16:05
Comentarii Adauga Comentariu

_ Captarea biodiversităţii din California pentru viitorul conservării

_ Capturarea biodiversităţii din California pentru viitorul conservării

Când cercetătoarea postdoctorală de la UC Santa Cruz, Merly Escalona, ​​a asamblat primul genom de referință pentru păianjenul Stephen Colbert Trapdoor, a fost șocată de dimensiunea neașteptat de mare a setului de date. Pentru un nevertebrat mic, codul genetic al acestui păianjen nativ din California era foarte fragmentat și era format din aproximativ patru miliarde de baze (patru gigabaze) – mai mare decât dimensiunea genomului uman de puțin mai mult de trei gigabaze.

Au existat. multe alte descoperiri surprinzătoare, în timp ce Escalona lucrează la asamblarea a 150 de genomi de referință de înaltă calitate, fiecare dintre ele cuprinzând o hartă detaliată a materialului genetic al unei specii, în rolul ei în echipa științifică pentru California Conservation Genomics Project (CCGP). Acest proiect își propune să creeze un set cuprinzător de date genomice reprezentativ pentru biodiversitatea statului, așa cum este subliniat într-o lucrare recentă din Journal of Heredity.

CCGP, lansat în 2019, este condus de directorul Brad Shaffer la UC Los Angeles și implică cercetători de la Universitatea din California, universitățile de stat din California și oficiali ai agențiilor de reglementare statale și federale și organizațiilor neguvernamentale. Conducerea a lucrat constant cu oficialii de stat pentru a se asigura că rezultatele pot fi o resursă neprețuită și de durată pentru modelarea politicii de conservare.

„Generăm date de foarte înaltă calitate care vor fi o resursă de durată pentru acest proiect. și va forma o fundație pentru viitoare acțiuni de conservare”, a spus Shaffer.

Colaborarea pentru conservare

Escalona este doar unul dintre cei 15 cercetători de la UCSC care lucrează la proiect. Ea face parte din echipa de conducere alături de profesori precum profesor de ecologie și biologie evoluționară Beth Shapiro, care face parte atât din Comitetul executiv științific, cât și din Comitetul tehnic pentru proiect, și profesor asistent de inginerie biomoleculară la Școala de Inginerie Baskin Russell Corbett Detig. , care este conducătorul de bioinformatică al proiectului. Ambii cercetători sunt, de asemenea, în echipa de conducere a Institutului de Genomică UCSC.

Proiectul este primul de acest gen în ceea ce privește scara în domeniul genomicii conservării. Cercetătorii studiază o serie de specii pentru a-și face o idee despre biodiversitatea genetică care există în întregul stat, de la leii de munte și cerbii pe care îi vânează în mijlocul sequoiașilor până la ierburi care se leagănă în bazinele de maree de-a lungul coastei.


p> „Nordul până la sudul Californiei cuprinde tot felul de diversitate ecosistemică într-un mod unic pentru stat”, a spus Shapiro. „Nu există multe organisme guvernate învecinate care să cuprindă atâta diversitate ecologică. Aceasta este într-adevăr o oportunitate de a surprinde modul în care diversitatea ecologică este împărțită în atât de multe ecosisteme diferite.”

Această lucrare a fost prezentată cu provocări semnificative de către creșterea dezastrelor naturale care au afectat lumea în ultimii ani. Incendiile și secetele din stat provocate de schimbările climatice au îngreunat accesul la unele mostre de plante necesare adunării datelor genomice. Pandemia a încetinit activitatea de laborator și de teren și a extins perioada de timp a CCGP de la trei la patru ani.

În ciuda acestor eșecuri, CCGP continuă cu faza de colectare a datelor, care include atât genomuri de referință, cât și resecvențierea multor indivizi. a fiecărei specii. Faza genomului de referință a proiectului se apropie de finalizare, cu aproape toate țesuturile în mână, majoritatea în conductele de achiziție și analiză de date, aproape o treime complet asamblate și aproximativ un sfert deja disponibil în biblioteca open source a Centrului Național pentru Informații Biotehnologice. date genomice. Procesul de resecvențiere, care generează date de la mai mult de 100 de indivizi din fiecare specie studiată, este acum în curs de desfășurare și trece la viteză mare.

