16:05
Comentarii Adauga Comentariu

_ Captarea biodiversităţii din California pentru viitorul conservării

_ Capturarea biodiversităţii din California pentru viitorul conservării

Când cercetătoarea postdoctorală de la UC Santa Cruz, Merly Escalona, ​​a asamblat primul genom de referință pentru păianjenul Stephen Colbert Trapdoor, a fost șocată de dimensiunea neașteptat de mare a setului de date. Pentru un nevertebrat mic, codul genetic al acestui păianjen nativ din California era foarte fragmentat și era format din aproximativ patru miliarde de baze (patru gigabaze) – mai mare decât dimensiunea genomului uman de puțin mai mult de trei gigabaze.

Au existat. multe alte descoperiri surprinzătoare, în timp ce Escalona lucrează la asamblarea a 150 de genomi de referință de înaltă calitate, fiecare dintre ele cuprinzând o hartă detaliată a materialului genetic al unei specii, în rolul ei în echipa științifică pentru California Conservation Genomics Project (CCGP). Acest proiect își propune să creeze un set cuprinzător de date genomice reprezentativ pentru biodiversitatea statului, așa cum este subliniat într-o lucrare recentă din Journal of Heredity.

CCGP, lansat în 2019, este condus de directorul Brad Shaffer la UC Los Angeles și implică cercetători de la Universitatea din California, universitățile de stat din California și oficiali ai agențiilor de reglementare statale și federale și organizațiilor neguvernamentale. Conducerea a lucrat constant cu oficialii de stat pentru a se asigura că rezultatele pot fi o resursă neprețuită și de durată pentru modelarea politicii de conservare.

„Generăm date de foarte înaltă calitate care vor fi o resursă de durată pentru acest proiect. și va forma o fundație pentru viitoare acțiuni de conservare”, a spus Shaffer.

Colaborarea pentru conservare

Escalona este doar unul dintre cei 15 cercetători de la UCSC care lucrează la proiect. Ea face parte din echipa de conducere alături de profesori precum profesor de ecologie și biologie evoluționară Beth Shapiro, care face parte atât din Comitetul executiv științific, cât și din Comitetul tehnic pentru proiect, și profesor asistent de inginerie biomoleculară la Școala de Inginerie Baskin Russell Corbett Detig. , care este conducătorul de bioinformatică al proiectului. Ambii cercetători sunt, de asemenea, în echipa de conducere a Institutului de Genomică UCSC.

Proiectul este primul de acest gen în ceea ce privește scara în domeniul genomicii conservării. Cercetătorii studiază o serie de specii pentru a-și face o idee despre biodiversitatea genetică care există în întregul stat, de la leii de munte și cerbii pe care îi vânează în mijlocul sequoiașilor până la ierburi care se leagănă în bazinele de maree de-a lungul coastei.


p> „Nordul până la sudul Californiei cuprinde tot felul de diversitate ecosistemică într-un mod unic pentru stat”, a spus Shapiro. „Nu există multe organisme guvernate învecinate care să cuprindă atâta diversitate ecologică. Aceasta este într-adevăr o oportunitate de a surprinde modul în care diversitatea ecologică este împărțită în atât de multe ecosisteme diferite.”

Această lucrare a fost prezentată cu provocări semnificative de către creșterea dezastrelor naturale care au afectat lumea în ultimii ani. Incendiile și secetele din stat provocate de schimbările climatice au îngreunat accesul la unele mostre de plante necesare adunării datelor genomice. Pandemia a încetinit activitatea de laborator și de teren și a extins perioada de timp a CCGP de la trei la patru ani.

În ciuda acestor eșecuri, CCGP continuă cu faza de colectare a datelor, care include atât genomuri de referință, cât și resecvențierea multor indivizi. a fiecărei specii. Faza genomului de referință a proiectului se apropie de finalizare, cu aproape toate țesuturile în mână, majoritatea în conductele de achiziție și analiză de date, aproape o treime complet asamblate și aproximativ un sfert deja disponibil în biblioteca open source a Centrului Național pentru Informații Biotehnologice. date genomice. Procesul de resecvențiere, care generează date de la mai mult de 100 de indivizi din fiecare specie studiată, este acum în curs de desfășurare și trece la viteză mare.

