17:22
Comentarii Adauga Comentariu

_ Noua tehnică sensibilă și robustă de secvențiere a ARN-ului unicelular depășește concurența

_ Nou sensibil și robust Tehnica de secvențiere a ARN-ului unicelular depășește concurența

Apariția secvențierii ARN-ului unicelular (scRNA-seq) a revoluționat domeniile medicinei și biologiei, oferind capacitatea de a studia funcționarea interioară a mii de celule la o singura data. Dar metodele scRNA-seq sunt limitate de potențialele inexactități în determinarea compoziției celulelor și de amplificarea ineficientă a ADN-ului complementar complementar (ADNc) - un proces prin care un ADN dublu catenar care „completează” ARN-ul monocatenar este generat și replicat de milioane de ori – prin reacția de schimbare a șablonului folosită în mod obișnuit.

Recent, o echipă de cercetare din Japonia, condusă de prof. asistent Shigeyuki Shichino și prof. Kouji Matsushima de la Universitatea de Științe din Tokyo, a dezvoltat o tehnică nouă și îmbunătățită pentru scARN-seq. Noua metodă, amplificarea și secvențierea ADNc în fază solidă asistată de terminator (TAS-Seq), folosește materiale și echipamente simple pentru a furniza date scRNA-seq de mai mare precizie decât tehnologiile actuale utilizate pe scară largă.

„Noastre. tehnica, TAS-Seq, combină sensibilitatea de detectare genetică, robustețea eficienței reacției și acuratețea compoziției celulare pentru a ne permite să captăm informații celulare importante”, spune prof. asistent Shichino. Studiul a fost publicat în Communications Biology pe 27 iunie 2022. Echipa de cercetare a inclus și prof. asociat Satoshi Ueha de la Universitatea de Științe din Tokyo, prof. Taka-aki Sato de la Universitatea din Tsukuba și prof. Shinichi Hashimoto de la Universitatea de Medicină Wakayama .

TAS-Seq folosește o enzimă independentă șablon pentru amplificarea cADN numită transferază terminală (TdT). Dar TdT este greu de manevrat. Pentru a depăși această provocare, echipa de cercetare a inclus fosfatul dideoxinucleotid (ddNTP) ca „terminator” pentru reacția de amplificare a ADNc. „DdNTP spike-in, în special dideoxicitidină fosfat (ddCTP), oprește extinderea excesivă a cozii polyN de către TdT într-o manieră stocastică și reduce foarte mult dificultățile tehnice ale reacției TdT”, explică prof. asistent Shichino.

TAS-Seq folosește, de asemenea, o platformă scRNA-seq bazată pe nanowell/bead-based, care permite izolarea celulelor individuale în probele de țesut, scăzând astfel prejudecățile de eșantionare celulară și îmbunătățind acuratețea datelor despre compoziția celulelor. Echipa de cercetare a verificat apoi eficiența TAS-Seq și a comparat-o cu tehnicile actuale, utilizate pe scară largă, scRNA-seq, 10X Chromium V2 și Smart-seq2, folosind mostre de țesut pulmonar murin și uman. Ei au descoperit că TAS-Seq ar putea nu numai să detecteze mai multe gene în general, ci și să identifice gene mai variabile, în comparație cu platformele majore de scRNA-seq.

Prof. asistent Shichino spune: „Am descoperit că TAS- Seq poate depăși 10X Chromium V2 și Smart-seq2 în ceea ce privește sensibilitatea de detectare a genelor și ratele de abandon al genelor, ceea ce indică faptul că TAS-Seq ar putea fi una dintre cele mai sensibile metode de ARNc de mare debit. Putem detecta gene într-o gamă largă de nivelurile de expresie mai uniform și detectează, de asemenea, factorul de creștere și genele interleukinei mai robust.”

Un avantaj suplimentar al noii metode este că TAS-Seq este mai puțin susceptibil la efectele lotului. Datele TAS-Seq au fost, de asemenea, foarte corelate cu datele citometrice în flux de pe probele de țesut, ceea ce indică faptul că pot genera date de compoziție celulară extrem de precise.

Vorbind despre viitor, prof. asistent Shichino spune: „Avem deja finalizată dezvoltarea TAS-Seq2, o versiune îmbunătățită și optimizată pe scară largă a TAS-Seq. TAS-Seq2 are de 1,5 până la 2 ori mai multă detectare a genelor în celulele splinei de șoarece.” Echipa de cercetare a înființat, de asemenea, ImmunoGenetics, o companie de risc de la Universitatea de Știință din Tokyo, pentru a furniza servicii scRNA-seq folosind TAS-Seq și TAS-Seq2.

scRNA-seq este un instrument important pentru cercetătorii în medicină și biologie. Dezvoltarea TAS-Seq și TAS-Seq2 va duce la descoperirea de noi ținte terapeutice pentru boli și progrese în domeniul „transcriptomiei spațiale”, care se bazează, de asemenea, pe sinteza cADN-ului în fază solidă. De asemenea, va accelera dezvoltarea tehnologiei omice unicelulare, promovând astfel înțelegerea noastră a principiilor biologiei și dezvoltării și progresiei bolii.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Oamenii de știință găsesc noi indicatori ai dezghețului permafrostului din Alaska

_ Procurorul general al AZ Mark Brnovich amenință că �l va urmări penal pe secretarul de stat finanțat de Soros, Katie Hobbs, pentru trucaj �n 2022

_ Rita Ora uimește într-o rochie ciudată, în timp ce ea și iubitul Taika Waititi participă la Wimbledon

_ PSG „alătură-te lui Manchester United în cursa pentru Frenkie de Jong de la Barcelona”

_ Un bărbat gol din Florida ucide prietena și copilul și apoi împușcă șoferul mașinii în care s-a ciocnit

_ Mecanismul molecular din spatele migrației evidențiat la viermii care caută sare

_ Teaser Arsenal All or Nothing: Piers Morgan etichetează discursul pasional al lui Mikel Arteta drept „atât de ciudat”

_ Doi lemuri roșii pe cale de dispariție născuți în captivitate

_ Se dezvăluie amploarea îngrozitoare a daunelor aduse genunchiului starului Melbourne Storm Ryan Papenhuyzen

Turcia iese la atac după summitul UE la care a participat și Iohannis: 'Decizii părtinitoare, lipsite de contact cu realitatea'

_ Nadiya Bychkova a lui Strictly este radiată când sosește pentru încă o zi de repetiții în turneu


Pag.1
Nr. de articole la aceasta sectiune: 11, afisate in 1 pagina.