19:33
Comentarii Adauga Comentariu

_ AI ajută la furnizarea celei mai complete hărți a interacțiunilor cheie pentru supraviețuirea bacteriilor

_ AI ajută la furnizarea celei mai complete hărți a interacțiunilor cheie pentru supraviețuirea bacteriilor

Cercetătorii UAB au produs cea mai completă hartă a interactomului esențial bacterian, adică modul în care proteinele se combină și interacționează pentru a îndeplini funcții esențiale pentru supraviețuirea lor. Cercetarea, publicată în jurnalul eLife, a folosit instrumentul de inteligență artificială AlphaFold pentru a prezice și modela peste 1.400 de interacțiuni. Rezultatele au dezvăluit detalii necunoscute anterior ale acestor mecanisme și oferă ținte potențiale pentru dezvoltarea de noi antibiotice.

Bacterii îndeplinesc multe funcții care sunt cheie pentru supraviețuirea lor, cum ar fi producerea energiei de care au nevoie, Replicarea ADN-ului și diviziunea celulară pentru a se reproduce, sau sinteza membranei lor celulare pentru a se proteja și a interacționa cu mediul, printre altele. Toate aceste procese implică complexe care necesită acțiunea coordonată a unui set de proteine ​​care sunt esențiale: fără ele, procesele nu au loc și bacteriile mor.

De aceea, cunoscând în detaliu cum sunt aceste procese de bază. reglementate, care proteine ​​sunt implicate și modul în care acestea interacționează este esențială pentru înțelegerea mecanismelor de creștere, reproducere și supraviețuire a bacteriilor.

Tehnicile experimentale întreprinse până acum au permis identificarea a milioane de interacțiuni între proteine ​​și mii de structuri. dintre aceste proteine, dar acestea sunt date brute care dau un număr mare de fals pozitive; interacțiuni care, în realitate, nu au nicio valoare.

Cu modelele de inteligență artificială dezvoltate recent, cum ar fi AlphaFold2, a fost posibil să se obțină structuri de proteine ​​cu o acuratețe similară metodelor experimentale și să se facă diferența între proteinele autentice- interacțiunile proteinelor și interacțiunile false (false pozitive).

Cercetătorii de la Departamentul de Biochimie și Biologie Moleculară de la Universitat Autònoma de Barcelona au folosit modelul de inteligență artificială AlphaFold2 pentru a prezice setul de interacțiuni proteină-proteină care sunt esențiale pentru supraviețuirea bacteriilor, un total de 1.402 de interacțiuni posibile care alcătuiesc cea mai completă hartă a ceea ce se numește interactom esențial bacterian.

Toate aceste interacțiuni ne extind cunoștințele despre mecanismele de acțiune de care au nevoie bacteriile. să supraviețuiască și să ne permită să identificăm care interacțiuni proteină-proteină pot fi ținte pentru dezvoltarea de noi antibiotice.

„Am obținut o hartă a interactomului esențial bacterian în care toate interacțiunile care sunt esențiale pentru bacterii. a trăi și a se înmulți sunt adunate. Am caracterizat structural aceste interacțiuni folosind noi instrumente de inteligență artificială, în special AlphaFold", explică lectorul UAB Marc Torrent, directorul cercetării. „Credem că aceste structuri sunt o referință pentru dezvoltarea de noi antibiotice, deoarece moleculele care pot inhiba aceste interacțiuni. s-ar comporta ca antibioticele cu mecanisme de acțiune neobișnuite.”

Activitatea bacteriană implică între 4.000 și 5.000 de proteine. Acest set se numește proteom bacterian, dând naștere unui interatom care ar putea avea până la 20 de milioane de interacțiuni posibile. Dar se estimează că interacțiunile care au loc la o specie, de exemplu, în bacteria Escherichia coli, sunt limitate la aproximativ 12 000. Și nu toate aceste interacțiuni sunt esențiale pentru supraviețuirea bacteriei.

< Pentru a distinge interacțiunile esențiale, cercetătorii au considerat doar acelea în care cele două proteine ​​care interacționează pentru a forma complexul sunt prezente în cel puțin două specii bacteriene diferite. Cu aceste filtre și cu ajutorul modelului de inteligență artificială AlphaFold2, cercetătorii au obținut un set de 1.402 de interacțiuni proteine-proteine ​​esențiale.

Pentru a testa fiabilitatea AlphaFold2, echipa de cercetare a comparat predicțiile sale cu 140 de interacțiuni proteină-proteină care au fost obținute experimental în prealabil. Rezultatul a fost o putere predictivă pe care autorii o descriu drept excelentă, deoarece 113 dintre aceste interacțiuni experimentale (81%) au fost prezise de AI foarte precis.

