19:05 2023-02-08
science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu
_ Analizele actuale ale microbiomului pot detecta în mod fals specii care nu sunt de fapt prezente
_ Analizele actuale ale microbiomului pot detecta fals specii care nu sunt efectiv prezente
Abordările obișnuite pentru analiza ADN-ului dintr-o comunitate de microbi, numită microbiom, pot da rezultate eronate, în mare parte din cauza bazelor de date incomplete utilizate pentru a identifica secvențele de ADN microbian. O echipă condusă de Aiese Cigliano de la Sequentia Biotech SL și Clemente Fernandez Arias și Federica Bertocchini de la Centro de Investigaciones Biologicas Margarita Salas raportează aceste constatări într-o lucrare publicată pe 8 februarie în jurnalul cu acces deschis PLOS ONE.
Microbiomii au fost în centrul eforturilor intense de cercetare în ultimele decenii. Aceste studii variază de la încercări de a înțelege condiții precum obezitatea și autismul prin examinarea intestinului uman, până la găsirea de microbi care degradează compuși toxici sau produc biocombustibili prin studierea comunităților de mediu.
Metodele cele mai frecvent utilizate pentru studiul comunităților microbiene. se bazează pe compararea ADN-ului obținut dintr-o probă biologică cu secvențele din băncile de date ale genomului. Prin urmare, cercetătorii pot identifica numai secvențe de ADN care se află deja în bazele de date – un fapt care poate compromite grav fiabilitatea datelor microbiomului în moduri neașteptate.
Pentru a testa consistența metodelor actuale de analiză a microbiomului, cercetătorii au folosit simulări pe computer pentru a crea comunități virtuale de microbiom care imită populațiile bacteriene din lumea reală. Ei au folosit tehnici standard pentru a analiza comunitățile virtuale și au comparat rezultatele cu compoziția originală. Experimentul a arătat că rezultatele analizelor ADN pot avea o mică asemănare cu compoziția reală a comunității și că un număr mare de specii „detectate” de analiză nu sunt de fapt prezente în comunitate.
Pentru pentru prima dată, studiul demonstrează defecte semnificative în tehnicile utilizate în prezent pentru identificarea comunităților microbiene. Cercetătorii concluzionează că este nevoie de eforturi sporite pentru a colecta informații despre genom de la microbi și pentru a face aceste informații disponibile în bazele de date publice pentru a îmbunătăți acuratețea analizei microbiomului. Între timp, rezultatele studiilor microbiomului ar trebui interpretate cu prudență, mai ales în cazurile în care informațiile genomice disponibile din acele medii sunt încă limitate.
Autorii adaugă: „Acest studiu dezvăluie constrângeri intrinseci în analiza metagenomică. care decurg din limitările actuale ale bazei de date și din modul în care sunt utilizate informațiile genomice. Pentru a spori fiabilitatea datelor metagenomice, este necesar un efort de cercetare pentru a îmbunătăți atât conținutul bazei de date, cât și metodele de analiză. Între timp, datele metagenomice ar trebui abordate cu mare atenție."
Comentarii:
Adauga Comentariu