Genomii de referință ale lui Escalona vor servi ca punct de comparație pentru a studia diversitatea genetică în cadrul unei specii. În plus, CCGP va resecvența 100-150 de genomi suplimentari pentru fiecare specie, pe care le vor studia prin comparație cu genomul de referință de înaltă calitate. Prin cartografierea variațiilor care apar în acești genomi, cercetătorii vor descoperi cât de multă diversitate genetică există în fiecare specie și modul în care această diversitate este distribuită geografic în întregul stat.

Aceste informații vor fi folosite pentru a identifica habitatele naturale care ar trebui să fie să fie prioritizate pentru protecție și să creeze un instantaneu în timp al biodiversității genomice din statul așa cum există acum, un punct de referință important, deoarece lumea naturală este afectată de schimbările climatice.

În generarea atât a genomilor de referință, cât și a genomului resecvențiat. genomi, proiectul CCGP este considerabil mai mare ca scară decât alte proiecte în genomica conservării. Seturi de date de această dimensiune sunt puține văzute în afara genomicii umane, unde finanțarea biomedicală poate susține proiecte atât de intensive din punct de vedere computațional. În cele din urmă, între genomi de referință și resecvențiere, vor fi secvențiați aproximativ 22.000 de genomi, o performanță care vorbește atât despre progresele recente în tehnologia genomice, cât și despre devotamentul cercetătorilor implicați.

Contribuții UC Santa Cruz

p>

Investigatorii principali vor folosi datele genomice pentru a studia fiecare specie individuală din proiect pentru a înțelege aceste creaturi, dintre care multe sunt unice în California. De exemplu, profesor adjunct adjunct de ecologie și biologie evolutivă Rachel Meyers conduce cercetările asupra ierburilor de bazine vernale pe cale de dispariție, în timp ce profesorul asociat de inginerie biomoleculară Christopher Vollmers studiază în mod adecvat melcii de banane.

Dar studiul acestor specii native. poate deschide mai multe întrebări decât răspunde. În timp ce Escalona lucrează în Laboratorul de Paleogenomică UCSC, condus de profesorii Shapiro și Richard (Ed) Green, ea spune că este în mod constant surprinsă de misterele genomice care există în natura Californiei, cum ar fi dimensiunea uriașă a genomului păianjenului cu trapă sau cât de ușor. a fost pentru a asambla genomul ursului negru.

„Îți cam uluită mintea cât de diferit pot fi [genomul speciilor], chiar și speciile strâns înrudite”, a spus Escalona. „A avea acești genomi de referință este o mare resursă pe care o putem oferi comunității.”

Compararea distribuției geografice a biodiversității în stat va fi posibilă prin analiza și prelucrarea datelor bioinformatice preluate de către Corbett-Detig, precum și UCSC bioinformatică postdoc Erik Enbody și data wrangler Cade Mirchandani. Grupul lui Corbett-Detig lucrează pentru a se asigura că datele din toate cele 150 de genomi resecvențializați dintr-o specie sunt standardizate și uniforme pentru a le face cât mai comparabile.

Întrucât această echipă de bioinformatică lucrează la apelarea variantelor, procesul de a compara genomul de referință cu datele resecvențiate pentru a vedea unde variază materialul genetic, dimensiunea masivă a datelor prezintă cele mai semnificative provocări, a remarcat Corbett-Detig.

„Este neobișnuit de mare”, a spus el. „În special pentru genomica de conservare, este un set vast de date cu un potențial incredibil.”

Impactul viitor

Odată ce toate datele genomice au fost colectate, asamblate și uniformizate, analizele și peisajul vor începe lucrările de genomică. Conduși de profesorul asociat UC Berkeley Ian Wang și cercetătoarea postdoctorală Anne Changers, cercetătorii vor cartografi zonele de habitat care se dovedesc a fi deosebit de vulnerabile, pentru a le proteja mai bine prin politica de conservare și pentru a identifica care populații sunt cele mai rezistente pe baza lor. variație genetică. Toate rezultatele vor fi puse la dispoziția publicului, iar echipa va lucra cu părțile interesate, inclusiv agențiile de reglementare statale și federale și organizațiile nonprofit pentru a dezvolta recomandări privind politicile de gestionare a habitatelor.