Cercetătorii cred că multe dintre complexele de interacțiune proteină-proteină. care pot fi găsite în bazele de date experimentale ar putea fi fals pozitive.

Cercetătorii evidențiază descoperirea, folosind această metodă, a unui set de interacțiuni protein-proteină necunoscute anterior care acționează în nouă procese esențiale: biosinteza acizilor grași în membrana celulară, sinteza lipopolizaharidelor în membrana exterioară, transportul lipidelor, transportul proteinelor și lipoproteinelor în membrana externă, diviziunea celulară, menținerea formei alungite în bacili, replicarea ADN-ului pentru reproducerea bacteriană și sinteza ubichinonei.

O înțelegere detaliată a structurii acestor complexe de proteine ​​recent descoperite oferă noi perspective asupra mecanismelor moleculare implicate în aceste procese bacteriene vitale și deschide calea pentru dezvoltarea de noi antibiotice.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Kate Garraway face o cerere disperată după ce a primit „cereri neliniştitoare de a formula posturi” după moartea iubitului ei soţ Derek Draper

_ Operaţiune discretă: Romania a acordat licenţă de explorare pentru o mină de magneziu companiei Verde Magnesium, în spatele căreia se află un grup american care vrea să investească 1 miliard de dolari

_ Teamsters aproape de unificarea tuturor angajaților legislativi din Michigan, plănuiesc să dubleze salariile, să prevină concedierile politice

_ Zelenski 'tună și fulgeră' pentru că Ucraina nu a beneficiat de acelaşi sprijin ca Israelul: cere urgent convocarea Consiliului NATO-Ucraina

_ Horoscopul zilei de 18 aprilie 2024. Taurii le trebuie organizare bună

_ Statele Roșii luptă împotriva eforturilor tot mai mari de a oferi locuitorilor numerar „venit de bază”.

_ Elon Musk vrea să impună 'o mică taxă' utilizatorilor X: 'Este singura modalitate de a opri conturile false'

_ Sunt în HR - asta mă face să resping instantaneu un candidat în timpul unui interviu de angajare

_ �NTR-ADEVĂR? C�ntărețul John Legend susține că Trump �profită� de pe urma sistemului de justiție pe două niveluri (VIDEO)

_ O generație pierdută din cauza anxietății climatice

_ Noul prim-ministru al Irlandei afirmă că simţul raţiunii din Israel a fost înlocuit de răzbunare

_ Pioniera prezidențială din Panama promite că va închide ruta migranților din junglă

_ Ministrul adjunct de externe al Belarusului, Evgheni Șestakov, a sosit marți la Phenian

_ Noua reducere a datoriilor pentru studenți a lui Biden va adăuga până la 750 de miliarde de dolari la deficitul bugetar

_ Acestea sunt primele 10 state după creșterea PIB real

_ Insulele Solomon: au început alegerile generale, sub spectrul creşterii influenţei Chinei în regiune

_ Incendiu de la Wigan: Băiat, de 4 ani, moare la spital la două zile după incendiul casei care a ucis și tatăl său, care a fugit înapoi în clădirea în flăcări pentru a-l salva

_ Fostul guru al aptitudinilor de la All Blacks Byrne a fost numit antrenor principal din Fiji

_ Preocupare de primar cu alegerile la ușă! Orașul care și-a 'botezat' tramvaiele Nicu Alifantis, Johnny Răducanu, Fănuș Neagu și lista continuă

_ „Am o navă de război franceză în vest, care escortează o barcă de migranți! Mesajele radio blestemate ale căpitanului de navă engleză acuză marina franceză de „trafic ilegal de persoane” către Dover

_ ONG-ul din Mexic, asociat cu Mayorkas, le spune invadatorilor de frontieră să „voteze Biden”

_ Momente de groază pentru un parapantist din Franţa: atacat violent, în aer, de un vultur care i-a străpuns pielea de mai multe ori

_ Statele Unite vor impune în următoarele zile noi sancţiuni care vizează Iranul: ce programe vor viza acestea

_ Importurile de țiței din China au atins un nivel record în 2023

_ Recompensă de 3.000 de euro pentru cel care îl recunoaște pe omul din fotografie: 'Cash'

_ Coaliția Procurorilor Generali dosarează Amicus Brief care îl apără pe Ken Paxton și pe adjunctul său principal

_ OPERAȚIE FOTOGRAFICĂ: Joe Biden iese din casa copilăriei din Scranton țin�ndu-se de m�nă cu copiii (VIDEO)

