21:12
Comentarii Adauga Comentariu

_ Noua metodă combină datele pentru a realiza o hartă 3-D a activităților celulelor

_ Noua metodă combină datele pentru a realiza o hartă 3-D a activităților celulelor

La fel cum este greu de înțeles o conversație fără a cunoaște contextul acesteia, poate fi dificil pentru biologi să înțeleagă semnificația expresiei genelor fără a cunoaște mediul unei celule. Pentru a rezolva această problemă, cercetătorii de la Princeton Engineering au dezvoltat o metodă pentru a elucida mediul înconjurător al unei celule, astfel încât biologii să poată da mai multă semnificație informațiilor despre expresia genelor.

Cercetătorii, conduși de profesorul de informatică Ben Raphael, speră noul sistem va deschide ușa pentru identificarea tipurilor de celule rare și alegerea opțiunilor de tratament pentru cancer cu o nouă precizie. Raphael este autorul principal al unei lucrări care descrie metoda publicată pe 16 mai în Nature Methods.

Tehnica de bază de a lega expresia genelor cu mediul unei celule, numită transcriptomică spațială (ST), există de câțiva ani. . Oamenii de știință descompun mostrele de țesut pe o grilă la microscală și leagă fiecare punct de pe grilă cu informații despre expresia genelor. Problema este că instrumentele de calcul actuale pot analiza modele spațiale ale expresiei genelor doar în două dimensiuni. Experimentele care utilizează mai multe felii dintr-o singură probă de țesut - cum ar fi o regiune a creierului, a inimii sau a unei tumori - sunt dificil de sintetizat într-o imagine completă a tipurilor de celule din țesut.

Cercetătorii de la Princeton. metoda, numită PASTE (pentru Probabilistic Alignment of ST Experiments), integrează informații din mai multe felii prelevate din aceeași probă de țesut, oferind o vedere tridimensională a expresiei genelor într-o tumoare sau un organ în curs de dezvoltare. Atunci când acoperirea secvenței într-un experiment este limitată din cauza problemelor tehnice sau de cost, PASTE poate, de asemenea, îmbina informațiile din mai multe felii de țesut într-o singură felie de consens bidimensională cu informații mai bogate despre expresia genelor.

„Metoda noastră a fost motivată. prin observația că de multe ori biologii vor efectua mai multe experimente din același țesut”, a spus Raphael. „Acum, aceste experimente replicate nu sunt exact aceleași celule, dar provin din același țesut și, prin urmare, ar trebui să fie foarte asemănătoare.”

Tehnica echipei poate alinia mai multe felii dintr-o singură probă de țesut, clasificând celulele pe baza profilurilor lor de expresie genică, păstrând în același timp locația fizică a celulelor în țesut.

Proiectul a început în vara anului 2020, după ce Max Land, un concentrator de matematică de la Princeton's Class of 2021, a urmat cursul lui Raphael „Algoritmi în biologie computațională”. Încântat de domeniul care evoluează rapid și de oportunitatea de a îmbunătăți înțelegerea sănătății umane și a bolilor, Land l-a abordat pe Raphael pentru a se implica în cercetare și a început să lucreze la cod pentru a dezvolta ceea ce a devenit metoda PASTE. El a fost sfătuit de Raphael și de autorul principal al studiului, Ron Zeira, un fost cercetător postdoctoral la Princeton, care acum este cercetător la compania de sănătate de precizie Verily.

Lucrarea a fost punctul central al tezei de specialitate a lui Land și el a co-scris lucrarea împreună cu Zeira, Raphael și Alexander Strzalkowski, doctor în informatică. student. Acum, biolog computațional la Memorial Sloan Kettering Cancer Center din New York, Land a spus că îndrumarea lui Zeira și Raphael a fost esențială în urmărirea carierei sale de cercetare.

Echipa și-a dezvoltat metoda folosind date simulate de exprimare a genelor. dintr-un studiu de transcriptomic spațial al unei tumori de sân, în care corespondența dintre feliile de țesut a fost stabilită anterior. Ei au evaluat apoi metoda pe datele colectate din mostre ale cortexului prefrontal al creierului, care are o structură cunoscută constând din straturi de diferite tipuri de celule cu semnături unice de expresie a genelor.

Cercetătorii au aplicat, de asemenea, PASTA la datele colectate din biopsiile de cancer de piele ale a patru pacienți diferiți. O analiză anterioară a acestor date a sugerat un mozaic complex de tipuri de celule, cu un grad ridicat de celule canceroase și sănătoase amestecate. Metoda PASTE, cu toate acestea, a arătat că coerența spațială scăzută aparentă în trei dintre eșantioanele pacienților s-a datorat probabil unei acoperiri scăzute a secvenței în experimente. Noua analiză a arătat că celulele au fost grupate în grupuri mai învecinate, un scenariu mai plauzibil din punct de vedere biologic.

