15:34
Comentarii Adauga Comentariu

_ O modalitate mai bună de a găsi ace de virus ARN în căile de fân ale bazei de date

_ O modalitate mai bună de a găsi ace de virus ARN în căile de fân ale bazei de date

O grădina zoologică a oferit odată o carte de colorat cu ursi polari în scene de iarnă, care au venit cu creioane colorate în diferite nuanțe de alb. Pentru cercetătorii care caută secvențe de viruși ARN în seturi mari de date, munca lor poate fi asemănătoare cu găsirea unui singur fulg de zăpadă pe o pagină colorată a acelei cărți.

Publicat online, 28 septembrie 2022, în Cell, o echipă condusă de cercetători de la Universitatea Tel Aviv din Israel, Centrul Național pentru Informații Biotehnologice și Institutul Comun al Genomului (JGI) al Departamentului de Energie al SUA (DOE), o facilitate pentru utilizatorii Biroului științific al DOE, situat la Laboratorul Național Lawrence Berkeley (Berkeley). Lab) descriu o conductă de calcul care poate scana în mod specific acei fulgi de zăpadă sau secvențe de virus ARN. Folosind acest flux de lucru, echipa a analizat peste 5.000 de seturi de date de secvențe de ARN (metatranscriptomi) generate din diverse mostre de mediu din întreaga lume, rezultând o creștere de cinci ori a diversității virusului ARN.

„Lumea”. Virușii din jurul nostru este vast și avem acum mijloacele pentru a-l explora”, a spus Eugene Koonin, investigator principal la NCBI și unul dintre autorii principali ai lucrării, a diversității virale descoperite. „Deși provocările tehnice ale analizei datelor la această scară sunt formidabile.”

Curte computaționale pentru a filtra secvențele

Există mai mulți microbi pe planetă decât particule într-o mână de murdărie și virusurile depășesc cu mult microbii. Progresele în tehnologiile de secvențiere și instrumentele de calcul au descoperit o diversitate de viruși care infectează nu doar culturile, animalele și oamenii, ci și microbii a căror prezență sau absență poate afecta ciclurile nutriționale ale planetei.

În timp ce majoritatea informațiilor genetice ale organismului sunt codificați în ADN, cu ARN-ul furnizând instrucțiunile din interiorul ADN-ului către celulă, virușii ARN își stochează informațiile genetice în ARN fără un stadiu ADN. „Aș susține că virușii ARN la nivel global sunt chiar mai puțin cunoscuți decât virușii ADN”, a spus Simon Roux, om de știință JGI și unul dintre co-lii de proiect. „Dar la fel ca virusurile ADN, virusurile ARN infectează microbii din întreaga lume și duc la moartea celulelor și/sau la schimbări profunde în fiziologia celulei în timpul infecției.”

În timp ce toți virusurile ARN au o genă care codifică pentru o enzimă numită RNS-directed ARN Polymerase (RdRP), necesară pentru replicarea replicării genomului ARN, detectarea acesteia a fost o provocare. Găsirea fulgilor de zăpadă a virusului ARN în furtuna de zăpadă a datelor genomice a implicat dezvoltarea unor site computaționale speciale pentru a filtra secvențele care probabil nu vor conține secvența RdRP.

Lucrarea a rezultat dintr-o colaborare în trei, care a început în 2019, și-a amintit Uri Neri de la Universitatea din Tel Aviv, unul dintre co-lefii de proiect și primul autor al studiului. Membrii echipelor din Tel Aviv și NCBI, care deja lucrau la exploatarea virusurilor procariote împreună, au aflat de la Nikos Kyrpides de la JGI că grupul său de Microbiome Data Science lucrează și la exploatarea virusului ARN. După câteva întâlniri virtuale ale celor trei echipe, a fost clar că un efort de colaborare mai mare ar fi mult mai eficient în obținerea unor rezultate de calitate superioară, comparativ cu eforturi individuale mai mici. Acesta este, de asemenea, tipul de spirit comunitar sinergic și colaborativ pentru care JGI îl susține și îl promovează în mod activ.

Echipa a folosit toate seturile de date metatranscriptome disponibile public din sistemul Integrated Microbial Genomes & Microbiomes (IMG/M) al JGI. „Apoi am analizat mai multe mostre și ne-am perfecționat metodologia”, a spus Neri. „Echipa noastră a crescut, la fel și sfera proiectului.” În acest scop, a subliniat Kyrpides, contribuțiile numeroșilor utilizatori de știință JGI în colectarea și transmiterea probelor lor de microbiom pentru secvențiere la JGI nu pot fi exagerate. Cooperarea și sprijinul lor, a spus el, și, în mai multe cazuri, permisiunea lor de a utiliza date de secvențe încă nepublicate, au fost absolut esențiale pentru succesul acestui efort, la fel și recunoașterea contribuției lor.