_ Mai multe ţări ale lumii au promis ajutor umanitar suplimentar pentru Etiopia

_ Agitatorul pro-palestinian țipă de durere �n timp ce poliția scoate dispozitivul pe care l-a atașat pe autostradă

_ Idris și Sabrina Elba au prezentat o prezentare elegantă, în timp ce li se alătură o apariție rară pe covorul roșu cu mama sa pentru premiera mondială a lui Knuckles

_ Mai ceva ca în Top Gun: dezvăluirile unui pilot de vânătoare israelian care a făcut slalom printre sutele de drone trimise din Iran

_ Primarul Denver dă fonduri poliției cu 8 milioane de dolari pentru a avea grijă de cei care trec ilegal frontierele

_ Acum, poliția anchetează afacerile fiscale ale Angelei Rayner: agentul șef spune că există „o serie de afirmații care se răsfrâng” în timp ce forța extinde ancheta în casa consiliului adjunctului liderului laburist.

_ Reprezentantul ONU pentru Libia, Bathily, demisionează, invocând progrese politice stagnate

_ Erdogan, acuze directe la adresa premierului Netanyahu

_ Proprietarul devastat de animale de companie emite un avertisment după ce doi dintre Springer Spaniels au murit când au fost „otrăviți în mod deliberat” în timpul plimbării

_ Mai puțin de o treime dintre bărbații din SUA le place să citească

_ Extremist pro-avort condamnat la 7,5 ani de �nchisoare pentru că a atacat cu bombă la Clinica Pro-Life din Wisconsin de Ziua Mamei

_ Vizita președintelui Aleksandar Vučić la Paris, importanță istorică pentru viitorul sectorului energetic al Serbiei

_ Visul Ungariei de a avea o ieşire la mare pentru a susţine afacerile companiilor locale, mai aproape de realitate

_ Evoluția inteligenței

_ Nepopularul Scholz pleacă �n China: Războiul comercial și războiul din Ucraina se ciocnesc

_ județele din Colorado roșu dau în judecată pentru a ajuta ICE la arestarea și la deportarea imigranților ilegali

_ Proprietarul devastat de animale de companie emite un avertisment după ce doi dintre Springer Spaniels au murit când au fost „otrăviți în mod deliberat” în timpul plimbării

_ Când se epuizează Fondul fiduciar al asigurărilor sociale?

_ Procesul lui Donald Trump ÎN DIRECT: Al șaptelea jurat este ales după ce a respins candidații pentru că au spus „închideți-l” despre Donald pe rețelele de socializare

_ Clarificări și corecturi

_ Mai multe cursuri de apă din țară sunt sub incidenţa unui cod galben de inundaţii

_ Agenția Spațială Europeană face o descoperire uluitoare: gaură neagră colosală în galaxia noastră

_ VEZI: Josh Hawley o părăsește pe secretarul pentru Energie al lui Biden, Jennifer Granholm, agitat și b�lb�it, �n timp ce o distruge pentru că a mințit despre deținerea de acțiuni individuale

_ Statele Unite vor sancţiona programul iranian de rachete şi drone după atacul asupra Israelului

_ Nu Sharon? Nici o problemă! Simon Cowell și Amanda Holden au ultimul râs în timp ce împărtășesc o glumă la lansarea Britain's Got Talent după ACEA ceartă la Osbourne

_ Arta Feng Shui: ce trebuie să faci dimineața, dar și seara, pentru a atrage banii în viața ta

_ Lakers lui LeBron îi depășește pe Pelicans pentru a rezerva o confruntare în playoff cu Nuggets

_ Șeful poliției căsătorit riscă să fie demis din cauza unei „afaceri” cu un ofițer de 17 ani mai mic, după ce a fost acuzat de abatere gravă

_ Interdicția de fumat a lui Rishi Sunak îndepărtează primul obstacol al Comunelor, în ciuda reacțiilor la planurile de „statul dădacă” ale miniștrilor de rang înalt și ale dreptei conservatoare

_ SoCal: Proprietarul unui conac de milioane de dolari din Newport Beach �mpușcă un invadator de case �narmat

_ Sheridan Smith salută fanii la ușa scenei nopții de deschidere a piesei dezastruoase - după ce echipa de producție a confirmat că se va încheia cu două luni mai devreme în urma unui șir de probleme

_ Suedia votează scăderea vârstei de schimbare a sexului pe fondul controverselor

_ Bridgerton „revine la rădăcinile sale pline de viteză, deoarece sezonul trei promite să fie cel mai abur de până acum, cu o scenă de trio și distracție lesbiană”


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5

Nr. de articole la aceasta sectiune: 254, afisate in 5 pagini.