![]() Comentarii Adauga Comentariu _ Un cadru de învățare automată pentru a prezice și cuantifica dificultățile de sinteză pentru cromozomii de proiectare![]() _ Un cadru de învățare automată pentru a prezice și cuantificarea dificultăților de sinteză pentru cromozomii de proiectareSintetizarea artificială a genomilor are perspective largi în domenii precum cercetarea medicală și dezvoltarea tulpinilor industriale. De la sinteza vieții artificiale JCVI-syn1.0 de către echipa lui Craig Venter în 2010, până la rescrierea și sinteza genomului procariot de E. coli și până la sinteza artificială a genomului drojdiei din proiectul Sc2.0, cercetătorii avansează constant. în profunzimea și lățimea proiectării și sintezei genomului. Cu toate acestea, există încă dificultăți în sintetizarea anumitor segmente de gene, ducând în cele din urmă la incapacitatea de a completa cromozomi artificiali, ceea ce limitează aplicarea și promovarea tehnologiei de sinteză a genomului artificial. Pentru a aborda această problemă, echipa profesorului Yingjin Yuan de la Universitatea Tianjin a dezvoltat un cadru interpretabil de învățare automată care poate prezice și cuantifica dificultatea sintezei cromozomilor, oferind îndrumări pentru optimizarea proceselor de proiectare și sinteză a cromozomilor. The Echipa de cercetare a proiectat o metodă eficientă de selecție a caracteristicilor analizând datele unui număr mare de fragmente de cromozomi cunoscute și a identificat șase caracteristici cheie ale secvenței care acoperă energia și informațiile structurale în timpul sintezei și asamblării chimice a ADN-ului. Pe baza acestor rezultate, echipa a dezvoltat un model eXtreme Gradient Boosting (XGBoost) care poate prezice eficient dificultățile de sinteză ale fragmentelor de cromozomi. Modelul a atins o AUC (aria sub curbele caracteristice de funcționare a receptorului) de 0,895. în validare încrucișată și un AUC de 0,885 pe un set de teste independent în colaborare cu o companie de sinteză ADN, care demonstrează o acuratețe ridicată și o capacitate de predicție. Echipa de cercetare a propus un Indice de dificultate a sintezei (S-index) bazat pe algoritmul SHAP pentru evaluarea și interpretarea dificultăților de sinteză ale cromozomilor. Studiul a constatat că au existat diferențe semnificative în dificultățile de sinteză ale diferiților cromozomi, iar indicele S ar putea explica cantitativ cauzele dificultăților de sinteză pentru unele fragmente de gene, oferind o bază pentru proiectarea și sinteza secvenței cromozomilor și îmbunătățind eficiența și rata de succes. de sinteză cromozomală de proiectant. Această realizare oferă un instrument practic pentru cercetătorii în inginerie cromozomală și rescrierea genomului și se așteaptă să ofere îndrumări și sprijin mai cuprinzătoare pentru proiectarea și sinteza cromozomilor. Lucrarea este publicată în revista Science China Life Sciences.
Linkul direct catre PetitieCitiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:
|
ieri 09:49
_Stiri Negre - 04 Jun 2023 07:10:02
ieri 09:48
_ De ce costă acest frigider 24k?
ieri 09:40
_ Cum arăta lumea în ultima eră glaciară?
|
|
Comentarii:
Adauga Comentariu