14:59
Comentarii Adauga Comentariu

_ Îmbunătățirea acurateței cuantificării moleculare în secvențierea cu randament ridicat

_ Îmbunătățirea acurateței cuantificării moleculare în secvențiere cu randament ridicat

O echipă de la NDORMS a dezvoltat o nouă abordare pentru a îmbunătăți semnificativ acuratețea secvențierii ARN. Ei au identificat sursa principală de cuantificare inexactă atât în ​​secvențierea ARN-ului cu citire scurtă, cât și în cea lungă și au introdus conceptul de corectare a erorilor „vot majoritar” care duce la o îmbunătățire substanțială a numărării moleculare a ARN.

Secvențierea precisă. de material genetic este crucial în biologia modernă, în special pentru înțelegerea și abordarea bolilor legate de anomalii genetice. Cu toate acestea, metodologiile actuale se confruntă cu constrângeri substanțiale.

Într-un studiu de referință, un consorțiu internațional de cercetători, condus de Adam Cribbs, profesor asociat în biologie computațională, și Jianfeng Sun, asociat de cercetare postdoctorală la Institutul Botnar, Universitatea din Oxford, au dezvoltat o metodă inovatoare pentru a corecta erorile în amplificarea PCR - o tehnică utilizată pe scară largă în secvențierea cu randament mare.

Prin identificarea artefactelor PCR ca sursa principală de cuantificare inexacte, cercetătorii abordează o provocare de lungă durată în generarea de numărări absolute precise de molecule de ARN, care este crucială pentru diverse aplicații în cercetarea genomică. Studiul este publicat în revista Nature Methods.

Cercetătorii s-au concentrat pe identificatorii moleculari unici (UMI), care sunt secvențe aleatorii de oligonucleotide folosite pentru a elimina părtinirile introduse în timpul amplificării PCR. În timp ce UMI-urile au fost adoptate pe scară largă în metodele de secvențiere, studiul arată că erorile PCR pot submina acuratețea cuantificării moleculare, în special pe diferite platforme de secvențiere.

Jianfeng a explicat: „Amplificarea PCR, esențială pentru majoritatea tehnicilor de secvențiere a ARN-ului. , poate introduce erori, compromițând integritatea datelor. Am abordat acest lucru prin sintetizarea codurilor de bare UMI folosind blocuri de nucleotide homotrimeri, îmbunătățind corectarea erorilor și permițând cuantificarea aproape absolută a moleculei de ARN, îmbunătățind semnificativ acuratețea numărării moleculare."

Homotrimerii sunt nucleotide. secvențe constând din trei baze identice, de exemplu AAA, CCC, GGG. Evaluând asemănarea nucleotidelor homotrimeri, erorile sunt detectate și corectate printr-o metodă de „vot majoritar” (a se vedea figura de mai sus).

Studiul demonstrează că UMI-urile homotrimeri depășesc semnificativ UMI-urile monomerice tradiționale în reducerea îmbogățirii fals pozitive a pliurilor în timpul analiza genelor și transcriptelor exprimate diferențial (DEG și DET). Această îmbunătățire este vitală pentru identificarea și cuantificarea precisă a DEG-urilor sau DET-urilor, în special în abordările de secvențiere în vrac.

În plus, în secvențierea cu o singură celulă, unde este adesea necesară o amplificare extinsă PCR, UMI-urile homotrimeri s-au dovedit eficiente în atenuând efectele artefactelor PCR, îmbunătățind astfel substanțial fiabilitatea datelor de secvențiere.

„Prin construirea UMI-urilor din blocuri omogene de nucleozide, ne-am propus să îmbunătățim corectarea erorilor atât în ​​secvențierea cu citire scurtă, cât și în cea lungă, prezentând angajamentul nostru de a îmbunătăți aplicațiile tehnologiei de secvențiere”, spune profesorul asociat Adam Cribbs, autor principal al lucrării și lider de grup în biologie computațională.

Această cercetare are implicații profunde. Prin rectificarea erorilor PCR din UMI-uri, crește foarte mult acuratețea cuantificării moleculare în diferite aplicații de secvențiere. Este un instrument vital pentru cercetătorii în ARN-ul în vrac, ARN-ul unicelular și secvențierea ADN-ului, permițând expresia genică și analize precise ale profilului molecular.