Genomii de referință ale lui Escalona vor servi ca punct de comparație pentru a studia diversitatea genetică în cadrul unei specii. În plus, CCGP va resecvența 100-150 de genomi suplimentari pentru fiecare specie, pe care le vor studia prin comparație cu genomul de referință de înaltă calitate. Prin cartografierea variațiilor care apar în acești genomi, cercetătorii vor descoperi cât de multă diversitate genetică există în fiecare specie și modul în care această diversitate este distribuită geografic în întregul stat.

Aceste informații vor fi folosite pentru a identifica habitatele naturale care ar trebui să fie să fie prioritizate pentru protecție și să creeze un instantaneu în timp al biodiversității genomice din statul așa cum există acum, un punct de referință important, deoarece lumea naturală este afectată de schimbările climatice.

În generarea atât a genomilor de referință, cât și a genomului resecvențiat. genomi, proiectul CCGP este considerabil mai mare ca scară decât alte proiecte în genomica conservării. Seturi de date de această dimensiune sunt puține văzute în afara genomicii umane, unde finanțarea biomedicală poate susține proiecte atât de intensive din punct de vedere computațional. În cele din urmă, între genomi de referință și resecvențiere, vor fi secvențiați aproximativ 22.000 de genomi, o performanță care vorbește atât despre progresele recente în tehnologia genomice, cât și despre devotamentul cercetătorilor implicați.

Contribuții UC Santa Cruz

p>

Investigatorii principali vor folosi datele genomice pentru a studia fiecare specie individuală din proiect pentru a înțelege aceste creaturi, dintre care multe sunt unice în California. De exemplu, profesor adjunct adjunct de ecologie și biologie evolutivă Rachel Meyers conduce cercetările asupra ierburilor de bazine vernale pe cale de dispariție, în timp ce profesorul asociat de inginerie biomoleculară Christopher Vollmers studiază în mod adecvat melcii de banane.

Dar studiul acestor specii native. poate deschide mai multe întrebări decât răspunde. În timp ce Escalona lucrează în Laboratorul de Paleogenomică UCSC, condus de profesorii Shapiro și Richard (Ed) Green, ea spune că este în mod constant surprinsă de misterele genomice care există în natura Californiei, cum ar fi dimensiunea uriașă a genomului păianjenului cu trapă sau cât de ușor. a fost pentru a asambla genomul ursului negru.

„Îți cam uluită mintea cât de diferit pot fi [genomul speciilor], chiar și speciile strâns înrudite”, a spus Escalona. „A avea acești genomi de referință este o mare resursă pe care o putem oferi comunității.”

Compararea distribuției geografice a biodiversității în stat va fi posibilă prin analiza și prelucrarea datelor bioinformatice preluate de către Corbett-Detig, precum și UCSC bioinformatică postdoc Erik Enbody și data wrangler Cade Mirchandani. Grupul lui Corbett-Detig lucrează pentru a se asigura că datele din toate cele 150 de genomi resecvențializați dintr-o specie sunt standardizate și uniforme pentru a le face cât mai comparabile.

Întrucât această echipă de bioinformatică lucrează la apelarea variantelor, procesul de a compara genomul de referință cu datele resecvențiate pentru a vedea unde variază materialul genetic, dimensiunea masivă a datelor prezintă cele mai semnificative provocări, a remarcat Corbett-Detig.

„Este neobișnuit de mare”, a spus el. „În special pentru genomica de conservare, este un set vast de date cu un potențial incredibil.”

Impactul viitor

Odată ce toate datele genomice au fost colectate, asamblate și uniformizate, analizele și peisajul vor începe lucrările de genomică. Conduși de profesorul asociat UC Berkeley Ian Wang și cercetătoarea postdoctorală Anne Changers, cercetătorii vor cartografi zonele de habitat care se dovedesc a fi deosebit de vulnerabile, pentru a le proteja mai bine prin politica de conservare și pentru a identifica care populații sunt cele mai rezistente pe baza lor. variație genetică. Toate rezultatele vor fi puse la dispoziția publicului, iar echipa va lucra cu părțile interesate, inclusiv agențiile de reglementare statale și federale și organizațiile nonprofit pentru a dezvolta recomandări privind politicile de gestionare a habitatelor.

