09:42
Comentarii Adauga Comentariu

_ Recombinarea genomică SARS-CoV-2 este neobișnuită, dar are loc în mod disproporționat în regiunea proteinei spike

_ SARS-CoV- 2 recombinarea genomică este neobișnuită, dar are loc în mod disproporționat în regiunea proteinei spike

O analiză a milioane de genomi SARS-CoV-2 constată că recombinarea virusului este neobișnuită, dar când apare, este cel mai adesea în Spike protein region, zona care permite virusului să se atașeze și să infecteze celulele gazdă.

Studiul, condus de oamenii de știință de la UC Santa Cruz, a fost publicat pe 11 august în revista Nature. Acesta detaliază un nou software creat de cercetători pentru a căuta arborele filogenetic COVID-19, o diagramă a istoriei evolutive a virusului, pentru cazuri de recombinare. Acest software este open source, permițând oficialilor din domeniul sănătății publice să îl folosească pentru a urmări cazurile de recombinare în cadrul comunităților lor.

Recombinarea are loc atunci când se hibridizează două forme distincte genetic ale virusului. Acest studiu sa concentrat pe recombinarea detectabilă, atunci când hibridizarea are ca rezultat o secvență nouă din punct de vedere genetic, și nu pe cazurile în care două secvențe se combină pentru a forma o secvență identică cu una deja existentă.

„Este cu adevărat important pentru reconstruind istoria evolutivă a virusului”, a spus Russell Corbett-Detig, autor principal al studiului și profesor asociat de inginerie biomoleculară la Școala de Inginerie Baskin. „Atunci când există recombinare, nu este un singur copac, ci mulți copaci și a putea urmări cu exactitate acest lucru este cu adevărat crucial pentru înțelegerea evoluției virusului.”

Descoperiri despre recombinare

Cercetătorii a analizat 1,6 milioane de mostre de COVID-19 și a găsit 589 de evenimente de recombinare, ceea ce indică faptul că doar aproximativ 2,7% din genomurile secvențiate rezultă din recombinare. Aceste secvențe au fost obținute din UC Santa Cruz SARS-CoV-2 Browser, un depozit de date genomice COVID-19, care este acum cea mai mare colecție de secvențe genomice ale unei singure specii asamblate vreodată, în prezent cu aproape 12 milioane de secvențe.

Deși rezultatele arată că recombinarea are loc mai frecvent în regiunea proteinei spike, încă nu se știe de ce se întâmplă acest lucru. Acest lucru ar putea fi rezultatul unei prejudecăți mecaniciste, care indică tendința naturală a tuturor coronavirusurilor de a se recombina către regiunea cu trei prime a genomului viral, care conține proteina spike, sau că selecția naturală pozitivă pentru COVID-19 favorizează. recombinante care apar în această regiune.

Deși recombinarea are loc, nu există nicio dovadă că tulpinile rezultate sunt mai probabil să fie importante din punct de vedere epidemiologic. De fapt, majoritatea variantelor recombinante dispar, la fel ca majoritatea miilor de variante mutante ale COVID-19.

Un nou software, scris în principal de profesorul asistent UC San Diego, Yatish Turakhia, în timpul formării sale postdoctorale în Corbett. -Laboratorul lui Detig, a permis operația de calcul necesară pentru analiza a milioane de genomi. Software-ul, numit Recombination Inference using Phylogenetic PLAcEmentS (RIPPLES), poate căuta eficient un arbore filogenetic masiv al genomilor COVID-19 pentru a găsi cazuri în care o nouă secvență pare a fi o combinație a două secțiuni distincte ale arborelui. Arborele filogenetic COVID-19, numit UShER, a fost creat de cercetătorii UCSC și este instrumentul principal folosit de oficialii din domeniul sănătății din întreaga lume pentru a urmări răspândirea variantelor în comunitatea lor.

Cercetătorii au descoperit că recombinarea apare cel mai adesea. pe arborele filogenetic COVID-19 sub formă de „ramuri lungi”, făcând să pară că mai multe mutații au avut loc secvenţial, ceea ce este destul de rar.

„Într-un arbore de milioane de secvenţe, găsiţi aceste lungi ramuri, care reduc posibilele cazuri de recombinare detectabilă la doar aproximativ 10 de mii de ramuri", a spus Turakhia. „Aceste ramuri lungi fac recombinarea mult mai ușor de observat pe copac, ceea ce permite performanța eficientă a noului software”.

Turakhia și echipa sa urmăresc să continue să îmbunătățească viteza și performanța RIPPLES și să creeze instrumente vizuale care să-l facă mai accesibil pentru un public mai larg.