„După ce integrăm câteva dintre aceste felii și creștem efectiv acoperirea datelor, obținem grupări mai coerente spațial. de celule, ceea ce este mai rezonabil decât fiecare tip de celulă fiind poziționat aleatoriu în țesut”, a spus Zeira.

Până acum, cel mai mare set de date pe care echipa l-a analizat a fost un eșantion de țesut cardiac cu nouă felii, dar ei își au obiectivul pus pe experimente cu embrioni de șoarece care includ mai mult de 30 de felii. În afară de considerentele de calcul, experimentele de transcriptomică spațială la această scară rămân costisitoare pentru multe laboratoare, a spus Raphael.

Totuși, a adăugat el, „sperăm că, având un instrument precum PASTE, mai mulți cercetători vor încuraja mai mulți cercetători să efectueze experimente replicate. pentru că acum pot folosi informațiile din secțiuni suplimentare într-un mod pe care nu îl puteau face înainte.”


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

Blestemul este rupt! Rapperul Drake pune capăt seriei sale de pierderi la jocurile de noroc cu bani mari

O Nouă MIZERIE SCÂRBOASĂ PROGRESISTĂ. Noul serial animat pentru copii de la Disney Baymax! arată un bărbat transsexual cumpărând tampoane de la un supermarket

Twitter Censors Gateway Pundit Articol despre condamnarea lui Biden de către Jeff Bezos și înțelegerea lui asupra economiei de bază

_ Brooke Blurton spune că „vulnerabilitatea este forță” în timp ce ajunge pe coperta revistei Women's Health

_ Ducesa de York se întâlnește cu Nancy Dell'Olio în Italia

Ion Cristoiu: Rebeliunea Legionară sau cum s-a rupt o Coaliţie de guvernare după doar patru luni

_ Putin cere mobilizarea industrială a Rusiei: Moscova recunoaşte că nu mai are arme şi muniţie

_ Antrenorul lui Jai Opetaia recunoaște că nu a observat maxilarul rupt al luptătorului pentru NOUĂ RUDE în câștigarea titlului

_ Fostul fundaș al Barcelonei, Gabriel Milito, încearcă să lovească un antrenor al opoziției într-o încăierare aprinsă în tunel

_ Adele dezvăluie cum iubitul ei Rich Paul a împiedicat-o să fie atât de retrasă

_ Ion Cristoiu: Cumplitul dispreţ faţă de viaţa unui de om

_ RoDrift Games revine la Constanţa după 6 ani

_ Îngerul lui Charlie, Jaclyn Smith, în vârstă de 76 de ani, împărtășește secretul ei surprinzător pentru a rămâne tânără

_ Tory se angajează să construiască 40 de spitale până în 2030, în curs de revizuire din cauza preocupărilor privind „valoarea prețului banilor”

_ Războiul goleşte Ucraina: Creşte numărul vecinilor ajunşi în România

_ �ncă doi senatori ai statului AZ primesc citații de la banda din 6 ianuarie a lui Liz Cheney, după alegerile din Arizona, care s-au dovedit a fi manipulate și furate

_ Preşedintele Uzbekistanului spune că există victime în urma protestelor care au destabilizat ţara

_ Un consumator competitiv spune cum mănâncă până la 10.000 de calorii pe zi

_ Watchdog care investighează afirmațiile Prințul Charles l-a onorat pe Lord Brownlow care și-a salvat eco-satul

_ MAFS Conflictul juridic al lui Bryce Ruthven cu ARN, deoarece el cere 200.000 USD pentru „câștiguri pierdute”

_ Un fost ministru al Culturii în Ucraina, acum soldat, povesteşte ce observă cu dronele la armata ruşilor: Nu vor să se lupte, se ascund şi beau ca bureţii

_ Joe Turkel, care a avut roluri memorabile în The Shining și Blade Runner, a murit la vârsta de 94 de ani

_ Sapa asta! Dior lansează un set de instrumente pentru grădinărit, care include săpătură, greblă și scaun... cu un preț de 7.100 GBP

Strămoșii umani timpurii cu un milion de ani mai bătrâni decât se credea

_ Niemeier încheie cursa lui Watson la Wimbledon pentru a ajunge în sferturi

_ Bărbat moare după un „incident grav” pe M4 în Țara Galilor de Sud, când un alt accident grav închide autostrada

_ Kim Kardashian împărtășește instantanee sexy din culise din anunțul ei pentru costume de baie SKIMS

