17:36 2024-02-05 science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu

_ Grund unic degenerat îmbunătățește semnificativ performanța codurilor de bare COX1 în profilarea nematodelor din sol

_ Grund unic degenerat semnificativ îmbunătățește performanța codurilor de bare COX1 în profilarea nematodelor din sol

Nematozii microscopici joacă roluri importante în ecosistemul solului și servesc adesea ca bioindicatori ai sănătății solului. Identificarea nematozilor din sol este adesea dificilă din cauza caracterelor lor de diagnostic limitate și a plasticității fenotipice ridicate. Tehnicile de codare de bare și metabarcoding ADN sunt promițătoare, dar lipsesc primeri universali, în special pentru gena COX1 mitocondrială.

Într-un nou studiu, a fost dezvoltat un primer COIFGED degenerat COX1. Perechea de primeri COIFGED/JB5GED a îmbunătățit semnificativ identificarea speciilor și, prin urmare, poate fi suplimentară sau alternativă la metabarcoding 18S convențional. Descoperirile cercetătorilor au fost publicate în Soil Ecology Letters.

O serie de studii privind metabarcodingul nematodelor din sol au fost efectuate de către laboratorul Plant Nematode de la Universitatea de Agricultură din Nanjing și au fost obținute multe descoperiri interesante. De exemplu, o proporție din ASV non-Nematoda a fost atribuită eucariotelor din sol, cum ar fi Arthopoda și Ascomycota. Aceste organisme pot reprezenta o parte din microbiomul intestinal al nematodelor, deoarece nematozii din sol se hrănesc cu o mare varietate de surse de hrană, în mod alternativ, resturile lor degradate pot fi transportate de cuticulele nematodelor.

Cercetătorii au descoperit, de asemenea, că abundența relativă recuperată din metabarcoding. datele nu au fost proporționale cu observația morfologică. Variabilitatea acestor abundențe recuperate poate fi atribuită distorsiunilor primerului, deoarece unor taxoni de nematozi le lipsește un site adecvat de legare a primerului din cauza mutațiilor în regiunile de legare a primerului, în special pentru genele COX1.

Profesor Qing. a spus: „Am proiectat patru site-uri degenerate în primer cu două N (conține toate cele patru nucleotide) în situsuri hiper-variabile, cu scopul de a îmbunătăți eficiența de legare a primerului pentru gena COX1 hiper-variabilă”. Împreună cu primerul invers existent JB5GED, noua pereche de primeri depășește pe scară largă primerii JB3/JB4.5 folosiți în mod obișnuit atât în ​​ceea ce privește recuperarea mai largă a taxonilor, cât și producția mai mare de ampliconi.

„Am observat o proporție semnificativă de ASV neidentificate, alții. li s-au atribuit taxoni neaștepți, ceea ce a dus la nerecuperarea multor taxoni comunitari simulați.Pe baza unei reconstrucții filogenetice, am confirmat că multe dintre ASV-urile neidentificate aveau origine nematodă, subliniind importanța acoperirii bazei de date și o muncă cuprinzătoare care va trebui să aibă loc pentru extinderea bazei de date a nematodelor COX1. înainte ca gena COX1 să poată fi utilizată ca marker de metabarcoding.”

În prezent, condus de o reprezentare largă a taxonilor în bazele de date, ARNr-ul 18S a fost cel mai frecvent utilizat marker al genei de codare de bare. Cu toate acestea, s-a demonstrat că ARNr 18S oferă o rezoluție taxonomică limitată, în special la nivel de specii sau chiar de gen pentru unele grupuri de nematozi. Gena COX1 mitocondrială hipervariabilă este o genă potrivită pentru a discrimina specii strâns înrudite sau chiar grupuri filogeografice dintr-o singură specie. Primerul COX1 nou proiectat a îmbunătățit semnificativ eficiența de legare și, prin urmare, poate fi suplimentar la metabarcoding 18S convențional în viitor.

(Fluierul)

Inapoi