06:01
Comentarii Adauga Comentariu

_ Instrumentul statistic constată „lacunele” în seturile de date ADN nu trebuie ignorate

_ Instrumentul statistic găsește „lacune” în ADN seturile de date nu trebuie ignorate

Un simplu test statistic arată că, spre deosebire de practica curentă, „lacunele” din proteinele ADN și aliniamentele de secvență utilizate în mod obișnuit în biologia evoluționistă pot oferi informații importante despre substituțiile de nucleotide și aminoacizi. peste orar. Descoperirea ar putea fi deosebit de relevantă pentru cei care studiază speciile înrudite la distanță. Lucrarea apare în Proceedings of the National Academy of Sciences.

Biologii care studiază evoluția fac acest lucru uitându-se la modul în care secvențele de ADN și proteine ​​se schimbă în timp. Aceste modificări pot fi modificări ale lungimii secvenței — când anumite nucleotide sunt șterse sau adăugate în anumite poziții — sau substituții, în care un tip de nucleotide este schimbat cu un alt tip la un anumit punct.

„Gândiți-vă la secvența ADN. și evoluția sa ca o propoziție copiată de diferiți oameni de-a lungul timpului”, spune Jeff Thorne, profesor de științe biologice și statistică la NC State și un co-autor corespondent al cercetării. „De-a lungul timpului, o literă dintr-un cuvânt se va schimba – aceasta este o înlocuire. Omiterea sau adăugarea de litere sau cuvinte corespund ștergerii sau inserărilor.”

Primul pas pe care îl fac analiștii de obicei atunci când se uită la modificările evolutive ale ADN-ului este pentru a construi o aliniere a secvenței. Aceasta înseamnă să descoperi cum toate secvențele corespund între ele și apoi să aliniezi acele poziții corespunzătoare în coloane pentru comparație. Cu toate acestea, datorită substituțiilor, inserțiilor și delețiilor, tipurile de nucleotide din coloane pot varia între secvențe sau pot lipsi cu totul. Atunci când o secvență nu are o nucleotidă corespunzătoare, un spațiu este plasat în coloana de aliniere pentru acea secvență.

„În mod convențional, atunci când se utilizează alinieri ale secvenței pentru a face analize, golurile din coloanele de aliniere sunt tratate ca date lipsă. care nu oferă informații despre înlocuiri”, spune Thorne. „Din punct de vedere istoric, comunitatea de cercetare a presupus că locațiile golurilor sunt independente de procesul de înlocuire. Dar ce se întâmplă dacă această ipoteză este incorectă?”

Thorne și colegii săi au creat un test statistic simplu pentru a evalua dacă locațiile golurilor sunt independente. a procesului de înlocuire a aminoacizilor. Ei au testat 1390 de seturi diferite de alinieri de secvențe și au descoperit că în aproximativ două treimi din seturi, ipoteza obișnuită a independenței dintre locațiile golurilor și înlocuirea aminoacizilor a fost respinsă.

„O posibilitate este ca locațiile golurilor. oferă informații utile despre procesul de înlocuire a aminoacizilor”, spune Thorne. „Dacă da, biologii evoluționari ar trebui să dezvolte tehnici mai bune pentru extragerea acestor informații.”

Cercetarea a ilustrat, de asemenea, modul în care abordarea obișnuită de a construi o aliniere a secvenței și apoi de a baza concluziile evolutive pe acea aliniere optimă unică poate fi problematică. Ce se întâmplă dacă alinierea este greșită? Și mai rău, ce se întâmplă dacă alinierea este părtinitoare?

De exemplu, dacă substituțiile apar mai des decât golurile, atunci cercetătorii tind să aleagă în mod repetat substituțiile în locul golurilor atunci când construiesc alinierea secvenței, iar alinierea rezultată poate conține prea puține. lacune în general. Și, în timp ce acele mici erori de aliniere între specii strâns înrudite nu vor afecta, cel mai probabil, rezultatele, în timp - și în special în comparațiile între diverse specii - această părtinire poate crea erori care ar putea afecta analizele ulterioare.

