vrac.

În plus, în secvențierea cu o singură celulă, unde este adesea necesară o amplificare extinsă PCR, UMI-urile homotrimeri s-au dovedit eficiente în atenuând efectele artefactelor PCR, îmbunătățind astfel substanțial fiabilitatea datelor de secvențiere.

„Prin construirea UMI-urilor din blocuri omogene de nucleozide, ne-am propus să îmbunătățim corectarea erorilor atât în ​​secvențierea cu citire scurtă, cât și în cea lungă, prezentând angajamentul nostru de a îmbunătăți aplicațiile tehnologiei de secvențiere”, spune profesorul asociat Adam Cribbs, autor principal al lucrării și lider de grup în biologie computațională.

Această cercetare are implicații profunde. Prin rectificarea erorilor PCR din UMI-uri, crește foarte mult acuratețea cuantificării moleculare în diferite aplicații de secvențiere. Este un instrument vital pentru cercetătorii în ARN-ul în vrac, ARN-ul unicelular și secvențierea ADN-ului, permițând expresia genică și analize precise ale profilului molecular.

Corectarea îmbunătățită a erorilor UMI nu numai că reduce incidența fals-pozitivelor, dar oferă și aplicații multiple de diagnosticare, în special în scenariile care necesită analiza longitudinală a probelor.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

Elon Musk: "România deserves its own sovereignty!" "România își merită propria sa Suveranitate!"

Progresista UE în degringoladă după ce JD Vance le-a arătat cu PROBE cum iși bat joc de democrație. Cine va participa la întâlnirea Sorosista de la Paris.

Fluierul Ro face un apel disperat către oamenii Sistemului care conduc România să nu repete greșelile Statului Român din anii 1939-1940 când țara s-a destrămat

Fiasco progresist la Paris. Summitul „de urgență” al lui Macron din Ucraina de la Paris nu reușește să producă o strategie europeană unificată.

_ Ministrul francez de Externe propune sancţiuni împotriva Israelului

_ Trupele franceze și britanice schimbă gărzi pentru a marca 120 de ani de prietenie de la Antanta Cordiale

_ Descifrarea codului inundațiilor rapide: noi perspective din regiunile muntoase ale Chinei

_ Axinia: Guvernul dă ordonanţe de urgenţă pe bandă rulantă. Trăim într-o democraţie falsă

_ WAYNE ROOT: Întrebările care câștigă alegerile din 2024 pentru președintele Donald J. Trump

_ 'Zimbrii' de la CSM Știința Baia Mare, distinși de președintele CJ: 'Să fiți în continuare pe primul loc, așa cum vreau eu să pun Baia Mare pe primul loc!'

_ Studenții protestează pe Hillary Clinton la summitul Colegiului Wellesley: „Sânge pe mâinile ei”

_ Libra Internet Bank a realizat un profit net de 317,2 milioane de lei în 2023

_ China spune că a efectuat exerciții militare în Marea Chinei de Sud în aceeași zi cu SUA și aliații

_ Wow! Actorul Michael Rappaport termină 180 � acum spune că NU VA vota pentru Biden și că votul pentru Trump NU este dezactivat � TREBUIE VEZI VIDEO

_ Test pentru ambiţiile spaţiale ale lui Putin - Rusia îşi va lansa marţi racheta Angara

Călin Georgescu îi cere de urgență șefului operativ al SRI, Răzvan Ionescu, (cel care a participat la anularea alegerilor cu "notele șubrede" ca să cităm din JD Vance) ori sa arate Dovezile ori să-și dea Demisia și să plece.

_ Capacul motorului Southwest Boeing 737 cade, determinând o anchetă a FAA

_ Studiul NEJM dezvăluie că medicamentul antiviral de la Pfizer, Paxlovid, face „puțin sau nimic” împotriva COVID-19 (VIDEO)

_ Secretarul Trezoreriei Biden, Janet Yellen, se laudă că relațiile cu China comunistă sunt acum pe „picior mai stabil”

_ Animalele din grădina zoologică din Dallas reacționează la eclipsa de soare (VIDEO)

_ CIA vrea ca Congresul să extindă programul de interceptări secrete pentru a „lupta împotriva crizei fentanilului”

_ Ucraina „va pierde războiul” dacă Congresul SUA reține ajutorul, avertizează Zelensky

