15:10 2024-04-09
science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu
_ Metoda de învățare automată dezvăluie locațiile cromozomilor în nucleul individual al celulei
_ Metoda de învățare automată dezvăluie locațiile cromozomilor în nucleul individual al celulei
Cercetătorii de la Școala de Informatică a Universității Carnegie Mellon au făcut un progres semnificativ în înțelegerea modului în care genomul uman este organizat în interiorul unei singure celule. Aceste cunoștințe sunt cruciale pentru analizarea modului în care structura ADN-ului influențează expresia genelor și procesele bolii.
Într-o lucrare publicată de revista Nature Methods, Ray și Stephanie Lane profesor de biologie computațională Jian Ma și fost doctor. studenții Kyle Xiong și Ruochi Zhang prezintă scGHOST, o metodă de învățare automată care detectează subcompartimente — un tip specific de caracteristică a genomului 3D din nucleul celulei — și le conectează la modelele de expresie a genelor.
În celulele umane, cromozomii sunt nu sunt aranjate liniar, ci sunt pliate în structuri 3D. Cercetătorii sunt interesați în special de subcompartimentele 3D ale genomului, deoarece dezvăluie unde se află cromozomii în interiorul nucleului.
„Unul dintre obiectivele finale ale biologiei unicelulare este acela de a elucida conexiunile dintre structura și funcția celulară într-un mare varietate de contexte biologice”, a spus Ma. „În acest caz, explorăm modul în care organizarea cromozomilor din nucleu se corelează cu expresia genelor.”
În timp ce noile tehnologii permit studiul acestor structuri la nivel de o singură celulă, calitatea slabă a datelor poate împiedica înțelegerea precisă. . scGHOST abordează această problemă utilizând învățarea automată bazată pe grafice pentru a îmbunătăți datele, facilitând identificarea și identificarea modului în care cromozomii sunt organizați spațial. scGHOST se bazează pe metoda Higashi, dezvoltată anterior de grupul de cercetare al lui Ma.
Cu capacitatea de a identifica cu precizie subcompartimentele genomului 3D, scGHOST se adaugă la gama tot mai mare de instrumente de analiză unicelulară pe care oamenii de știință le folosesc pentru a delimita peisajul molecular complex al țesuturi complexe, cum ar fi cele din creier. Ma anticipează că scGHOST ar putea deschide noi căi pentru înțelegerea reglării genelor în sănătate și boală.
Comentarii:
Adauga Comentariu