Utilizare pentru sănătatea publică

Cunoașterea când are loc recombinarea este crucială pentru înțelegerea descendenței evolutive a unei secvențe a virusului. Recombinarea poate complica procesul de urmărire a arborelui filogenetic al unei anumite secvențe, deoarece materialul său genetic este rezultatul a două zone ale arborelui genealogic general al COVID-19.

Acest lucru poate ajuta oficialii publici să înțeleagă când un descendența COVID-19 care pare a fi nouă este cu adevărat o mutație independentă introdusă pentru prima dată, sau mai degrabă doar o combinație a două descendențe care existau deja în comunitate. Înțelegerea momentului în care are loc recombinarea este, de asemenea, importantă din perspectiva sănătății publice, deoarece poate face virusul mai capabil să evite imunitatea.

În plus, disponibilitatea și ușurința de utilizare a software-ului RIPPLES au implicații pozitive pentru experții în genomică și pentru public. oficialii din domeniul sănătății deopotrivă, care pot căuta eficient un set de probe genomice COVID-19 pentru recombinare în doar câteva minute.

Acest lucru reflectă o temă mai mare a lucrării de traducere scalabilă a datelor genomice a patogenilor la laboratorul Corbett-Detig și Institutul de Genomică UCSC. Cercetătorii se concentrează pe crearea de instrumente care să permită oficialilor din domeniul sănătății publice să automatizeze și să traducă întrebările pe care doresc să le pună și să primească răspunsuri care sunt ușor de acționat și de încredere.

„O mare parte a succesului nostru. munca a fost că software-ul este extrem de accesibil și ieftin din punct de vedere computațional în marea schemă a lucrurilor”, a spus Corbett-Detig. „Oricine ar putea să-și ia o sută de noi secvențe de genom SARS-CoV-2 și să-și dea seama dacă au existat mostre potențial recombinate în doar câteva minute pe un laptop de bază. Sănătatea publică globală trebuie democratizată, până la punctul în care oricine o poate face, chiar dacă nu sunt un laborator foarte bogat cu servere gigantice.”


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Fanii hardcore ai Penrith Panthers împachetează o sesiune de antrenament deschisă înainte de marea finală a NRL din 2022

_ Fostii lui Kyly Clarke, James Courtney și Tegan Woodford, s-au fugit

_ Oamenii de știință găsesc noi indicatori ai dezghețului permafrostului din Alaska

_ EPHRAIM HARDCASTLE: Momente emoționante ale înmormântării Reginei pe care nu le vei mai vedea niciodată

_ Ashley Roberts captează atenția într-un jumper neon și o fustă aqua, când pleacă de la serviciu la Heart FM

_ Jude Bellingham se împușcă în timp ce Ben White dă jos ordinea - cine se alătură lui Harry Kane în Qatar?

_ Organizația de caritate trans Mermaids se confruntă cu o anchetă a unui câine de pază din cauza lianților pentru aplatizarea pieptului copiilor

_ Dmitri Medvedev avertizează Occidentul că ameninţarea nucleară 'nu este cacealma'

_ Mamele dezvăluie că poartă deja pulovere și halate acasă pentru a evita facturile la încălzire

_ Prognoză specială pentru București: vânt și ploi marți seara

_ Jennifer Lopez este vizitată de copilul Emme și de soțul Ben Affleck pe platoul noului ei film Atlas

_ O influență de fitness s-a trântit după ce le-a spus fanilor care vor să arate bine în fața camerei să „meargă la sală”

_ Amazon a redus prețul aparatului de masaj pentru picioare Nekteck Shiarsu la 46 USD și are 30.000 de recenzii

_ De ce ar trebui să vă verificați pastilele înainte de a pleca de la farmacie

_ Imunitatea de turmă în faţa COVID din Japonia se apropie de 90% după valul Omicron

_ DNA, 20 de ani - Crin Bologa: Direcția a avut însemnate reușite în lupta contra marii corupții dar și perioade grele; Avem dosare cu prejudicii de 4 mld. euro

_ Atenţionare ANM: Cod galben de vijelii, ploi şi grindină în 15 judeţe

_ Sindicatul îl face pe un medic de top pentru că a sugerat că medicii nu ar trebui să intre în grevă

_ Love Island Australia lansează o nouă promoție cu Sophie Monk

_ Gardianul de la Minnesota Timberwolves Anthony Edwards își cere scuze pentru videoclipul homofob în timpul NBA Media Day

_ Starul australian în ascensiune MMA, Jack Jenkins, la vârful concurentului UFC, Dana White, Alex Volkanovski, picioarele rupte

_ EVALUAREA JUCĂTORILOR: Harry Maguire are o noapte de uitat, dar Jude Bellingham strălucește la Wembley

_ NOU: Germania ar putea menține două centrale nucleare �n această iarnă pentru a preveni �ntreruperile de curent