Cercetătorii speră că CCGP poate servi drept model pentru alte regiuni care ar putea dori să își asume propriile studii despre biodiversitatea genetică. California este bine poziționată pentru a conduce această sarcină datorită atât spectrului de animale sălbatice în care găzduiește, cât și eticii de mediu a oamenilor săi.

De asemenea, doresc ca această cercetare să fie o trambulină pentru un efort susținut de înțelegere. biodiversitate în stat, cu mai multă muncă depusă pentru a înțelege succesul intervențiilor viitoare care vin din acest proiect. Dar, deocamdată, sunt mulțumiți de progresul înregistrat.

„Calitatea lucrării care iese este uluitoare”, a spus Shaffer. „Cu adevărat creăm o resursă care nu va fi aruncată la gunoi în următorii doi ani, când apare următoarea tehnică. Acesta este un loc grozav în care să fiu în timp ce reflectez la o carieră lungă de a face această muncă.”

(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Atmosfera Pământului poate fi sursa de apă lunară

_ Oamenii de știință găsesc noi indicatori ai dezghețului permafrostului din Alaska

_ După înfrângerile din Georgia, Trump urmărește să o înlăture pe Liz Cheney din Wyoming...

_ In six months, TAROM will introduce a sales on board programme, similar to low-cost companies

_ Comisia Europeană anunţă lansarea pe orbită a doi sateliţi Galileo care au primit numele unor copii câştigători ai unui concurs de desen

_ De ce Biden desfășoară marca MAGA împotriva republicanilor...

_ Marian Petrache: 'PNL este în moarte clinică. Ar fi două curente în partid'

_ Brennan Elliott dezvăluie că soția sa „neînfricata” Cami se luptă cu cancerul de stomac „metastatic în stadiul IV”

_ Delfinul atacă antrenorul în timpul spectacolului de la Miami Seaquarium...

_ Sir Frederick Barclay ar putea fi găsit în sfidarea instanței AZI din cauza luptei de divorț

_ Noua tehnică ar putea oferi perspective puternice asupra diferențierii celulare timpurii

_ Conte are starurile sale de la Tottenham mai mult decât pregătite pentru luptă, dar va avea nevoie de timp pentru a se echilibra

_ Dragoste la prima vedere - pentru tata! Paulina Gretzky dezvăluie că tatăl ei i-a spus să se „căsătorească” cu Dustin Johnson

_ Christina Hall este desculță lângă plajă în timp ce se alătură soțului Josh pentru o plimbare cu câinii lor

_ Luca din Love Island este trântit de telespectatori în timp ce un vânzător de pește susține că NU „bate” cu Gemma

_ Circulaţia rutieră în zona pasajului Olteniţa-Popești Leordeni se închide două nopţi pentru montarea tablierului metalic

_ Consilierul american pentru securitate naţională Jake Sullivan a discutat cu premierul israelian şi cu liderul ANP

_ David Popovici a doborât un record mondial la înot. România are doi sportivi în finalele Campionatului Mondial

_ Cercetătorii cuantifică efectele abundenței arborilor rămășiți asupra recuperării peisajului forestier

_ Lista scursă arată ce foarte strict Steven Gerrard va amenda jucătorii Aston Villa pentru acest sezon EPL

_ Părinții unei femei autiste din Louisiana au insistat că a fost decizia ei să rămână pe canapea

_ Acestea sunt cele mai bune băuturi spirtoase de cumpărat de la Dan Murphy's cu sub 35 USD

_ Francezul Corentin Moutet, descalificat la turneul ATP de la Adelaide

_ UMM CE? Rep. Ayanna Pressley din Massachusetts spune că �datoria studenților este violență politică�

_ Teatrul politic: Grupul de simulare al lui Pelosi din 6 ianuarie angajează un director de rețea TV �ntr-o �ncercare nerușinată de a transforma audierea de joi �n �Must See TV�

_ Viitorul afișajului 3D și apariția televiziunii holografice

_ James Arthur s-a reîntâlnit cu fosta sa iubită Jessica Grist la doar opt luni după despărțirea lor

_ Poliția din Durham a amendat retroactiv o femeie pentru încălcarea regulilor Covid în câteva săptămâni de „Beergate”

_ Debate to focus on use of data science in energy

_ Mamele din Michigan strâng 39.000 de dolari pentru a hrăni camionagii din convoiul din Detroit, în timp ce regimul Biden îi spune lui Justin Trudeau să alunge convoiul cu o reprimare și mai dură

_ MAG: Cum a otrăvit politica Biserica Evanghelică...