„Uneori, noastre. cele mai bune presupuneri sunt părtinitoare”, spune Tae-Kun Seo, cercetător principal la Institutul de Cercetare Polară din Coreea și coautorul corespondent al cercetării. „Nu există o soluție simplă, dar sperăm că acest studiu ne va ajuta să fim atenți la potențialele capcane. Trebuie să fim conștienți de problemele cu metodele statistice convenționale și să lucrăm pentru a le remedia.”

Ben Redelings, om de știință. la Universitatea Duke și la Universitatea din Kansas, au contribuit și ele la lucrare.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Duoul de pescuit a dezbrăcat titlul turneului, captura lor de pescuit a fost umplută cu greutăți de plumb

_ Căutarea de 18 zile a lui Paris Hilton pentru chihuahua-ul ei se încheie, deoarece experții cred că a fost smuls de un coiot

_ Eva Longoria și Monica Bellucci conduc vedetele la prezentarea lui Elie Saab la Paris Fashion Week.

_ North West le transmite pe Kim Kardashian și Kanye West în timp ce poartă mască de față din piele integrală la Paris

_ AUR va protesta pană la miezul nopții

_ Coco Rocha intoarce capetele într-o rochie aurie cu coapsă la spectacolul Vivienne Westwood din timpul PFW

_ Alegeri prezidenţiale in Brazilia | Cei doi candidați se întrec în marșuri electorale

_ Ce ne pot învăța oasele reptilelor despre trecutul periculos al Pământului

_ Accidentul înfiorător al lui Jarrod Bowen în timpul victoriei lui West Ham împotriva Wolves îi lasă pe fani să se zvârcolească

_ Răcirea îmbunătățită a mantalei în timpul debutului înregistrărilor neoproterozoice târzii ale tectonicii moderne a plăcilor

_ Cercetările relevă funcții de presiune cantitative și de înaltă rezoluție ale materialului sensibil la presiune

_ Harry Redknapp îl apără pe „apărătorul potrivit” Harry Maguire în timpul sezonului său de coșmar la Man United

_ NASA preconizează noiembrie pentru încercarea de lansare a rachetei Moon

_ Studiul arată modificări comportamentale, fiziologice la furnicile perturbate de dezvoltare, extinderea urbană

_ Antony de la Man United locuiește în conacul de 3 milioane de lire sterline al lui Paul Pogba, cu scări de diamant și masă de biliard personalizată

_ Revenirea lui Man United sub Erik ten Hag este „mulțumită grupului său de conducere format din patru”

_ Elon Musk răspunde la afirmația lui Kamala Harris conform căreia banii pentru ajutorul uraganului ar trebui să meargă mai �nt�i către �Comunitățile de culoare�

_ Jennifer Lopez și soțul Ben Affleck verifică renovarea elegantului ei suport Bel-Air de 28 de milioane de dolari

_ Vopsea roșie pe treptele catedralei ortodoxe ruse din New York

_ Jose Mourinho se filmează urmărind victoria Romei împotriva Inter Milano în autobuzul echipei după ce a executat o interdicție

_ Poți ghici ce vedete urmează pe urmele (extrem de confortabile) ale Camillei?

_ Joe Joyce îl cheamă pe Anthony Joshua pentru o luptă pe 17 decembrie dacă confruntarea lui Tyson Fury se prăbușește

_ Deputații rebeli susțin complotul lui Rishi Sunak și votul bugetului renunțat la sosirea premierului Liz Truss la conferința Tory

_ EMILY PRESCOTT: Copilul numărul doi pe drum pentru fostul cancelar George Osborne și Thea Rogers

_ Venezuela şi Statele Unite efectuează primul schimb de prizonieri din mandatul lui Biden. Şapte cetăţeni americani au fost repatriaţi

_ Accidentul înfiorător al lui Jarrod Bowen în timpul victoriei lui West Ham împotriva Wolves îi lasă pe fani să se zvârcolească

_ DOMINIC KING: Forma cumplită a lui Trent Alexander-Arnold reflectă această echipă actuală Liverpool

_ Fury as eco zealot, 21, turns o găleată de FAECES pe un memorial al căpitanului Sir Tom Moore