Atât Roux, cât și Koonin a remarcat că multitudinea de secvențe de virus ARN descoperite „schimbă în mod semnificativ viziunea globală asupra diversității virusului”, deși nu la clasificările de nivel superior ale grupurilor de virusuri (fila). adăugarea de noi ramuri. În plus, virusurile ARN nu par să fie distribuite uniform în întreaga lume.

Un grup extins este de viruși asociați cu bacterii; până acum, majoritatea virusurilor ARN cunoscute au fost asociate cu eucariote. Odată cu extinderea virusurilor ARN asociate bacteriilor este constatarea că „câteva bacterii folosesc CRISPR pentru a se apăra împotriva ARN”, a remarcat Roux, „deși nu este clar de ce acest lucru este detectat atât de rar.”

Dezvoltarea abordărilor. pentru reconcilierea Big Data „reale”

Pentru echipă, munca de calcul care a condus la abundența descoperită de viruși ARN este doar începutul. „Spun adesea că doar identificarea unei secvențe ca fiind virală nu este nici măcar jumătate din poveste.” spuse Neri. „Ne-am investit o mare parte din eforturile noastre în analizele post-descoperire – cât am putut mai bine, am încercat să descriem domeniile proteice pe care le poartă fiecare virus și cine este gazda lor probabilă. Am făcut toate aceste informații complet gratuite și deschise. disponibile pentru comunitatea științifică mai largă.”

Uri Gophna de la Universitatea din Tel Aviv și Koonin au remarcat ambii că alte cercetări în paralel au raportat „expansiuni dramatice” similare ale viromului ARN global. „Acum trebuie să comparăm și să reconciliăm rezultatele, venind cu un singur set de date, neredundant”, a spus Koonin. „Sperăm că relativ curând vom putea estima dimensiunea reală a viromului ARN. Cu toate acestea, aceasta este acum adevărată Big Data, avem de-a face cu miliarde de secvențe și, în curând, cu trilioane. Dezvoltarea unor abordări eficiente, automate de analiză. și clasificarea datelor secvenței la această scară este esențială.”


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Ministrul Educației anunță modificări în funcționarea universităților: Modul de luare a deciziilor se va schimba

_ Măsurarea timpilor în miliarde de miliardime de secundă

_ Poliţia ucraineană a dejucat o tentativă de furt ce viza o operă a celebrului Banksy

Urmăriți „Banii reali” din spatele „Noi Agende Progresiste a Energiei Verzi” care falimentează și sărăcește populația lumii

_ Oamenii de știință găsesc noi indicatori ai dezghețului permafrostului din Alaska

_ Matt Taibbi, selectat să lanseze fișierele Twitter pentru laptopul Hunter Biden, are un trecut cu carouri

_ Recep Erdogan dă o lovitură de imagine: kurzii vor pace cu Turcia

_ Rectorul UMFST: În prima parte a anului viitor începe construcţia Spitalului Clinic Universitar 'George Emil Palade'

_ Veterinarii din Cehia au început operaţiunile de eutanasiere a peste 15.000 de raţe, după descoperirea unui focar de gripă aviară H5N1

_ FIFA deschide o procedură disciplinară împotriva Uruguayului

_ Emily Ratajkowski se îmbracă în jachetă roșie de schi și blugi rupti în timp ce prietena ei împinge căruciorul fiului

_ Sondajul publicat în ziarul portughez A Bola dezvăluie că 70% dintre cititori își doresc ca Cristiano Ronaldo să fie DISPOZIT

_ Xi Jinping, gest care ar putea stopa dominația americană: posibile întrevederi cu lideri arabi (CNN)

_ Maia Sandu, apel disperat către Occident după noua ofensivă rusească: 'Să-și întărească presiunea asupra Rusiei'

_ Prelevare de organe de la un pacient în moarte cerebrală la Arad. Cordul va salva viaţa unui croat

_ British Fashion Awards 2022: Simone Ashley uimește într-o rochie mov cu diamant care îmbrățișează silueta

_ Casa de Pensii, zguduită de un imens scandal! Șeful Casei, prins pe înregistrare!

_ Emisfera sudică este mai furtunoasă decât cea nordică și în sfârșit știm de ce

_ Prognoza vinului: Marea Britanie ar putea fi campioana Chardonnay până în 2050

_ Crimele Tetris: a ucis mafia rusă dezvoltatorul jocului și familia lui?