_ Un candidat sprijinit de Donald Trump a câştigat în Ohio nominalizarea republicană pentru un loc în Senat

_ Măsura luată de CFR Călători în folosul cetăţenilor ucraineni refugiaţi în România

_ Rita Ora își arată silueta de invidiat într-un bikini minuscul în timp ce se bucură de soare pe o plajă din Sydney

_ Gena descoperită în apa din Georgia o posibilă amenințare globală

_ VIDEO Violență extremă a unui angajat Glovo care lovește brutal un bătrân ce a căzut inconștient pe asfalt -Poliția îl caută pe agresor căruia i-a deschis dosar

_ Arsenal anunță că Calum Chambers a devenit al treilea jucător al Gunners care a contractat coronavirus

_ Muzician, 35 de ani, ucis într-un bungalou de 350.000 de lire sterline, era vizat de adolescenți traficanți de droguri care comercializau cocaină

_ Eric Trump dezvăluie mai multe detalii despre raidul FBI Mar-a-Lago

_ Un scandal foarte britanic: Claire Foy este prezentată ca ducesa de Argyll în primul trailer al dramei BBC

_ Prințesa Charlene și Prințul Albert participă împreună la ceremonia de deschidere a Festivalului TV de la Monte Carlo

_ Focar de poliomielita Marea Britanie: Doar o TREIE dintre adolescenții din unele părți ale Londrei au fost vaccinați

_ Boris Johnson readuce simbolul Coroanei pe paharele noastre de halbă pentru Jubileul de platină al Reginei

_ Moda: îți vei iubi...

Pe când livrare cu drone și la Poșta Română? UK. Royal Mail construiește 500 de drone pentru a transporta corespondența către comunitățile îndepărtate

_ Lacey Fletcher a fost văzută ultima dată în public cu 15 ani înainte de moartea ei, dezvăluie vecinii

_ Francia Marquez: De la servitoare la primul vicepreședinte negru al Columbiei

_ Deținută transgender Rikers, încarcerată pentru agresiune și găzduită în aripa pentru femei, deținută RAPES

_ Kendall Jenner este radiată de fericire în zilele de o ieșire obișnuită după ce a făcut-o cu farmec la petrecerea Vanity Fair

Veşti bune pentru salariaţi: Angajaţii vor avea parte de o minivacanţă de trei zile

_ Pastorul din Indiana care s-a îmbrăcat în dragc este concediat pentru că a provocat „frământări” în biserică

_ Johanna Konta este CASATORITA! Jucătorul de tenis s-a căsătorit cu producătorul de film Jackson Wade

INSTAGRAM împinge conținutul de droguri către adolescenți...

_ Semnătura creatorului Star Trek merge acolo unde niciun NFT nu a mai ajuns: ADN

_ Bărbat, 33 de ani, „înjunghie un bărbat de 20 de ani cu o pereche de foarfece și agresează alți 10”

O NOUĂ TEMBELIZARE IMPUSĂ DE PROGRESIȘTI FEMEILOR. Tendința TikTok vede femeile revendicând termenul „bimbo” și glumând despre faptul că sunt „fete anti-alege-mă”

SUA. Comitetul de informații al casei vorbește despre noile arme biologice ADN care pot viza o singură persoană

ÎNCĂ O MIZERIE PROGRESISTĂ. Film cu Călugărițe Lesbiene. Asta le-a trecut prin cap, neomarxiștilor, în încercările lor repetate de a distruge credința. Povestea adevărată din spatele filmului călugărițelor lesbiene numit „cel mai rasist film din acest an”

_ Angela Rayner, de la Labour, își arată extractorul de ultimă generație cu telecomandă

Insectele care hibernează refac mușchii la cerere


Pag.1 Pag.2

Nr. de articole la aceasta sectiune: 105, afisate in 2 pagini.