20:04 2022-11-29
science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu
_ Genomes OnLine Database introduce noi caracteristici
_ Genomes OnLine Baza de date introduce funcții noi
De la lansarea sa, acum 25 de ani, baza de date Genomes OnLine (GOLD) s-a maturizat de la șase proiecte pe o foaie de calcul într-un depozit de metadate genomice emblematice, făcând disponibile gratuit metadatele microbiomului care urmează standardele comunității. și să permită inițiative de analiză genomică comparativă la scară largă.
GOLD nu numai că organizează proiecte de secvențiere desfășurate la Joint Genome Institute (JGI) al Departamentului de Energie al Statelor Unite ale Americii (DOE), o facilitate pentru utilizatori DOE Office of Science situată la Lawrence Berkeley National Laboratory (Berkeley Lab), dar și cele importate din arhivele publice, precum și datele de proiect introduse de utilizatori externi.
Impact
Una dintre provocările semnificative în maximizarea utilizării datelor genomice înseamnă a avea informațiile contextuale adecvate, sau metadatele, stocate împreună cu acestea. GOLD oferă resurse de metadate selectate manual pentru organisme și mostre de mediu. Baza de date reunește metadate relevante din diverse surse și aplică o schemă de etichetare standardizată pentru a defini mai bine informațiile genomice și ecosistemele.
Aceste date selectate sunt accesibile pe portalurile de date JGI, inclusiv Integrated Microbial Genomes & Microbiomes (IMG/M). ), îmbunătățind adnotările genomului și promovând analizele comparative ale genomului. GOLD își propune să urmeze principiile datelor FAIR pentru a se asigura că activele digitale sunt găsibile, accesibile, interoperabile și reutilizabile.
Rezumat
GOLD preia mostre procesate la JGI, introduse de utilizatori externi și cele importate. din depozitele publice și tratează informațiile prin aplicarea standardelor dezvoltate de comunitate. GOLD sprijină, de asemenea, o gamă largă de activități, de la primirea de propuneri până la publicare. Informațiile sunt, de asemenea, obținute și verificate încrucișat cu resurse publice, inclusiv NCBI Taxonomy și diverse colecții de cultură, cum ar fi Colecția Americană de Cultură de Tip și Institutul Leibniz DSMZ. GOLD își aplică denumirea standardizată pentru toate mostrele de mediu și este singura resursă din lume cu aproape 200.000 de mostre de mediu curate cu nume canonice.
De la lansarea sa în 1997, utilizatorii activi GOLD au stimulat creșterea sa și dezvoltarea continuă de noi componente și capacități. Cele mai recente îmbunătățiri includ funcții noi, cum ar fi un API public și o pagină de destinație a ecosistemului, precum și creșterea diferitelor entități, prezentate în continuare în revista Nucleic Acids Research.
Unul dintre punctele forte ale GOLD a fost implementarea standardelor de metadate. pentru toate entitățile din sistem. Grupul de standarde genomice al JGI, care gestionează GOLD, comunică personal cu cei care au solicitat pentru a rezolva orice neconcordanțe. În timp ce în trecut, GOLD se baza pe câmpuri de text liber, acum folosește vocabulare controlate cu câmpuri bazate pe unități, cum ar fi adâncimea și altitudinea înregistrate în unități fixe de metri, temperatura în centigrade și multe altele.
Cele patru niveluri. Sistemul de organizare a proiectelor implementat în GOLD este alcătuit din: Studii, Bioproba/Organisme, Proiecte de secvențiere și Proiecte de analiză. Fiecare dintre aceste entități este organizată cu o gamă largă de metadate. GOLD aplică o clasificare a ecosistemelor pe cinci niveluri tuturor probelor de mediu și organismelor ale căror informații de izolare sunt disponibile, permițând descoperiri științifice bazate pe metadate. Interfața publică de programare a aplicațiilor GOLD permite utilizatorilor să acceseze metadatele organizate în mod programatic, într-o manieră sigură și fiabilă.
Echipa JGI care gestionează GOLD lucrează deja îndeaproape cu alte două proiecte finanțate de DOE — National Microbiome Data Collaborative (NMDC) și DOE Systems Biology Knowledgebase (KBase) – și își propune să extindă aceste colaborări în procesul de conservare a metadatelor, stabilirea standardelor de metadate și schimbul de eșantioane de metadate.
Comentarii:
Adauga Comentariu