_ Echipa dezvoltă o metodă de imagistică volumetrică eficientă din punct de vedere fotonic cu microscopie cu fluorescență cu scanare cu foi de lumină

_ Roy Keane critică Brazilia „DISRESSPECTFUL” pentru sărbătorile lor de dans

_ British Fashion Awards 2022: Ashley Graham prezintă o expoziție FOARTE lungă într-o rochie albastră pură

_ Genetica felină ajută la identificarea primei domesticiri a pisicilor

_ Marele test de gust pentru sandvișuri de Crăciun! FEMAIL încearcă 35 de sărbători festive

Record de studenți chinezi care aterizează in Marea Britanie. Record de 28.000 de studenți din China solicită să studieze în Marea Britanie

Cazurile de Covid din Marea Britanie cresc din nou pe fondul valului Omicron în creștere

UK. Cine este soția viitorului Prim-Ministru? Cine este Akshata Murthy, moștenitoarea miliardarului indian și actuala „doamnă Sunak”,

Opinii din UK: De ce Germania urmează să fie noul om bolnav al Europei... condusă de un cancelar anti-britanic

MAREA BRITANIE. Liz Truss „îl sfătuiește pe Regele Charles să stea departe de summitul Cop27 privind schimbările climatice”

Irlanda s-ar putea uni într-un deceniu, spun alegătorii: Sondajul dezvăluie că majoritatea crede că Nordul va părăsi Uniunea

Boris Johnson avertizează UE să rezolve problemele comerciale din Irlanda de Nord sau să se confrunte cu acțiuni unilaterale

_ Sondaj: Inflaţia rapidă, criza datoriilor şi costul vieţii - cele mai mari ameninţări la adresa afacerilor

_ A murit scriitorul francez Dominique Lapierre

_ Șeful împușcătorului RISCĂ să piardă realegerea deoarece animalele de pluș sunt găsite expuse la acest interval

_ REZULTATE FLORIDA: DeSantis C�știgă cu 19 puncte! GOP �și ridică PATRU LOCHE �N CASĂ, inclusiv frumoasa Anna Paulina! � Marco Rubio C�știgă �N ALUNECARE!

_ Lista Chic: E timpul să apelezi la stilul tău de semnătură

_ Vladimir Putin a adoptat noua strategie a Rusiei: toate țările din fosta URSS sunt în pericol

_ PREZENTUL FĂRĂ PERDEA Marius Oprea: Putin a lansat propriul ”Mein Kampf”, intitulat ”Lumea rusă”, justificînd refacerea URSS: războiul, ca şi iarna, e departe de sfîrşit

_ Gabourey Sidibe dezvăluie că este căsătorită în secret de un AN

_ British Fashion Awards 2022: Abbey Clancy arată glam în rochie roșie până la podea

_ British Fashion Awards 2022: Lila Moss uimește într-o rochie neagră pură în timp ce pozează pe covorul roșu

_ FOTO + VIDEO Parastas în memoria Regelui Mihai, la Catedrala Patriarhală

_ Valize atât de deștepte încât se rotesc singure

_ Legenda mai puțin povestită a lui Moș Nicolae

_ Ministrul Predoiu, întâlnire cu ambasadoarea Suediei: intrarea României în Schengen, Legile Justiţiei și statul de drept, între temele discutate

_ ANPC anunţă că termenul până la care restaurantele trebuie să ofere informaţii detaliate din meniuri a fost amânat

_ VIDEO PS Varlaam Ploieșteanul, la parastasul Regelui Mihai: 'În ultimii ani din viață, Regele Mihai a trăit într-o atmosferă aproape monahală'

_ British Fashion Awards 2022: Lily James ara senzațional într-o rochie argintie cu o suprapunere transparentă

_ Caii militari mor �n mod misterios

_ Rod Stewart, 77 de ani, se întoarce în Glasgow, natalul lui Celtic, pentru ultima etapă a turneului său din Marea Britanie

_ Instanța stabilește definitiv: Sfinxul şi Babele din Bucegi nu aparțin de orașul Bușteni, ci sunt în județul Dâmbovița

_ Starul Swans, Paddy McCartin, devine emoționat vorbind despre jocul cu fratele său

_ December 1/National Order 'For Merit' in Grand Cross rank, awarded to Croatian academician Zeljko Reiner

_ HOROSCOP Marţi, 6 decembrie – Faţă în faţă cu realitatea. Aceste zodii nu vor fi prea încântate de ce observă

_ Moș Crăciun vine cu vești rele! Comisarul european pentru economie: 'Vom avea o recesiune în această iarnă'

_ Consilierul pentru securitate națională al SUA, Jake Sullivan, s-a întâlnit cu președintele ales al Braziliei

_ Scarlett Johansson se alătură lui Channing Tatum pentru a filma noul film Project Artemis în Georgia

SUA Numărul morților în urma uraganului Ian a crescut la 77, inclusiv cupluri în vârstă care și-au pierdut alimentarea cu mașinile de oxigen

_ „O parodie completă”: experții regali răsună despre Sussex după cel mai recent trailer Netflix


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7

Nr. de articole la aceasta sectiune: 406, afisate in 7 pagini.