_ Karl și Jasmine Stefanovic se bucură de o escapadă în familie în timp ce merg cu ATV-uri cu fiica Harper, în vârstă de doi ani

_ Groenewegen pune în pace fantomele accidentului de groază din 2020 cu victoria în etapa a treia a Turului Franței

_ UIMINO: Adam Kinzinger spune că agentul serviciilor secrete care se afla în mașină cu Trump când președintele a fost acuzat că a apucat volanul „îi place să mintă”

_ Meghan King se întâlnește cu omul de afaceri Trevor Colhoun... la doar câteva luni după despărțirea de AL TREILEA soț

_ Fabio Carvalho este dezvăluit oficial ca jucător de la Liverpool

_ Viața mea în mâncare: am împlinit vârsta de 80 de ani fără să gătesc o cină de Crăciun, spune Dame Susan Hill

_ Ian Thorpe se bucură de o excursie fastuoasă la Bora Bora „la bordul iahtului de lux Arctic P al lui James Packer”

_ Val de căldură peste Bucureşti: Capitala se topeşte la 36 de grade

_ ROSIE GREEN: Ar trebui să am încredere în el sau să-l urmăresc?

_ EMILY PRESCOTT: Euan, fiul lui Tony Blair, implicat într-o dispută de planificare cu vecinul său de alături

_ Ciclist, 50 de ani, are în sfârșit încrederea să poarte pantaloni scurți

_ Starul lui Sydney Swans Luke Parker, fostul antrenor de la Collingwood Nathan Buckley povestesc amintirile lui Tony Armstrong

_ La ordinul lui Puti, cel mai bun portar de hochei pe gheaţă al Rusiei a fost arestat pentru dezertare

_ Starul MAFS Jackson Lonie amenință că îi da în judecată Kyle și Jackie O pentru că a difuzat un clip de la OnlyFans.

_ „Hărțuitorul” Taylor Swift erupe furios în timpul ședinței de judecată din NYC

_ Machine Gun Kelly poartă jachetă neagră decupată și pantaloni roz la Summerfest Music Festival

_ Fiica lui Gwyneth Paltrow și Chris Martin, Apple Martin, în vârstă de 18 ani, arată la fel de viguros ca întotdeauna în New York

_ Moment, o femeie, în vârstă de 68 de ani, a înotat cu disperare înapoi la țărm „după ce și-a pierdut un braț și un picior” în atacul rechinilor din Egipt

_ Lana Del Rey își aruncă o privire din stomac în timp ce își ia prânzul și o cafea cu gheață în Studio City

_ Adele dezvăluie reacțiile după ce a abandonat concertele din Las Vegas ia făcut-o să se simtă ca „o coajă a unei persoane”

_ Cel mai urât bărbat de pe internet: Charlotte Laws își dezvăluie lupta pentru a-l aduce pe Hunter Moore în fața justiției

_ Antrenorul personal ne împărtășește mesele delicioase pe care le pregătește zilnic pentru a-și menține fizicul tonifiat

_ Nicole Scherzinger afișează o prezentare plină de buste în timp ce merge mână în mână cu iubitul ei Thom Evans

_ Kendall Jenner se reunește cu fostul Devin Booker și pleacă într-un magazin de băuturi alcoolice din Hamptons

_ Fostul șef de Formula 1, Eddie Jordan, îi atacă pe Bernie Ecclestone și Nelson Piquet

_Jack Millar de la MAFS stârnește zvonuri că se întâlnește cu starul Love Island, Courtney Stubbs

_ Omul de bază al lui Putin spune că Occidentul vrea continuarea războiului în Ucraina: „Washingtonul nu permite ucrainenilor să vorbească despre pace”

_ Australia va interzice importurile de aur rusesc şi va oferi Ucrainei mai multe vehicule blindate

_ Insula Iubirii: Michael Owen este dornic să se întâlnească față în față cu „tipul decent” Luca Bish

_ Nicole Scherzinger pare îndrăgostită de iubitul ei, Thom Evans, în timp ce petreceau cu Jason Oppenheim

_ Martina Navratilova ratează parada campioanelor după confirmarea diagnosticului de Covid-19

_ Iubita lui Nick Kyrgios, Costeen Hatzi, este la fiecare centimetru WAG de tenis la Wimbledon

_ Rupert Murdoch și Claudia Winkleman printre invitați, când Charlotte Freud se căsătorește cu Luke Storey


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9 Pag.10 Pag.11 Pag.12 Pag.13 Pag.14 Pag.15
Pag.16 Pag.17

Nr. de articole la aceasta sectiune: 961, afisate in 17 pagini.



20:52 _ TK