_ Cercetătorii dezvăluie misterul din interiorul bateriilor cu oxigen litiu

_ Majoritatea utilizatorilor de Twitter nu urmăresc elitele politice, sugerează cercetătorii

_ Descoperirea de noi specii microscopice extinde arborele vieții

_ Învățarea automată poate permite bioingineria celei mai abundente enzime de pe planetă

_ Mbappe de pe bancă pentru a conduce PSG către victorie

_ Mini-bugetul lui Kwasi Kwarteng ar putea costa 25 de miliarde de lire sterline - aproape jumătate din prognoza guvernului

_ Harry Redknapp îl apără pe „apărătorul potrivit” Harry Maguire în timpul sezonului său de coșmar la Man United

_ NFL și NFLPA lucrează pentru a aduce modificări protocoalelor de comoție după ce Tua Tagovailoa a fost lovită

_ Mărgele de sticlă din solul lunar dezvăluie bombardamente antice de asteroizi pe Lună și Pământ

_ Wilfried Zaha îl mușcă pe Reece James după ce fundașul lui Chelsea a sugerat că îl are „în blocat”

_ Antony de la Man United locuiește în conacul de 3 milioane de lire sterline al lui Paul Pogba, cu scări de diamant și masă de biliard personalizată

_ NBA: Unde a mers prost pentru „Big Three” de la Brooklyn Nets?

_ Numărul morților în urma uraganului Ian a crescut la 77, inclusiv cupluri în vârstă care și-au pierdut alimentarea cu mașinile de oxigen

_ Mama australiană dezvăluie cum a câștigat 25 de milioane de dolari în cinci ani urmând trei secrete pentru succes

_ Bryson DeChambeau ratează titlul Campionatului Mondial Long Drive cu o bombă de 406 yarzi

_ Luptătorul japonez devenit politician Antonio Inoki a murit la vârsta de 79 de ani

_ Julianne Hough este personajul chicului parizian într-o rochie mini neagră voluptoasă în timpul Săptămânii Modei

_ Jordan Barrett poartă un costum din trei piese în timp ce pozează cu Georgia May Jagger la Săptămâna Modei de la Paris

_ EMILY PRESCOTT: Cara Delevingne se află pe o avere de 42 de milioane de lire sterline, inclusiv Cara & Co și Hot Mess

_ Statele Unite salută succesul "semnificativ" al Ucrainei în cucerirea oraşului strategic Liman

_ Stânga laburistă furioasă când Keir Starmer îi aduce înapoi pe principalii blairi, inclusiv pe fostul scriitor al discursului premierului

_ Jude Bellingham va fi căpitanul lui Borussia Dortmund împotriva lui FC Koln la doar 19 ani

_ Molly Rainford se află în fruntea clasamentului, în timp ce Fleur east se prăbușește în urma performanței emoționale

_ Fosta fată de vreme Sunrise, Samantha Brett, dezvăluie succesul imens al mărcii Naked Sundays

_ Captura de fosile de pește din China include cei mai vechi dinți vreodată

_ O lovitură de kung-fu i-a condus pe cercetători la cele mai vechi fosile complete de pești din lume. Iată ce au găsit

_ Fanii Yankees scandează „a**ole” la aruncătorul lui Orioles Spenser Watkins pentru că l-a plimbat pe Aaron Judge

_ Student, 21 de ani, care și-a luat viața în izolare, a fost unul dintre unsprezece în doar șase ani de la Universitatea Exeter

_ Mincinos la loterie acuzat că le-a spus familiei și prietenilor că este câștigătorul unui jackpot EuroMillions de 171 de milioane de lire sterline

_ Joy Reid spune că avertismentul lui DeSantis față de potențialii jefuitori este o amenințare rasistă din partea �segregaționistului�

_ Noul „Fab Four”: portretul este un semn clar că domnia regelui Carol va fi centrată pe membrii regali seniori

_ Melissa George arată în fiecare centimetru fashionista la Hermès


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9

Nr. de articole la aceasta sectiune: 538, afisate in 9 pagini.