Cercetătorii speră că CCGP poate servi drept model pentru alte regiuni care ar putea dori să își asume propriile studii despre biodiversitatea genetică. California este bine poziționată pentru a conduce această sarcină datorită atât spectrului de animale sălbatice în care găzduiește, cât și eticii de mediu a oamenilor săi.

De asemenea, doresc ca această cercetare să fie o trambulină pentru un efort susținut de înțelegere. biodiversitate în stat, cu mai multă muncă depusă pentru a înțelege succesul intervențiilor viitoare care vin din acest proiect. Dar, deocamdată, sunt mulțumiți de progresul înregistrat.

„Calitatea lucrării care iese este uluitoare”, a spus Shaffer. „Cu adevărat creăm o resursă care nu va fi aruncată la gunoi în următorii doi ani, când apare următoarea tehnică. Acesta este un loc grozav în care să fiu în timp ce reflectez la o carieră lungă de a face această muncă.”

(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Un lider sârb bosniac critică în termeni duri Germania, după anunțul că a trimis soldați în Bosnia-Herțegovina: 'Nu se bucură de încrederea noastră!'

_ Polițiștii „Bărbat Karen” reacţionează pentru un videoclip plin de insulte despre Woolworths

_ Elon Musk anunță că cumpără Manchester United

_ Procurorii l-au 'albit' pe Olaf Scholz în scandalul din 2016 legat de banca Warburg

_ Numărul arestărilor în reprimarea bandelor din El Salvador ajunge la 50.000

_ Prognoza meteo din Marea Britanie: Străzile se transformă în râuri în timp ce Marea Britanie este lovită de furtuni

_ Heidi Klum uimește în rochie maxi de vară cu imprimeu floral și pene de piersică în timp ce se îndreaptă către AGT

_ Biden semnează schimbarea climatică majoră, legea privind sănătatea

_ Fosta soție a lui Darius Campbell Danesh, Natasha Henstridge, împărtășește un omagiu emoționant - după moartea lui șocantă

_ Sophie Turner poartă o ținută care îmbrățișează silueta în timp ce face cumpărături cu soțul Joe Jonas și fiica Willa

_ Marea Britanie se confruntă cu o altă zi de furtuni, în timp ce meteorologii emit 29 de alerte de inundații

_ Fostul congresman democrat din California, TJ Cox, arestat � acuzat pentru 28 de infracțiuni, inclusiv fraudă electronică, spălare de bani

_ Cea mai mică balenă din Europa, marsuina, înflorește în estuarul Tamisei

_ Robbie Williams prezintă pachete pe PDA împreună cu soția Ayda Field la o gală de caritate în Ibiza

_ Reprimarea poliției care abuzează femei ar putea vedea infractorii concediați automat și interziși să se întoarcă

_ Regizorul „Das Boot” Wolfgang Petersen a murit la 81 de ani

_ EDEN CONFIDENTIAL: Fără sărituri și nu atât de flash! Fratele lui Mick Jagger iese la festivalul din sat

_ Olivia Attwood le oferă fanilor o privire asupra renovării generoase a grădinii ei din casa ei din Cheshire

_ Atenție la febra fânului tunătoare! Doctorul susține că furtunile din această săptămână vor declanșa „febra tunetelor”

_ Chrishell Stause admite că imobiliare nu este „unicul ei obiectiv”, deoarece se concentrează pe revenirea la actorie

_ Jimmy Bartel împărtășește un omagiu iubitei sale Amelia Shepperd în timp ce aceasta își sărbătorește ziua de naștere

_ Cum să creați o configurație de camping cu produse de la Kmart, BCF și Autobarn

_ Kim Kardashian arată decolteul în timp ce conectează colecția Beats Fit Pro în instantanee de lângă piscină

_ FBI a intervievat cei mai buni avocați ai lui Trump �nainte de a ataca Mar-a-Lago

_ Tammin Sursok este cea mai recentă celebritate care a prezentat diagnosticul de ADHD

_ CHRISTOPHER STEVENS recenzii la televizorul de aseară: Câinele de pază șchiop care i-a urmărit pe oameni pierderea economiilor de o viață

_ Chrishell Stause trântește un titlu care induce în eroare subliniind însoțirile ei imobiliare

_ Sophie Ellis-Bexter își dezvăluie talentul ascuns în timp ce deschide o sticlă de bere cu DINTII

_ Fostele flăcări ale lui Darius Campbell Danesh, de la soția actriței la relația cu modelul Daisy Lowe