_ Cum să-ți repari creditul ipotecar pe fondul haosului ratelor

_ Un tânăr de 19 ani a murit după ce s-a răsturnat cu maşina într-un pârâu, în Caraș-Severin

_ DOMINIC KING: Trent Alexander-Arnold va fi rănit după ultima omisiune din Anglia

_ Indiciile lingvistice ar putea fi cheia pentru expunerea știrilor false

_ În Haiti s-a declanşat o catastrofă umanitară, atrage atenția ONU. 2.000 de tone de ajutoare alimentare au fost distruse

_ Kanye West se reunește cu fosta Irina Shayk la aftershow Burberry pentru Săptămâna Modei de la Londra

_ Marea Britanie introduce treptat noi monede, bancnote, timbre, dar şi un nou cifru regal

_ Modelele poartă ținute FOARTE îndrăznețe când ies pe podiumul Săptămânii Modei de la Paris

_ Mitchell Moses o aduce pe fiica acasă după ce a sărit peste naștere pentru a o ghida pe Parramatta în marea finală

_ US Undersecretary of State Fernandez to attend ITU conference in Romania

_ Rusia nu va trimite filme la premiile Oscar

_ Susannah Constantine își amintește că prințesa Margaret dansa pe reggae și a lăsat-o să stea la Palat

_ Morgan Stanley, previziune sumbră: creșterea dolarului ar putea genera o criză financiară sau economică

_ O cunoscută alpinistă americană, dată dispărută în Himalaya

_ Lottie Tomlinson spune că alăptarea adorabilului ei băiețel Lucky este „cea mai specială experiență”

_ Klaus Iohannis a dat ordine Parlamentului, de la bilanțul DNA: Ăsta trebuie să fie rezultatul dezbaterilor pe legile justiției

_ Universitatea Bucureşti, despre acuzaţiile de plagiat aduse lui Sorin Cîmpeanu: „E necesară o analiză serioasă”

_ Moment uimitor nava spațială DART a NASA se izbește de asteroid

_ Botoxul „ar putea alunga blues-ul”

_ Ministerul Sănătăţii: 1.862 de cazuri noi de COVID-19, înregistrate în ultimele 24 de ore - Au fost raportate 11 decese

_ William și Kate vor face prima lor vizită în Țara Galilor în calitate de noi prinț și prințes

_ Irina Shayk și Bella Hadid arată nervoși la petrecerea de după podiumul Burberry în timpul Săptămânii Modei de la Londra

_ Aceste stiluri de viață proaste duc la 400 de cazuri de cancer prevenibile pe zi

_ The Voice: Camila Cabello înscrie cântărețul cu patru scaune Andrew Igbokidi în timp ce noul antrenor formează o echipă puternică

_ Sondajul arată că Muncii este în frunte cu 17 PUNCTE, în timp ce Keir Starmer ține un discurs cheie la conferință

_ Aliatul lui Putin avertizează că amenințarea nucleară „cu siguranță nu este o cacealma” pe fondul temerilor de anexare în DAYS

_ O fostă anorexică povestește cum a ajuns să-și iubească corpul după ce și-a identificat factorii declanșatori

_ Nouă din zece maşini vândute în 2035 vor fi electrice, iar piaţa de staţii de încărcare va exploda

_ Germania pierde unul din cei 5 ghețari ai săi din cauza verii fierbinți

_ SUA amenință direct Rusia: ce măsuri se vor lua, dacă Moscova va anexa teritoriile din Ucraina

_ Regina Margrethe a Danemarcei a plecat după ce a fost testată pozitiv pentru Covid-19 săptămâna trecută

_ CORONATION STREET SPOILER: Stephen Reid ARDE lucrurile lui Leo Thompkins după ce l-a ucis

_ Putin ar putea anunţa vineri anexarea teritoriilor ocupate

_ Kim Kardashian orbește într-un sutien strălucitor și un choker asortat de la Dolce & Gabbana

_ Harry Redknapp își amintește că a izbucnit în lacrimi când s-a reunit cu soția Sandra

_ El Clasico dintre Real Madrid şi FC Barcelona va avea loc la 16 octombrie

_ Cum să renunți la fumat: De ce îți poți renunța la obiceiul de 40 pe zi


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9 Pag.10 Pag.11 Pag.12 Pag.13 Pag.14 Pag.15
Pag.16 Pag.17 Pag.18 Pag.19 Pag.20 Pag.21 Pag.22 Pag.23
Pag.24 Pag.25 Pag.26 Pag.27 Pag.28 Pag.29 Pag.30 Pag.31
Pag.32 Pag.33 Pag.34 Pag.35 Pag.36

Nr. de articole la aceasta sectiune: 2146, afisate in 36 pagini.



ieri 18:23