_ Locurile de muncă din martie se înfățișează la 303.000, peste cea mai mare estimare, pe măsură ce rata șomajului scade

_ Un medicament de la AstraZeneca a avut rezultate promiţătoare în tratarea cancerului pulmonar

_ Necazurile lui Hamilton continuă la „dificiul” GP al Japoniei

_ Cadavrul unui bărbat, găsit pe un teren viran din Sectorul 1 al Capitalei

_ Anchetă a Poliţiei Caraş-Severin după un eveniment violent în care au fost implicaţi gimnaşti

_ Norvegia anunţă "o creştere istorică a cheltuielilor pentru apărare" în următorii 12 ani

_ Oficialii de pe Calea Eclipsei declară �n liniște starea de urgență

_ Rusia susține că a capturat satul din regiunea Donețk din Ucraina

_ Punctele pierdute ale lui Man Utd devin „mai scumpe”, admite Ten Hag

_ Randamentele sunt corecte pentru a presupune că piața locurilor de muncă nu a crăpat încă

_ Austria riscă să devină în mare parte „fără gheață” în 45 de ani: Clubul Alpin

_ Treizeci de zile pentru a salva UNRWA: Urmărirea șefului agenției ONU Lazzarini în cursa sa contra cronometru

_ Uniunea Africană îl felicită cu căldură pe Faye din Senegal pentru câștigarea alegerilor prezidențiale

_ Parlamentarii din San Francisco vor să permită rezidenților să dea în judecată magazinele alimentare pentru închidere

_ Martie este a zecea lună consecutivă pentru a fi cea mai fierbinte înregistrată, spun oamenii de știință

_ Brandul francez de frumusețe L'Occitane oprește tranzacționarea din Hong Kong pentru preluarea

_ Iranul aduce un omagiu gardienilor revoluționari uciși în lovitura din Siria și jură răzbunare

_ Procesul „Panama Papers” va începe la opt ani după scandalul de evaziune fiscală

_ Britanicul se pregătește să finalizeze o cursă epică în Africa

_ Șapte sirieni reținuți pentru uciderea unui politician libanez: oficial judiciar

_ „Nu putem face față”: Poliția din Scoția este inundată de rapoarte politizate privind crimele de ură

_ Metodele eDNA oferă o privire în timp real asupra sănătății recifului de corali

_ O navă de marfă masivă pierde puterea în orașul New York, lângă podul Verrazzano-Narrows

_ Ca Tatăl, Ca Fiul? O femeie îl acuză pe fiul lui Diddy, Christian ‘King’ Combs, de agresiune sexuală într-un nou proces

După Securistoizii NeoBolșevici de la Adevărul sintagma "Pământ Stramoșesc" e "legionară". Nu vă e rușine obrazului?

_ Bătălia pentru Chasov Yar a început – Trupele ruse ajung la periferia orașului Cheie Donbas – Ce am învățat din asediile lui Mariupol, Bakhmut și Avdeevka (VIDEO)

_ Agențiile de transport public ar putea avea nevoie să se adapteze la creșterea muncii la distanță, spune un nou studiu

_ Sinteza pe suprafață a carbinei: un alotrop de carbon liniar hibridizat sp

_ Pierderea zilei: Raportul arată orașele majore cu datorii

Hurezeanu, scula celor de la PNL PSD care au dat lovitura de stat, i-a cerut o întâlnire lui Richard Grenell la Munchen, dar a fost refuzat

_ Ministrul de Interne a mers la vot: Mesaj tranșant pentru români la ieșirea de la urne

_ Visul reunificării Iralandei - Costuri imense pe parcursul a 20 de ani

_ Starliner-ul Boeing este pregătit pentru prima lansare cu echipajul către Stația Spațială Internațională

_ Emil Boc: Am votat pentru un lider priceput

_ Referendum local în Capitală. Prezenţa la vot în rândul bucureştenilor

_ Acţiunile şi veniturile Nvidia au explodat după ce compania a anunţat că "inteligenţa artificială generativă au atins punctul de cotitură"

_ Scandal uriaș zguduie gimnastica masculină românească! Gimnast de lot național, supus la umilințe greu de imaginat în cantonament

_ Moment neașteptat la urne: Klaus Iohannis a refuzat categoric să discute cu presa


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9 Pag.10 Pag.11

Nr. de articole la aceasta sectiune: 613, afisate in 11 pagini.