_ Sondajele se închid în Wyoming, unde se așteaptă ca Liz Cheney să-și piardă locul în Camera

_ Brooklyn Beckham iese după ce a fost făcut la grătar de un Tik Toker

_ Cum Darius al lui Pop Idol a trecut de la actul de glumă la Chicago, prietenie cu Rebel Wilson și Gerard Butler

_ Serena Williams învinsă de Răducanu la WTA Cincinnati Masters

_ Precomenzile lui Sir Cliff Richard pentru calendarul 2023 sunt „prin acoperiș”

_ Tammy Hembrow este trântită de trolii care pun la îndoială siguranța videoclipului ei „scrunch nou-născut”

_ Brooklyn Beckham iese după ce a fost făcut la grătar de un Tik Toker

_ Câștigătoarea I’m A Celebrity, Georgia Toffolo „se pregătește să se întoarcă în junglă în spin-off-ul pentru stele”

_ Charlotte Dawson recunoaște că avortul ei tragic a lăsat-o într-o „gaură întunecată”

_ Maia Sandu: Nu se poate renunța la raioane. E prevăzut în Constituție

_ Legenda tulburată AFL, Ben Cousins, dezvăluie ce crede despre porecla lui „Prințul de Perth”

_ De ce oferta șefului NRL Peter V'landys de a șantaja guvernul NSW peste stadioane de 800 de milioane de dolari este condamnată

_ Preșcolarii cu un vocabular mai mare înainte de a începe educația, au performanțe mai bune în clasă – spectacole de studiu

_ Kourtney merge la Cleveland! Kardashian se alătură soțului ei Travis Barker în Ohio

_ Washingtonul impune restricţii privind consumul de apă în 2023 pentru anumite state americane şi Mexic

_ Al cincilea set de rămășițe umane găsite în Lacul Mead: Oasele recuperate din ZONA DE ÎNOT

_ Maya Hawke deschide pentru Faye Webster în timpul concertului din Toronto, Canada

_ Jackson Lonie din Married At First Sight își rupe în sfârșit tăcerea după despărțirea șocului de Olivia Frazer

_ Lupte grele în Siria între trupele turcești și kurzii susținuți de SUA: 'Erau atât de multe țipete. Atât de multă frică...'

_ Vești excelente pentru acești angajați! Nu le vor fi tăiate salariile

_ WhatsApp lansează o aplicaţie nativă de Windows

_ În ciuda temerilor, imprimarea 3D are efecte pozitive asupra comerțului global

_ Bărbat în anii 80 care conducea un scuter este înjunghiat până la moarte în vestul Londrei: poliția lansează o anchetă pentru crimă

_ Serena Williams vs Emma Raducanu - Western & Southern Open: Scor live și actualizări

_ Rangers 2-2 PSV Eindhoven: gazdele din prima manșă a play-off-ului Ligii Campionilor

_ Criticul lui Trump, Liz Cheney, a estimat că va pierde primarul republican din Wyoming

_ Furtuni și inundații fulgerătoare au lovit Parisul, inundând stațiile de metrou

_ Exact! CEO-ul Truth Social, Devin Nunes, reacționează la raidul Mar-a-Lago: �Și apoi �i iau pașapoartele ca și cum ar fugi... Acești oameni sunt psihopați� (VIDEO)

_ Sam Frost răspunde la troll punându-și la îndoială decizia de a nu lua numele de familie al logodnicului ei, Jordie Hansen

_ Cumpărătorii își bat joc de o pereche de încălzitoare bizare din denim de la Shein, dar aspectul intră în stil

_ Planul fiscal al lui Liz Truss va duce milioane de oameni în sărăcie, spune rivalul de conducere conservator, Rishi Sunak


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9 Pag.10 Pag.11 Pag.12 Pag.13 Pag.14 Pag.15
Pag.16 Pag.17 Pag.18 Pag.19 Pag.20 Pag.21 Pag.22 Pag.23
Pag.24 Pag.25 Pag.26 Pag.27 Pag.28 Pag.29 Pag.30 Pag.31
Pag.32 Pag.33 Pag.34 Pag.35 Pag.36 Pag.37 Pag.38 Pag.39
Pag.40 Pag.41

Nr. de articole la aceasta sectiune: 2447, afisate in 41 pagini.



ieri 06:41