Corectarea îmbunătățită a erorilor UMI nu numai că reduce incidența fals-pozitivelor, dar oferă și aplicații multiple de diagnosticare, în special în scenariile care necesită analiza longitudinală a probelor.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Snowpocalypse Strands șoferi de-a lungul I-90 în zona Lacului Erie

_ Tot ce poate merge prost cu sânii tăi - și ce să faci în privința asta: ghidul definitiv al DR PHILIPPA KAYE

Călin Georgescu are dreptate: O companie din Elveția are cele mai multe nave din Europa, peste 800 de nave

_ Schimbările climatice pot pune în pericol cele mai mari rezerve de apă potabilă ale planetei

_ 'Incredibil Jeff!' Vechiul prieten al lui Jeff Stelling, Chris Kamara, este primul care îl felicită pe colegul său Sky Sports pentru că și-a luat MBE de la Prințesa Anne

Fiul lui Donald Trump, Donald Trump Jr., condamnă lovitura de stat din România

"Suntem într-o lucrare unii cu altii Și noi toți cu Dumnezeu "

_ Sănătatea pancreasului: care sunt cele mai mari pericole

_ Starul TikTok care este „plătit să petreacă” are un videoclip „iresponsabil” cu alcool interzis de către supraveghetor după ce a bătut patru cocktail-uri VK în mai puțin de 90 de secunde și a spus „ne ne aprindem în seara asta”

Pentru prima dată în 34 de ani se joacă pe față: SOROȘ CONTRA RESTUL ȚĂRII

_ Fostul primar din Botoşani nu scapă de sub lupa DNA! Controlul judiciar a fost prelungit, fostul edil trebuie să respecte o serie de obligații

_ Polonia verifică dacă judecătorul care a cerut azil în Belarus a fost spion

_ Depozitul de gaz din Europa se golește la cel mai rapid ritm din 2016

ÎPS Teodosie Mitropolitul Tomisului: "Noi credem că domnul Georgescu este un trimis al lui Dumnezeu”

_ VIDEO - Scene hilare în timpul unui meci de fotbal din Marea Britanie: Un suporter a intrat pe teren și l-a fugărit pe arbitru

_ Norvegianul Casper Ruud, al treilea favorit, în sferturi de finală la Barcelona (ATP)

_ Utilizarea unei singure imagini pentru a realiza calibrarea pe orbită a distorsiunii lentilelor camerei spațiale

_ Oklahoma GOP adoptă o rezoluție de condamnare și cenzură a senatorului James Lankford pentru un acord scandalos la frontieră

_ Dan Negru tună la adresa guvernanților: Asta să ne îngrijoreze. Năstase, Steaua sau Halep sunt întâmplări

_ Românii pot călători liber în Elveția. Anunț privind eliminarea verificării pașapoartelor

_ Vaccinurile ARNm COVID-19 au provocat mai multe decese decât au fost salvate: studiu revizuit de colegi

_ Episod spumos la PNL / Vicepreședinte național: 'Chiar atât de proşti ne credeţi, să comandăm o manea pentru Ciucă?'

_ Ucrainean cercetat pentru contrabandă cu produse pentru protecţia plantelor

_ Cine sunt ţările aliate care nu-şi plătesc „contribuţia” la NATO şi pe care DonaldTrump le vrea atacate de Vladimir Putin / România este fruntaşă: locul 7 în lume, flancată de Finlanda şi de Ungaria

_ Europa va fi lovită în plin, dacă Donald Trump revine la putere: va fi un adevărat botez al focului

_ Moment inedit cu șeful DNA - Procurorul Marius Voineag, întrebat cât costă ceasul pe care îl are la mână (VIDEO)

_ Planul ascuns al SUA, care aruncă în aer Orientul Mijlociu: adevăratul război abia acum începe

_ Cum cresc riscurile legate de schimbările climatice la scară națională pe măsură ce crește nivelul încălzirii globale

_ Greva personalului de la sol al Lufthansa va afecta aproape 100.000 de pasageri

_ Spania: Fermierii blochează drumurile pentru a doua zi împotriva politicilor UE

_ A fost descoperit în creierul şoarecilor un mecanism care îi învaţă să se ferească de hărţuitori

_ Chinezii anulează un meci amical cu Argentina, pe fondul scandalului iscat de participarea lui Messi

_ Biroul lui Michelle Obama răspunde la zvonurile din 2024

_ Șeful Casei de Pensii a făcut anunțul așteptat de toți pensionarii: s-a dat ordinul în teritoriu

_ Biden își bagă piciorul în gură, apoi minte despre abilitățile de fotbal în remarci adresate lucrătorilor auto din Detroit (VIDEO)

_ Americanii Eubanks şi Michelsen s-au calificat în optimi la Dallas (ATP)

_ Box Office - Argylle învinge Lisa Frankenstein în cel mai dezamăgitor weekend de Super Bowl din toate timpurile

_ Nicolae Ciucă bate cu pumnul în masă: PNL trebuie să aibă candidat propriu la prezidențiale

_ Abordarea Bostonului asupra „proprietăților cu probleme” ar putea ajuta la îmbunătățirea orașelor din SUA, arată o nouă cercetare

_ Laburiştii din Marea Britanie anunţă o mare victorie asupra conservatorilor premierului Sunak

_ Către o teorie unificată pentru dinamica materialelor sticloase

_ Atribuirea beneficiului locuinţei conjugale la divorţ nu trebuie condiţionată de existenţa unei acţiuni de partaj

_ Studiul sugerează că bacteriile rezistente pot rămâne în organism ani de zile

_ Trump plănuiește să „întoarcă” New York-ul pe fondul crizei imigranților ilegali

_ PNL face un anunț fulger după ce Iohannis a spus că nu se opune comasării alegerilor

_ Ceața pune probleme pe drumuiri din 4 județe. Manevrele în portul Constanța Sud-Agigea au fost sistate

_ Cercetător: O călătorie lungă pe Marte într-un spațiu restrâns ar putea crește nivelul de stres și ar putea face călătoria mai dificilă

_ Articolele Elton John ajung la 8 milioane de dolari la licitația din New York

_ Forţele de ordine i-au îndulcit pe agricultorii care fierbeau de furie la Bruxelles

_ Porturile maritime s-au dovedit a fi puncte fierbinți de cancer contagios la midii

_ Scheduled events for February 22, 2024

_ PM Ciolacu: We have three or four major priorities, including combatting drugs

_ JPMorgan Chase plănuiește o extindere masivă a rețelei de sucursale în timp ce băncile mici implodează

_ EXCLUSIV: Tribunalul NYC renunță la cele mai recente documente Epstein � include mărturia lui Ghislaine Maxwell

_ Breaking - Parlamentul a votat ordinul de protecție extins! Gorghiu vine cu explicații fulger

_ Honda va investi 11 miliarde de dolari în fabrici de vehicule electrice şi baterii în Canada

_ Casa Alba îl torpilează pe Donald Trump pentru comentariile 'îngrozitoare și dezaxate': 'Promovează un haos dement'

_ După pensionare, Cristi Danileț vrea să intre în politică, dar nu primește oferte. 'Politicienii se tem de mine'

_ Conducătorii de tren germani încep cea mai lungă grevă

_ Atletul kenyan Michael Saruni, suspendat pentru 4 ani pentru dopaj


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9 Pag.10 Pag.11 Pag.12 Pag.13 Pag.14 Pag.15
Pag.16 Pag.17 Pag.18 Pag.19 Pag.20 Pag.21 Pag.22 Pag.23
Pag.24 Pag.25 Pag.26 Pag.27 Pag.28 Pag.29 Pag.30 Pag.31
Pag.32 Pag.33 Pag.34 Pag.35 Pag.36 Pag.37 Pag.38 Pag.39
Pag.40 Pag.41 Pag.42 Pag.43 Pag.44 Pag.45 Pag.46 Pag.47
Pag.48 Pag.49 Pag.50 Pag.51 Pag.52 Pag.53 Pag.54 Pag.55
Pag.56 Pag.57 Pag.58 Pag.59 Pag.60 Pag.61 Pag.62 Pag.63
Pag.64 Pag.65 Pag.66 Pag.67 Pag.68 Pag.69 Pag.70 Pag.71
Pag.72 Pag.73 Pag.74 Pag.75 Pag.76 Pag.77 Pag.78 Pag.79
Pag.80 Pag.81 Pag.82 Pag.83 Pag.84 Pag.85 Pag.86 Pag.87
Pag.88 Pag.89 Pag.90 Pag.91 Pag.92 Pag.93 Pag.94 Pag.95
Pag.96 Pag.97 Pag.98 Pag.99 Pag.100 Pag.101 Pag.102 Pag.103
Pag.104 Pag.105 Pag.106 Pag.107 Pag.108 Pag.109 Pag.110 Pag.111
Pag.112 Pag.113 Pag.114 Pag.115 Pag.116 Pag.117 Pag.118 Pag.119
Pag.120 Pag.121 Pag.122 Pag.123 Pag.124 Pag.125 Pag.126 Pag.127
Pag.128 Pag.129 Pag.130 Pag.131 Pag.132 Pag.133 Pag.134 Pag.135
Pag.136 Pag.137 Pag.138 Pag.139 Pag.140 Pag.141 Pag.142 Pag.143
Pag.144 Pag.145 Pag.146 Pag.147 Pag.148 Pag.149

Nr. de articole la aceasta sectiune: 8929, afisate in 149 pagini.